ספר יונה הפך לסמל ולמצפן של תפילת המנחה ביום הכיפורים: "להורות שה' רחמיו על כל מעשיו ולכן אנו מפטירים בזה בשעת המנחה שהיא שעה רצויה" (דרשות רבי יהושע אבן שועיב, דרשה ליום הכיפורים דף צג).
סיפורו של יונה בן אמתי מגת החפר מופיע בפרקי שושלת יהוא: "בשנת חמש עשרה שנה לאמציהו בן יואש מלך יהודה מלך ירבעם בן יואש מלך ישראל בשומרון ארבעים ואחת שנה. ויעש הרע בעיני ה' לא סר מכל חטאות ירבעם בן נבט אשר החטיא את ישראל. הוא השיב את גבול ישראל מלבוא חמת עד ים הערבה כדבר ה' אלוהי ישראל אשר דבר ביד עבדו יונה בן אמתי אשר מגת החפר" (מלכים ב' יד).
תיאור העם הוא שאין לו עוצר (שליט) ואין לו עוזב (עוזר) מזכיר לקורא את המילים של נבואת משה רבנו בשירת האזינו. זעם על נטישת העם את אלוהיו, הבטחה לענישה קשה, והבטחת נחמה. בפסוקי יונה בספר מלכים, מתוארת התקופה כנקודת שפל קשה לישראל. נבואת יונה, היא נבואת עידוד בתוך ימי האפלה. הנביא אלישע למשל מסרב להתפלל בעת הרעב בשומרון, כי "הנה זאת הרעה מאת ה' מה אוחיל לה' עוד" (מלכים ב' ו') אלישע מאמין במידת הדין הקשה, לא דין שהופך לרחמים, גם יונה מאמין ברדיפת האמת ובחיתום דין. הוא יודע שבעולמו של הקב"ה יש מידת רחמים על הבריות והוא מבקש לסלק עצמו משליחות שאינה חתומה בחותם האמת.
אחד היסודות הבולטים השוזר את ספר יונה, הוא הקושי של יונה לקבל את הגישה האלוהית המוותרת על הדין ומעדיפה את הרחמים. אמונתו של יונה הביאה אותו למרוד באל הרחום והחנון הניחם על הרעה שחשב לעשות לברואיו. החוויה המטלטלת של יונה בבטן הדג ותחת צל הקיקיון, הביאה אותו להבנה שיחסו של הבורא אינו מאפשר את קיום הדין ללא חמלה. ההכרה הזו בכוח הסליחה המביאה לשחיקת הדין ולכרסום האמת הופכת את ספר יונה לאחד מעמודי המחשבה הדתית לאורך כל הדורות. יונה הוא "בן אמיתי", וכולו ממוקד במימוש מידת האמת. כך הוא מוחה בשמעו שאלוקים סלח לאנשי נינוה. "על כן קידמתי לברוח תרשישה כי ידעתי כי אתה אל חנון ורחום ארך אפים ורב חסד ונחם על הרעה" (יונה ד' ב').
מידת הרחמים
יונה אינו יכול לשאת את הנבואה שבסופה תתגלה כריקה שהרי יבואו אנשי נינווה יתנצלו וימגרו את האמת ויזכו לברכת חיים. אבל בעל כורחו יונה נזרק לשליחות ונאלץ לחוות את הכאב עד מוות כמעט, בייבושו של הקיקיון. שם, במצולת הייאוש, שומע יונה את תמצית הבחירה האלוקית לרחם על בני האדם: "אתה חסת על הקיקיון אשר לא עמלת בו ולא גידלתו... ואני לא אחוס על נינווה העיר הגדולה".
רחמיו של ה' הם על כל מעשיו. כולם יצירי כפיו ועל הכל הוא חס וחומל. לאחר שלמד יונה את מקומה של מידת הרחמים בעולמו של אלוקים, הוא שב לביתו, שם הוא חווה יחד עם כל בני עמו, את ימי השפל הקשים של יהואחז. יונה המלא ברוח ה' המנחמת והמפייסת, מסתובב בערי השומרון ובפיו הבטחה לישועה. נביא שמסתובב בממלכה קרועה שהאויב מאיים להחריבה, והוא קורא בקול נבואת תשועה ושגשוג.
יונה כבר למד על בשרו שמידת הרחמים של הקב"ה מתגברת על מידת האמת, לכן שלא כאלישע, אין הוא מסרב להתפלל להצלת ישראל במצוקת הרעב בשומרון, ומבטיח בימים הקשים, שה' לא ישמיד את ישראל. יונה הופך לנביא התקווה שישראל ייוושעו מאויביהם, אם רק יתעוררו לתפילה ותשובה. ואכן נבואתו התגשמה בפרק על הנביא עמוס: "הוא השיב את גבול ישראל מלבוא חמת עד ים הערבה כדבר ה' אלוקי ישראל אשר דבר ביד עבדו יונה בן אמתי הנביא אשר מגת החפר"(מלכים ב' יד').
הקורא בספר יונה חייב להרהר בתוצאותיו. הרחמים נובעים מתוך קשר שבין יוצר ויצירה, והוא משכיח את הימים הקשים, כי מתקיימת ההבטחה, שגם כאשר עם ישראל בשפל, הקב"ה איננו נוטש אותו.
הרמב"ם פסק: "יום הכיפורים הוא זמן תשובה לכול, ליחיד ולרבים, והוא קץ מחילה וסליחה לישראל: לפיכך חייבין הכל לעשות תשובה ולהתוודות ביום הכיפורים" (הלכות תשובה ב', ז') ביום הכיפורים מופיעה מידת האמת, ובמידת האמת ישראל לעולם זכאים. לאחר ש"מחיתי כעב פשעיך וכענן חטאותיך" אפשר סוף-סוף להיות "שובה אלי כי גאלתיך" (ישעיהו מד',כב').
