נחמקין נרתם לקריאתו של בן-גוריון לבני ההתיישבות העובדת לסייע למושבי העולים בדרום, ובין השנים 1956-1954 התנדב עם קבוצה מבני המושבים הוותיקים ובהם נהלל, כפר ויתקין' כפר יחזקאל ועוד לסייע למושבי העולים בנגב שזה לא מכבר הוקמו, ובמסגרת זו התגורר כשנתיים במושב ברוש. נחמקין היה פעיל מרכזי במשך שנים בתנועת המושבים. בשנות ה-60 היה מרכז אגף המשק בתנועה וב-1970 מונה למזכיר תנועת המושבים, תפקיד בו כיהן במשך כעשור עד 1981. . לאחר סיום תפקידו כשר חקלאות מונה ליו"ר חברת אגרסקו. ב2010 הלכה לעולמה רעייתו שרה נחמקין בתם של חנה ויצחק כבשנה שהיה ממקימי תנועת "הפועל הצעיר". אחד מתחביביו של נחמקין היה רכיבה על סוסים. לדבריו, כבר מגיל 5-4 נהג לרכוב על סוסים. בני משפחתו מספרים כי עד לפני מספר שנים לא רב הגם שנשק לגיל 90 רכב על סוסים. אריק היה נשיא "פרלמנט העמק" המיתולוגי המתכנס בקיבוץ יפעת. איש רב מעשים ופעלים היה. הותיר אחריו 3 ילדים - עמליה, דליה ושאול, נכדים ונינים.

עם היודע דבר מותו פרסמה תנועת המושבים הודעת אבל ובה נאמר בין השאר: "אריק ממושב נהלל, איש העמק, דמות מיוחדת ומרכזית במגזר החקלאי וההתיישבותי שנים רבות, שייך לדור אשר ייסד ובנה את ההתיישבות המושבית והחקלאית לאורך שנים במסירות ונחישות יוצאת דופן. אריק אהב את ארץ ישראל ואת ההתיישבות בארץ". שר החקלאות ופיתוח הכפר, עודד פורר ספד לנחמקין: "אריק נחמקין היה איש ארץ ישראל היפה, ציוני אמיתי, אשר תרם רבות לקידום החקלאות וההתיישבות החקלאית בישראל לאורך הדורות". ח"כ רם בן ברק, בן מושב נהלל כתב בדף הפייסבוק: "אריק נחמקין ח״כ ושר החקלאות, איש אדמה ומאבות המייסדים של המדינה הלך לעולמו. הוא היה חבר, שעד גיל 90 רכבנו יחד על סוסים בעמק האהוב שלו ושלנו. מענטש אמיתי שהיה לי מודל לחיקוי".

בסוף השבוע (25.11.21) הובא אריק נחמקין לקבורה בבית העלמין בנהלל שבתל שימרון הצופה לעמק, שם קבורים כמה מבני משפחתו. אגב הקבר הראשון שנכרה בבית העלמין בנהלל הוא קברה של סבתו חוה נחמקין שנפטרה בתחילת שנות ה-20 של המאה הקודמת. בבית העלמין ספדה לו שרת התחבורה מרב מיכאלי שאמרה בין השאר: "ביום הראשון שלי במפלגת העבודה, שהתחלתי להגיע לפרלמנט העמק, הייתה לי התרגשות ושמחה מיוחדת לפגוש את השר נחמקין, שהכרתי אותו בתור ילדה שהתעניינה בפוליטיקה וקשר אישי מאוד מצחיק - כשהתגייסתי לגלי צה"ל והייתי קריינית, אחרי כמה חודשים הושעתי על-ידי מפקד התחנה נחמן שי, כי השמעתי באמצע מבזקים שיעולים מקלטת שהייתה באולפן, ובכן אלו היו שיעולים של השר נחמקין. ולכן התרגשתי באמת לפגוש אותו וגם לא ידעתי שהוא כל-כך גבוה. הוא כל-כך גבוה, זה וואו. מיד סיפרתי לו על הדבר הזה, מיד הסכמנו על המון דברים. באופן כללי הסכמנו על המון-המון דברים, זה היה באמת קצת לא נעים. הגובה וזקיפות הקומה של השר אריק נחמקין, הם בעיני משל והם מדגימים שיעור קומה ועמוד שדרה ערכי שאנחנו במפלגת העבודה מנסות ומנסים לחזור אליו. זה סוג של מצפן שאני מסתכלת עליו ואני אומרת 'לשם אנחנו צריכות וצריכים לחזור'. עמוד שדרה ערכי כזה שלמשל התנגד להקמת ישובים בגוש-קטיף וכמזכ"ל התנועה לא נתן את ידו לדבר הזה. אמר 'אי אפשר יהיה לחיות שם', ואיך לומר? ידע מה הוא אומר. עמוד שדרה ערכי של הקשר בין התיישבות, חקלאות, ביטחון, ציונות. בימים האלו שבהם אנחנו שוב, בפעם המי יודע כמה נאבקות על עתידה של החקלאות, על עתידה של ההתיישבות בתוך גבולות מדינת ישראל, על עתידם של הנגב והגליל. אנחנו נאבקות עליהם ואני אומרת לכן ולכם בכנות גמורה, השר אריק נחמקין בשבילי הוא בדיוק התמונה שאני צריכה מול העיניים בשביל כל פעם להתארגן מחדש".