שרת החינוך יולי תמיר, הודיעה (יום ב', 19.2.2007), כי הזוכה בפרס ישראל בתחום ידע ארץ-ישראל לשנת תשס"ז הוא: פרופסור אמנון כהן מהאוניברסיטה העברית בירושלים.
את בחירתם נימקו השופטים בכך "שמחקריו של פרופ' כהן בארכיונים של בית הדין השרעי בירושלים מהווים פריצת דרך בהיסטוריוגרפיה של ארץ ישראל ושל האימפריה העות'מאנית. הישגיו המחקריים בשטח זה זכו להכרה ולהוקרה יוצאי דופן בקהילה האקדמית בינלאומית. פרופ' כהן הינו מורה נדיב ומסור, שהעמיד דור של חוקרים ומורים הפועלים ברוב האוניברסיטאות בארץ. פרופ' כהן תרם תרומה חשובה לידע ארץ ישראל כמנהיג אקדמי בין השאר בתפקידים שמילא ביד בן צבי ובמכון טרומן".
את רוב חייו בילה פרופ' כהן במחקר ובהוראה באוניברסיטה העברית בירושלים, שממנה פרש לפני שלוש שנים לגימלאות. בשנים שבהם בילה בשבתון בחו"ל, שימש כמרצה בחוגים למזרחנות במוסדות מחקר והוראה מן השורה הראשונה שם. במרוצת השנים השתתף באורח פעיל בכנסים מדעיים רבים באירופה ובארה"ב, שם הרצה על פירות מחקריו השונים. הוא משמש כחבר קבוע בוועדה האקדמית של הכנס הבינלאומי הדו-שנתי להיסטוריה חברתית וכלכלית של טורקיה, וכן נבחר לוועד המנהל של ארגון המסונף לאונסקו, שעניינו חקר ההיסטוריה העות'ומאנית.
במסגרת אחרונה זו הצליח לראשונה לערוך בישראל את הכינוס הדו-שנתי של הארגון בקיץ 1991, שאותו תכנן (בשיתוף עמיתים מאוניברסיטאות אחרות) וניהל. הוא אף משמש מזה שנים אחדות כחבר בוועדה האקדמית של הפרסומים בהיסטוריה עות'מאנית של בית ההוצאה היוקרתי Brill בליידן, הולנד.
בשנת 1990 הקים במסגרת האוניברסיטה העברית את "מכון ג'ימס שאשא לסמינרים בינלאומיים", שבו ערך וניהל - בשנים 1998-1990 - סמינר שנתי לאנשי אקדמיה, עסקים וממשל מחו"ל, שבאו מ-15 ארצות.
תפקידו האחרון באוניברסיטה העברית היה ניהול (שתי קדנציות) של מכון טרומן לקידום השלום (בשנים 2003-1998). במסגרת זו היה אחראי לתנופה גדולה במחקר, בארגון ובהרחבת מסגרות הפעילות האקדמיות והציבוריות של המכון. בתחום אחרון זה נערכו ועידות בינלאומיות, כנסים ארציים ומיפגשי חוקרים מן הקהילה האקדמית הישראלית (מגדר; תהליך השלום; התפתחויות חברתיות ופוליטיות בארצות ערב ועוד), וכן הושם דגש על ייזום וביצוע פרויקטים משותפים של מחקר עם חוקרים פלשתינים, ירדנים ואף מצרים.
מחקריו נחשבים במזרחנות הבינלאומית ובקהילה האקדמית הישראלית לפריצת דרך שלא נודעה עד כה: הוא חשף לראשונה לחוקרים בעולם ולציבור בארץ את האוצר הבלום של ארכיוני בית הדין המוסלמי של ירושלים העות'מאנית (למעלה מ-400 כרכים עלומים של חומר אפיגרפי קשה ויחיד במינו), ובעקבותיו הלך דור שלם של תלמידים שהכשיר, המלמדים כיום בחוגים למזרח התיכון בכל האוניברסיטאות בארץ. המאפיין את מחקריו הוא השימוש האינטנסיבי והאכסטנסיבי בארכיונים אירופיים, טורקיים ואיסלאמיים מקומיים לחשיפת צדדים רבים של המציאות השלטונית, החברתית והכלכלית בארץ ישראל תחת האימפריה העות'מאנית.