לא במקרה עברו כל הנסיונות לבנות זהות יהודית מודרנית דרך בחינת אורחותיה של יהדות בית שני: יהדות זו נתפסה, בשל ריבוי כיתותיה וזרמיה, כמונוליטית הרבה פחות מן היהדות הרבנית שצמחה אחרי החורבן. יהודים רבים בעת החדשה ראו בה, לפיכך, מודל אפשרי לחידוש חיים יהודיים המשוחררים מכבלי המסורת הרבנית. אין זה פלא, אפוא, שהכתות והזרמים הללו עמדו, עוד מראשיתה, במרכז מחקרה של 'חכמת ישראל' - התנועה המשכילית שייסדה בתחילת המאה ה-19 את תחום מדעי היהדות בתבניתו המודרנית.
אולם הפעם הראשונה בה ניתנה לחוקרים גישה בלתי אמצעית לצפונותיה של אחת מכתות בית שני הייתה עם גילוין של מגילות קומראן. חשיפתה של הכת באמצעות החיבורים שנמצאו בקומראן הינה, ללא ספק, אחת הסיבות המרכזיות לכך שהמגילות הללו ממשיכות להלהיב את דמיוננו גם היום, למעלה מחצי מאה לאחר שנמצאו.
גילוי המגילות עורר התרגשות רבה גם בקרב חוקרי נצרות מכל העולם. עבורם, פריצת הדרך שעשתה התגלית הייתה בחשיפתה הראשונה של נקודת מבט לא רבנית על עולמו של ישו ועל עולם הנצרות הקדומה. ואכן, כפי שניתן ללמוד מקריאת אוסף המחקרים על מגילות קומראן שיצא לאור בהוצאת יד בן-צבי, משמעותן של המגילות בהבנת התרבות הרבנית והנצרות הקדומה רבה מאוד. "אי-אפשר שלא לחוש שוב ושוב את ההתפעמות על מציאת הספרות האבודה ואת הצער העמוק על כל המילים - והתכנים שהן אוצרות בקרבן - שנגסו בהן התולעים והרקב, ושהן מכוסות מעינינו, שרויות באפלת נצח, ורק לעתים ניכרת מילה - לפעמים כמעט חסרת הקשר - מתוך אפלה זו, ומנצנצת אל היודע לראותה". כך כותב מנחם קיסטר שערך את הספר: שני כרכים של מבואות ומחקרים בהיקף שלא נודע עד כה בעברית, שיצאו במהדורה אלבומית מפוארת הכוללת עשרות צילומים ומפתחות מפורטים.
קיסטר קיבץ במפעל זה 30 מאמרים שנכתבו (ברובם) על-ידי מיטב החוקרים הישראלים בתחום. זהו מבחר המציג עושר גדול מאוד: אין כמעט תחום בחקר יהדות בית שני שאינו זוכה בו לטיפול מעמיק. כל מאמר פותח בפני הקורא עולם ומלואו - ארכיאולוגיה לצד בעיות בפענוח טקסטים, תולדות התפילה, נוסח המקרא ופרשנותו, היסטוריה צבאית של העולם הרומי וההלניסטי, תולדות ההלכה, לוח השמש של הכת, התיאולוגיה של הכת, משיחיות ואחרית הימים, בעיית הרע, תולדות הלשון העברית והארמית, צדוקים ואיסיים ופרושים ונוצרים קדומים, שרידים של הספרים החיצוניים (שהיו ידועים לפני גילוי המגילות רק בתרגום) במקורם העברי או הארמי. כל אלו ניצבים לצד סקירות מקיפות של כל המגילות הגדולות שנתגלו בקומראן ושל אין ספור חיבורים קטנים יותר.
כוחם הגדול של הכרכים שלפנינו אינו רק בהיקף ובמבחר שהם מציעים, אלא בהזמנה של הקורא בהם ללמוד ולהתלבט יחד עם החוקר. כותבי המאמרים מובילים את הקורא עקב בצד אגודל דרך עשרות רבות של קטעים מפורשים (מחלקם אפשר להתרשם גם מן הצילומים עצמם), כדי להציג בפניו את השאלות ואת הקשיים העומדים בפני המבקשים לגשת אל המגילות. בכך שואבים המאמרים את הקורא אל עולמם של החוקרים, ממחישים את לבטיהם ונוטעים בקורא את תחושות הקיטוע והספק המלוות את החוקרים בעבודתם.
בעמ' 344, למשל, מופיע צילום של הטור הראשון של המגילה המכונה 'סרך המלחמה'. השורה הרביעית מסתיימת במלים 'ולהכרית את קרן'. באיזו קרן מדובר? מי נלחם במי? כל הצד הימני בתשע השורות הראשונות של 'סרך המלחמה' קרוע לגמרי ואי-אפשר לקרוא את ההמשך. בשנת 1955 הציע יגאל ידין להשלים משפט סתום זה במילה 'בליעל': 'ולהכרית את קרן בליעל'. למעלה מעשרים שנה מאוחר יותר חלק דוד פלוסר על פרשנות זו וטען כי בניגוד להערכתו של ידין חוברה המגילה זמן רב לפני הכיבוש הרומי של ארץ ישראל. פלוסר הציע לראות ב"ישראל" את המילה הנעלמה, להבין את הפסוק כך: 'להכרית את קרן [ישראל]', ולקרוא את המגילה כולה כחיבור אפוקליפטי המדבר על מלחמה שתתרחש בקץ הימים. אישור להשלמתו של פלוסר נתקבל כעבור שנה נוספת, משנתפרסמו הקטעים שנמצאו במערה מספר 4. אולם שאלת אחידותה של המגילה ומועד חיבורה עדיין לא נפתרה, וטוב עשה העורך כשהציג עמדות שונות בנושא זה, כברוב הנושאים הנידונים בספר.
אמנם, גישה זו מחירה בצידה: ניכר העדרו של מבוא כללי לתולדות המחקר, אם כי סקירות קצרות בנושא מוצגות בחלק מהמאמרים, ובעיקר במאמריהם של דבורה דימנט ודניאל שוורץ. 'סרך המלחמה', המפורסם מבין חיבורי קומראן, משרטט, כידוע, תמונה של כת 'בני האור' הנלחמים באחרית הימים ב'בני החושך'. אולם הספרות שנמצאה במערות מגוונת הרבה יותר וכוללת בתוכה שפע חיבורים מקראיים, מזמורי תהילים, ספר בן סירא וספרים חיצוניים אחרים. עם פרסומן של המגילות ההלכתיות - 'מגילת המקדש' שפורסמה בסוף שנות ה-70 ומגילת 'מקצת מעשי התורה' שפורסמה בשנות ה-90 - התחדדו עוד יותר שאלת טיבה של הספרייה שנמצאה בקומראן וחידת זהותם של יוצריה.
שני הכותבים הראשונים בקובץ, חנן אשל ומגן ברושי, תומכים, כל אחד בדרכו, בדעה הרווחת במחקר בדבר הקשר בין המגילות שנמצאו במערות לבין כת פורשת ומתבדלת שישבה באתר הסמוך. ואולם לכל הדעות נמצאו בקומראן חיבורים רבים שאינם כיתתיים כלל, כגון כתבי יד של המקרא המצביעים על מצב הנוסח בארץ ישראל, בהם מתמקד מאמרה של צפורה טלשיר. גם ביחס לקטעים הלא מקראיים, ברי שלא כולם שייכים לכת. שאלת מיונם של קטעים אלה עומדת במוקד מאמרים רבים בספר ובמיוחד במרכז מאמרה המקיף של דבורה דימנט ובתגובה שמציג קיסטר, עורך הספר.
טיבם של החיבורים שנמצאו בקומראן הוא מן השאלות המרכזיות בחקר המגילות. מהתשובות אליה נגזרות הבנתנו את משמעותן של הדעות וההשקפות המופיעות בהם. בהקשר זה, שאלה מעניינת היא האם ניתן למצוא בספרות בית שני הסתייגות מן הלאומיות של היהדות ופנייה לאוניברסליות. דניאל שוורץ מצביע על כך שהכת, בדומה לנצרות, מדברת בשפה אוניברסלית: החלוקה ל'בני אור' ו'בני חושך', הוא טוען, מעידה על התבוננות באנושות כולה, 'בני איש', ולא רק ביהודים. קיסטר טוען, לעומת זאת, שאין כאן אלא אשליה סגנונית ומצביע על כך שבאותם חיבורים אוניברסליים, כביכול, אנו פוגשים את 'אל ישראל ומלאך אמתו'. ויכוח דומה מקיימים שוורץ וקיסטר גם על משמעותן של התורה ו'מעשי התורה' במגילות. במאמר אחר מצביע קיסטר על כך שבדומה לפאולוס, המזהה את ירושלים עם הנצרות, הכת שחשפו המגילות מזהה את ירושלים עם עצמה: "[אומר לצי]ון מלך אלוהיך [צי]ון ה[יאה עדת כול בני הצדק]" (פשר מלכיצדק 11Q13).
נדמה ששפע הגילויים החדשים שהשפיעו עלינו קומראן ומגילותיה מעצימים עוד יותר את החידות הגדולות של תרבותנו. ספר זה, על שני כרכיו, נותן לקורא כלי שאין שני לו בעברית להיכנס בשערן של חידות אלו וללמוד את מכמניהן.