מאז שנת 1988 ניסתה ישראל לרכוש בארה"ב מחשבי-על (supercomputers) שיאפשרו לה להאיץ עד פי 100 את קצב הפעילות החישובית הנדרשת לפיתוח כלי נשק גרעיניים
1 . מחשב-על בעל עוצמות חישוביות מתקדמות ביותר מן הסוג שביקשה ישראל לרכוש בארה"ב מסוגל לייצר הדמיה (סימולציה) של גלי ההלם הנובעים מפיצוץ גרעיני, לחשב את מהירות תנועתם של ניוטרונים בעת התרחשות תגובת שרשרת גרעינית, לקבוע מה ההתנהגות הפיזיקלית של פיצוץ גרעיני הן בעת ביקוע המבוסס על פצצת פלוטוניום והם בביקוע המבוסס על פצצת אורניום מועשר ובתנאי טמפרטורות גבוהות ביותר.
על אף העובדה שניתן לייצר פצצת אטום "פשוטה" על בסיס יכולת חישוב של מחשבים פחות מתוחכמים, חשוב למדינה כמו ישראל, השואפת להשיג נשק גרעיני, להשתמש דווקא במחשבי-על כדי להימנע מן הצורך לבצע ניסוי אטומי. מחשבי-על מסוגלים גם לסייע מאוד בתכנון טילים בליסטיים ולבדוק את יכולתם לעמוד בטמפרטורות ובלחץ הנוצרים בעת החזרה דרך האטמוספירה.
במשך כל השנים מאז שנות השמונים סירבו ארה"ב ומדינות אחרות למכור לישראל מחשבי-על כיוון שישראל לא חתמה על האמנה הבינלאומית למניעת הפצתו של נשק גרעיני, אבל המאמצים הדיפלומטיים ושינוי נסיבות פוליטיות הפשירו את הסירוב עד שבשנת 1992 הצליח הטכניון לרכוש שני מחשבים גדולים, ששילוב הכוחות ביניהם ייצר כוח חישוב כמו של מחשב-על. המחשבים האלה נרכשו מחברת בריטית בשם "מייקו סיינטיפיק" (Meiko Scientific).
כשנשבר הקרח וכשארה"ב הבינה כי לא תוכל למנוע מישראל לממש את תוכניותיה, הסכימה ארה"ב ב-1994 למכור לישראל 9 מחשבי-על. שניים מחברת "קריי ריסרץ'" (Cray Research), חמישה מחברת IBM ושניים נוספים מחברת "סיליקון גרפיקס" (Silicon Graphics).
המחשבים חולקו כך: הטכניון, האוניברסיטה העברית, ומכון ויצמן - אשר לכולם יש קשרים לתוכנית הטילים של ישראל. יכולת החישוב של המחשבים האלה יחד מגיעה לשיעור של 1,071 מיליון עד 6,796 מיליון פעולות בשנייה.
ההחלטה של הממשל האמריקני למכור את מחשבי-העל האלה לישראל עוררה ביקורת חריפה בוועדה לאנרגיה אטומית בארה"ב ובמשרד ההגנה מתוך ההערכה כי עוצמת מחשוב כפי שהיא יכולה לבוא לידי ביטוי בשילוב פעילות כל מחשבי-העל תסייע לישראל לפתור בעיה הנדסית חשובה: איך ניתן למזער ראשי חץ מימניים כדי שיתאמו לשיגור בטילים בליסטיים בין-יבשתיים ארוכי טווח.
בנוסף לכך, בתחילת 1996, אישרה ארה"ב מכירת מחשב-על נוסף למשרד הביטחון הישראלי לשימוש ב"אתר צבאי סודי". המחשב שנבנה גם הוא בחברת "קריי ריסרץ'" הוא בעל יכולת חישוב של 2,625 מיליון פעולות בשנייה ועל-פי מקורות אמריקנים הוא מיועד לשימוש של שירותי המודיעין הישראלים. נמסר כי משימתו של מחשב-על זה היא להצפין ולפענח מסרים סודיים.
זאת ועוד: בחודש מאי 1996 נודע כי ארה"ב אישרה, על-פי בקשת משרד הביטחון הישראלי, שדרוג מחשב-על קיים מרמת עיבוד של 1,335 מיליון פעולות בשנייה לרמה של 2,596 מיליון פעולות בשנייה. אישור זה ניתן על-ידי רמות גבוהות ביותר בממשל בניגוד לעמדת הגורמים האמריקנים המקצועיים. במקביל להחלטה זו אושר גם שדרוג של אחד ממחשבי העל במרכז המחשוב באוניברסיטת תל אביב מרמה של 5,225 מיליון פעולות בשנייה לרמה של 10,425 מיליון פעולות בשנייה. באותה הזדמנות ארה"ב גם אישרה לישראל להעביר את מרכז מחשבי העל מאוניברסיטת תל אביב לאוניברסיטת בן-גוריון.
