החינוך החרדי הבלתי-רשמי סובל מתקצוב חסר מצד הרשויות המקומיות והתנאים בו לרוב גרועים משמעותית מאשר בחינוך הרשמי. כך עולה (יום ד', 30.6.21) מדוח מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, על השלטון המקומי.
22% מילדי ישראל למדו בשנת הלימודים תשע"ט ב-698 מוסדות חינוך אלה. התקציב שהם מקבלים מן הרשויות המקומיות מגיעים במקרה הטוב ל-65% מזה הניתן למוסדות חינוך אחרים, ובמקרה הגרוע ביותר - ל-5% בלבד. הבעיה מתחילה בהקצבות של משרד החינוך: בעוד הוא העביר לרשויות 2.2 מיליארד שקל לתמיכה בבתי הספר הרשמיים בחמש הרשויות שנבדקו (באר שבע, רעננה, שפרעם, זכרון יעקב ופרדס חנה-כרכור), הסכום שנועד לבלתי-רשמיים היה 54 מיליון שקל בלבד.
ההשקעה הממוצעת בתלמיד בחמש הרשויות נבדקו הסתכמה ב-6,000-1,000 שקל לכל תלמיד, אל מול 2,567-257 שקל לתלמיד במוסדות הבלתי-רשמיים. סכום ההשקעה הושפע מגודל הרשות וממצבה הכלכלי-חברתי. קיימים פערים במצאי המבנים והתשתיות שבהם פועלים מוסדות החינוך הבלתי-רשמיים ברשויות אלו. לחלק מהם אין מגרשי ספורט, ולרובם אין אולמות ספורט ואין כיתות מחשבים. ברשויות בהן קיימים מתקנים קהילתיים, כדוגמת אשכול פיס וספרייה ציבורית, ניתנה למוסדות הבלתי-רשמיים רשות שימוש בהם, ואולם המתקנים הקהילתיים לא הוקמו בסמוך לאותם המוסדות.
תקצוב המוסדות הבלתי-רשמיים אושר במסגרת האישור הכולל של התקציב במועצות הרשויות. עם זאת, החלטות לתקצוב נוסף לא הובאה לאישור מליאת המועצות. לא נקבע המנגנון שבאמצעותו תפעל הרשות המקומית כאשר היא קובעת את התקצוב הנוסף, באופן שיקדם את השוויוניות והשקיפות בחלוקת התקציבים הציבוריים. בכל חמש הרשויות נמצאו ליקויים בפיקוח ובבקרה על התקציבים שהעניקו למוסדות הבלתי-רשמיים.
נמצאו ליקויים בהתנהלותן של חלק מהרשויות בנוגע להקצאת נדל"ן למוסדות הבלתי-רשמיים. עיריית באר שבע לא השלימה את הליכי הקצאת המקרקעין כנדרש לשלושה נכסים; עיריית רעננה העבירה נכס עירוני הועבר לעמותה, ללא תיעוד שהדבר התבצע בהתאם לנוהל הקצאת מקרקעין ומבלי שלעירייה חוזה עם העמותה המסדיר את הקצאת הנכס והשימוש בו; נכסים של המועצה המקומית זכרון יעקב הועברו לעמותה ללא תיעוד לפיו הדבר התבצע בהתאם לנוהל הקצאות קרקע.
