תנועת הרכבות תחודש באופן מדורג מיום ראשון ה-17.5.20, ובתנאי שיינתן אישור מטעם משרד הבריאות הנדרש לפי תקנות צווי הבריאות. זאת בניגוד להודעה קודמת מטעם משרד התחבורה לפיה פעילות הרכבות תחודש כבר במוצ"ש. זאת בין היתר לנוכח העדר שירות אוטובוסים במוצאי השבת. אישור משרד הבריאות נדרש בשל היותה של הרכבת אמצעי הסעת המונים ייחודי ביחס לאמצעי תחבורה אחרים, הכולל מספר קרונות עם יציאות וכניסות רבות, אשר עובר במספר רב של תחנות ביניים. בשל כך לא ניתן לשלוט במספר הנוסעים והתקהלותם ברכבות וברציפים. בהתאם להנחיות משרד הבריאות, נוסעי הרכבת יידרשו לאחריות חברתית בדומה לכלל המקומות הציבוריים, הכוללים שמירה על ריחוק חברתי, עטיית מסיכה והימנעות מנסיעה במקרה של תסמיני מחלה. רכבת ישראל תקיים הסברה בקרב הנוסעים להדגשת הוראות משרד הבריאות, ותפעיל מערך בידוק מוגבר בכניסות לתחנות. המאבטחים יבדקו חום, יתשאלו את הנוסעים, וכן יחייבו חבישת מסיכה וחיטוי ידיים. תנועת הרכבות תחודש בשני שלבים מרכזיים, כאשר על-פי הנחיית משרד התחבורה, בשלב זה (בתאריכים 30-17 במאי), יופעלו קווים מרכזיים, עם שינויים במסלולי הנסיעה, בימי ראשון עד חמישי בלבד, בשעות 22:00-06:00 (בקירוב).

• תחנות שתישארנה סגורות - נתניה ספיר; בית יהושע; הרצליה; רעננה מערב; רעננה דרום; הוד השרון סוקולוב; כפר סבא נורדאו; בני ברק; פאתי מודיעין; נתב"ג; י-ם גן החיות; י-ם מלחה; חולון וולפסון; צומת חולון; בת ים יוספטל; בת ים קוממיות; ראשל"צ משה דיין; יבנה מערב; יבנה מזרח; אשדוד עד הלום; דימונה.

בתקופה זו יושלמו עבודות תשתית רבות, אשר ביצוען החל ונמצא בעיצומו, וכן עבודות שיאפשרו צמצום הפסקות התנועה היזומות שתוכננו להתבצע בכל מקרה בעתיד. עם סיום שלב ההפעלה הראשון בסוף החודש, וכפוף לאישור מטעם משרד הבריאות, יורחב השירות הרכבתי ויוחזרו לפעילות קווים ותחנות נוספות. עם חזרתה המלאה של תנועת הרכבות לשגרה תמשיך הרכבת בהאצת מיזם חשמול המסילות וכן במיזמים נוספים דוגמת המסילה המזרחית, אשר ידרשו המשך שינויים מסוימים בתנועת הרכבות באזור הדרום והשרון גם בחודשים הבאים.

• הקווים שיוחזרו לפעילות בתאריכים 30-17 במאי - רכבות בקווים כרמיאל-חיפה חוף הכרמל, עתלית-בית שאן (קו העמק), ירושלים נבון-ת"א ההגנה, לוד-ראשל"צ הראשונים - תופעלנה כסדרן.

רכבות בקו נהריה-מודיעין מרכז - תופעלנה במתוכנת מפוצלת - בין תחנות נהריה ונתניה, ובין תחנות מודיעין מרכז ות"א סבידור מרכז (ללא עצירה בתחנות נתב"ג ופאתי מודיעין בה מתבצעות עבודת שדרוג לשיפור השירות כחלק מפרויקט קשת מודיעין). לא יופעלו רכבות בין תחנות נתניה לת"א סבידור מרכז. לרשות נוסעי הרכבת בשעות הפעילות (שעות היום בלבד) תפעיל רכבת ישראל מערך הסעים חינמי באוטובוסים בין תחנות נתניה ות"א סבידור מרכז.

רכבות בקו נהריה-באר שבע (דרך קריית גת, לוד וכו') -

תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות נהריה וחיפה חוף הכרמל, ובין תחנות ב"ש מרכז ות"א סבידור מרכז.

רכבות בקו כרמיאל-ב"ש מרכז (דרך קריית גת, לוד וכו') -

תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות כרמיאל וחיפה חוף הכרמל, ובין תחנות ב"ש מרכז ות"א סבידור מרכז. לא יופעלו רכבות בקווים אלה בין תחנות חיפה חוף הכרמל ות"א סבידור מרכז, אך ניתן יהיה להמשיך דרומה מתחנת חיפה חוף הכרמל לתחנת נתניה באמצעות קווים אחרים. רכבות בקו ב"ש-ראשל"צ משה דיין-ת"א-רעננה (קו הנגב המערבי) תופעלנה במתכונת מפוצלת - בין תחנות ב"ש מרכז ואשקלון, ובין תחנות ראש העין צפון ות"א ההגנה (ללא עצירה בתחנת בני ברק, בה מתבצע מיזם שדרוג משמעותי שנמצא בעיצומו). לא יופעלו רכבות בקו זה בין רעננה לראש העין צפון, ובין אשקלון ואשדוד לת"א ההגנה. רכבות בקו הפרברי בנימינה/נתניה-אשקלון/רחובות תופעלנה בין תחנות ת"א סבידור מרכז ורחובות. לא יופעלו רכבות בקו זה בין בנימינה לת"א סבידור מרכז ובין תחנות אשקלון ואשדוד לרחובות. רכבות בקו נתניה-בית שמש תופעלנה בין תחנות ת"א ההגנה ובית שמש. לא יופעלו רכבות בקו זה בין ת"א ההגנה ונתניה (אך ניתן יהיה להמשיך צפונה מעבר לתחנת ההגנה בקווים אחרים עד תחנת ת"א סבידור מרכז).

רכבות בקווים: בית שמש-ירושלים מלחה, ב"ש צפון-דימונה ורכבות הלילה בכל הקווים - לא תופעלנה.