יציאת מצרים הראשונה
יציאת מצרים הראשונה התרחשה בתקופת החיקסוס, סביבות 1,500 לפנה"ס. החיקסוס היה עם שמי שהגיע למצרים כ-400 שנה לפני כן, וכבש את החלק הצפוני שלה, באזור שפך הדלתא של הנילוס. מלכים משושלת זו ידועים לנו היום בשמותיהם, ביניהם המלך פפי והמלך יעקב-אל.
בשלב מסוים, במאה 15 לפנה"ס, הגיע מושל מקומי מתבאי בשם יעחמס ה-1 שהצליח לנצח את החיקסוס וגרש אותם ממצרים (אביו ואחיו נהרגו במלחמה הזאת). הוא רדף אחרי החיקסוס עד העיר שרוחן בנגב הצפוני וצר עליה במשך 3 שנים עד שכבש אותה. חלק מהחיקסוס נהרגו בקרבות וחלק אחר נלקח בשבי למצרים. עדות על לקיחת השבויים מופיעה בקברו של הקצין הבכיר בצבאו של יעחמס (שגם שמו היה יעחמס) בכתובת שנתגלתה בקברו באל-קאב, כ-65 ק"מ מדרום לתבאי. העיר שרוחן מופיעה גם בספר יהושע, בנחלת שבט שמעון. חלק מהחיקסוס שלא הצליח לברוח או שנשבה בקרבות נשאר במצרים בתור עבדים. הזמן: 1,500 לפנה"ס בערך. ייתכן שהצבא המצרי שרדף אחרי החיקסוס גם כבש והרס את הערים המקומיות בכנען. שכבות ההרס והחורבן מהתקופה הזאת - הברונזה התיכונה - משמעותיות מאוד. עד היום המחקר לא הצליח לפענח מי או מה היה הגורם לחורבן המסיבי הזה בערים הכנעניות.
הכהן המצרי מנתון, מהמאה ה-3 לפנה"ס, כתב את ההיסטוריה של המלכים המצריים. הוא חי בתקופה התלמאית ונתבקש על-ידי המלך תלמי לכתוב את ההיסטוריה של מצרים העתיקה. בין היתר כתב גם על המלכים החיקסוסים ועל גירושם ממצרים. מנתון כותב שהחיקסוס התבססו בכנען, נקראו בשם 'יהודה' ומאוחר יותר הקימו את עיר בירתם בירושלים. ההיסטוריון היהודי-רומי יוספוס פלאביוס הסתמך עליו בספרו 'נגד אפיון'.
באותו זמן, בסביבות 1,500 לפנה"ס, התרחש מאורע טבע קיצוני - התפרצות הר געש באי סנטוריני, בים התיכון סמוך ליוון. האירוע הביא אתו גלי צונאמי ענקיים וגרם להסתרת השמש ולחושך בגלל האבק הרב שעלה לאטמוספירה בעקבות התפרצות הר הגעש. הוא גרם לכך שחלק גדול מהאי קרס לתוך הים ואולי גם להשגת מי הים. ייתכן שהאירועים האלה היוו חלק מ'מכות מצרים' שבתנ"ך.
החיקסוס שגורשו ממצרים החלו להתיישב בכנען, משני צידי עבר הירדן. ייתכן שהשבטים גד, ראובן אפרים ומנשה הם חלק מהאוכלוסייה הזאת. היישובים שלהם הוקמו בתל-עומיירי בעבר הירדן המזרחי ובישובים בגב ההר כמו שילה. בחפירות ארכיאולוגיות ביישובים האלה נתגלתה תרבות חומרית זהה, שכללה חומת סוגרים, בתי ארבעת מרחבים, קנקני שפת צווארון, כלי חרס דומים ועוד.
יציאת מצרים השנייה
העבדים-החיקסוסים שנשארו במצרים הצליחו לברוח ממנה בסביבות 1,200 לפנה"ס. מנהיגם היה משה. על כך מספר הכתוב - 'עבדים היינו לפרעה במצרים'. התנ"ך מספר כי העבדים הקימו את ערי המסכנות פיתום ורעמסס, ומשום כך נקבע זמן יציאת מצרים לתקופת רעמסס השני. בתקופתו הוקמו עיר המסכנות על חורבות אוואריס, שהייתה עיר הבירה של החיקסוס לשעבר. הקבוצה השנייה קיבלה את התורה ביחד עם משה במעמד הר סיני. בדרך לכנען הם התחברו עם הישראלים-החיקסוסים שכבר ישבו כאן, ובעזרתם כבשו והתנחלו בכנען.
המנהיג של הישראלים הוותיקים היה יהושע והוא חבר למשה בברית בערבות מואב. הישראלים הוותיקים הסכימו לקבל את האמונה החדשה שהביא משה. עדות לכך מופיעה במעמד הברית בשכם (יהושע כד): יהושע מציג בפני הישראלים הוותיקים את שלושת אפשרויות האמונה: האמונה בה', האמונה באלי אבותיהם בחרן או האמונה באלי כנען, הם בוחרים באמונה בה'. במעמד הברית בשכם מוצגת ההיסטוריה של העם אבל לא מוזכר כלל מעמד הר סיני היות שהמעמד הזה התקיים אך ורק עם הקבוצה השנייה שיצאה ממצרים.
עדויות ארכיאולוגיות
במזבח בהר עיבל, שנחשף על-ידי הארכיאולוג זרטל, נתגלו שתי חרפושיות ששימשו כמנחה והונחו שם בזמן ייסוד המזבח הראשון (הקדום יותר), שתיהן בסגנון חיקסוסי. על האחת נרשם בקרטוש שמו של המלך תחותמס השלישי שזמנו מאה 15 לפנה"ס. תחותמס ערך מסע צבאי לכנען ב-1482 לפנה"ס לערך. על החרפושית מופיע כתב-תמונה המלמד שבעל-החרפושית היה מפקד יחידת הקשתים של תחותמס. ייתכן שבצבאו של המלך המצרי שירתה גם חטיבת קשתים ממוצא חיקסוסי. בתנ"ך מוזכר כי בני בנימין היו קשתים מעולים והם לימדו את בני יהודה לדרוך קשת.על החרפושית השנייה שנתגלתה במזבח עיבל נחרט עיטור צמחי בסגנון חיקסוסי. זו יכולה להיות עדות לכך שהישראלים הוותיקים היו חלק מהחיקסוס.
היישובים של החיקסוסים הקדומים הוקמו בתל-עומיירי בעבר הירדן המזרחי ובישובים בגב ההר כמו שילה. בחפירות ארכיאולוגיות ביישובים האלה נתגלתה תרבות חומרית זהה, שכללה חומת סוגרים, בתי ארבעת מרחבים, קנקני שפת צווארון, כלי חרס דומים ועוד.
בחפירות ארכיאולוגיות בתל עומיירי בעבר הירדן המזרחי נתגלה בית-ארון קודש כמו זה שנתגלה בקייאפה, ליד בית שמש. האתר בקייאפה מתוארך לתקופתם של שאול ודוד. שני ארונות הקודש נראים זהים להפליא מלבד הבדל אחד - הארון בקייאפה כלל שני עמודים בפתח הכניסה ואילו הארון בתל עומיירי כלל שני עמודים בצורה של אלים (אל+אלה) בפתח הכניסה. כנראה שלאחר קבלת האמונה בה' ועשרת הדיברות, עמודי-האלים הפכו למייצגים בלבד, ללא דמות (בעקבות האיסור על עשיית פסל ומסיכה בעשרת הדברות) .העמודים האלה הוקמו גם בבית המקדש שבנה שלמה - עמודי הנחושת יכין ובועז.
