הסכם השילומים, אשר נחתם בשנת 1952 בין ממשלת גרמניה לממשלת ישראל, אפשר, בין היתר, לניצולי שואה להגיש בקשות לפיצויים מגרמניה. הניצולים נדרשו לספק ראיות כלשהן להוכחת זכאותם לפי הקריטריונים שנקבעו בהסכם, אך לרוב, לא בדקו בציציותיהם. ההסכם לא כלל יהודים אשר שהו תחת השלטון הגרמני - אולם ברחו לאזור הסובייטי ונכלאו במחנות עבודה, ולא כלל את יהודי צפון אפריקה שחלקם נכלאו במחנות עבודה בתקופת הכיבוש הגרמני. ניצולי השואה עצמם לא היוו חלק מצוות המשא-ומתן הישראלי גרמני, בין היתר משום שמדינת ישראל חששה שהכספים שישולמו להם, באופן ישיר, יגרעו מן הסכומים המשולמים למדינה. בין השנים 1953 - 1965 העבירה גרמניה לישראל כ-3 מיליארד מארק, בסחורות וב"רנטות" (פיצוי אישי לניצולים, אולם רק אלו שהשתייכו ל"תרבות הגרמנית", מה שאינו ריאלי שכן מרבית הניצולים היו יוצאי מזרח אירופה), סכום אשר סייע למדינה הצעירה לחזק ולבנות את תשתיותיה.
חוק נכי רדיפות הנאצים, התשי"ז - 1957 מגלם את המחאת זכותם של ניצולי השואה לפיצוי למדינה (למעט אותם ניצולים שהשתייכו לתרבות הגרמנית, ואשר זכאים לתבוע פיצויים ישירות מגרמניה), כאשר המדינה היא זו שמחלקת את הפיצוי על-פי קריטריונים: ניצול שואה אשר שיעור נכותו עולה על 25%, זכאי לקצבה, אם עלה לישראל עד לשנת 1953.
לדברי עו"ד אילן יעקובוביץ', אשר מייצג ניצולי שואה, "כל התביעות שמוגשות לרשות נתקלות בדחיה, מה שמאלץ את הניצולים להגיש ערר לוועדת העררים, וגם בוועדת העררים המדינה אינה חוסכמת שום טענה בכדי לדחות את התשלום". "הרשות המוסמכת מתנהלת כמו חברת ביטוח", לדבריו. לדבריו, יש והרשות אינה מאמינה לניצול כי אכן שהה בתנאי שלילת חירות או עוצר, והעובדות מתבררות במהלך ההליך המשפטי: אם טענת הניצול עולה בקנה אחד עם המסמכים ההיסטורים, ואם עדותו אמינה על הוועדה, ערעורו מתקבל. לדבריו, היו מקרים שבהם העדויות שסיפקו הניצולים לועדות הערר הוסיפו על הידע ההיסטורי הקיים והרחיבו אותו, שכן רדיפות בזמנים ובאזורים מסוימים, טרם תועדו היסטורית. עם זאת, לדברי יעקובוביץ', ברגע שמשרד האוצר מכיר באדם כ'ניצול שואה', לצורך החוק, אחוזי הנכות מגיעים אוטומטית כי "מניחים שכל מי שנרדף ע"י הנאצים ושרד את השואה סובל מטראומה, ומגיעים לו 25% נכות נפשית". לדבריו "היו ניסיונות של האוצר לסטות משם, ולדרוש הוכחה פרטנית, אך חוות הדעת הפרטניות שהוגשו הציגו אחוזי נכות נפשית גבוהים יותר".
לדברי יעקובוביץ, בשנות השישים והשבעים הוגשו מעט תביעות, הן משום ש"תנאים לקבלת תגמול היו קשים, היו חוקרים אנשים באופן נוקשה", הן משום ש"הייתה התנגדות אידיאולוגית", והן משום ש"אנשים היו צעירים וחזקים והבעיות שהטראומה של השואה יצרה, לא באו עדיין לידי ביטוי, הדברים באו לידי ביטוי בשלב מאוחר יותר, ככל שאנשים התבגרו והזדקנו והטראומות הפכו להיות חזקות יותר, התגובה הנפשית לרדיפות הפכה להיות יותר חריפה". לדבריו, תיקון לחוק משנת 1995 ביטל את ההתיישנות על תביעות אלו ומאז ועד עצם היום הזה נמשך גל של תביעות כנגד הרשות המוסמכת, האמונה על כספי השילומים.
בשנת 1989 הקימו ניצולי שואה ארגון גג הקרוי "מרכז הארגונים של ניצולי השואה בישראל". הארגון דרש לפתוח סעיפים בהסכם השילומים שכן לטענתו ההסכם מקפח ניצולים רבים. ישראל מצידה לא שיתפה פעולה עם הדרישה, שכן בשנת 1972 חתמה על התחיבות שלא לדרוש עוד פיצויים ממשלת גרמניה המערבית. עם זאת, איחוד גרמניה בשנת 1991 פתח, מבחינת המשפט הבינ"ל, אפשרות לפתוח את הסכמי השילומים מחדש. בעקבות פתיחת ההסכם שילמה ממשלת גרמניה פיצוי חד-פעמי בסך 5,000 מארק ל - 522 אלף ניצולי שואה, ותשלום חודשי קבוע של 500 מארק לעוד 50 אלף ניצולים שהוגדרו כנזקקים. "ועידת התביעות" קיבלה את הבעלות על רכוש היהודים בגרמניה המזרחית לשעבר שנותר בלי יורשים חוקיים, אולם חלוקת הכספים שהתקבלו מהרכוש הזה עוררה מחלוקת גדולה. עצם השמת הוועידה כממונה על חלוקת הכספים, הובילה להפניית תלונותיהם של ניצולי השואה לועידה עצמה: הקריטריון שנקבע בידי הוועידה - שהות במחנה ריכוז למשך חצי שנה - היה שרירותי, שכן הוא הוביל לדחיה אוטומטית של מי ששהו, נניח, ארבעה או חמישה חודשים במחנה ריכוז בתואנה ש"לא סבלו מספיק" (ולמרות שבתנאי שבי, כל יום הוא נצח).
הסכום שמשולם לניצולי שואה תחת קריטריונים שונים, אין בו - כאמור - בכדי לכסות את מקצת סבלם של ניצולי השואה, ואין שום סכום כסף שבעולם שיפצה מוסרית על השואה, הגם שהסכם השילומים הוביל לרהביליטציה של גרמניה, שישראל הייתה מובילתה. ניצולי השואה בישראל חיים בעוני מחפיר, ומתמודדים עם בעיות קיומיות קשות של בחירות יום יומיות קשות בין מזון, חימום או תרופות כאשר כל מילוי ולו בדחק של צורך אחד (כגון חימום) מגיע על חשבון מילוי צורך חיוני אחר (כגון תרופות). השואה הותירה בניצולים צלקות פיזיות ונפשיות. שנים של רעב עד כמעט-מוות, עינויים, היעדר תנאים היגנים, תחלואה, התעללות ועבודת כפייה, שחקו את גופם וצילקו את נפשם של הניצולים בדרך שמי שלא חווה את הזועות אינו מסוגל לדמיין או להמשיג. ניצולי שואה, יותר מאחרים, נוטים למחלות פיזיות כמו גם להשפעות נפשיות קשות: זכרון השואה, חותם עבודת הכפיה במחנות הריכוז, כל אלו אינם נותנים מנוח לנפש, הרדופה, במשך כל חייו של ניצול השואה בזכרונות, סיוטים, וסבל שאינו ניתן לעלות על הדעת או לשאת, ואשר מקריס את המערכת הנפשית ממש כמו שמתח גבוה גורם להפסקת חשמל כללית.
באתר
"הקרן לרווחה לניצולי השואה בישראל" נכתב כי "ניצולי השואה סובלים מבעיות ייחודיות, שהן תולדה ישירה של השואה, בעיות המלוות אותם כל היום והלילה, מפרות את שלוותם, ומתעצמות עם השנים. מדובר בבעיות פיזיות, בריאותיות, מצוקות נפשיות או חרדות והגרוע מכל בדידות והעדר רשתות תמיכה משפחתיות וחברתיות, כאלו שיכולות היו להמתיק ולו במעט את חייהם הקשים". ממאמר של אבי עורי ו
שאול מ. שאשא, "תחלואה מאוחרת בקרב ניצולי השואה", עולה כי ניצולי שואה נוטים לחלות יותר, תהליכי ההזקנות שלהם מוקדמים, והם מתים בגיל צעיר יותר מכלל האוכלוסיה, עקב הבעיות הנלוות לנכותם הפיזית והנפשית, ועקב מצבם הגופני והנפשי בעקבות דחק ואיום גופני ונפשי מתמשך בתקופת השואה.
מצבם של ניצולי השואה, הפיצויים הלא מספקים, והקריטריונים הנוקשים לתשלום פיצויים, כמו גם הקושי לקבלם, עקב הקשיים הביורוקרטיים והמשפטיים בדרך לקבלת הגמלה, מעלה את סוגית ניצולי השואה לסדר היום מפעם לפעם. הכנסת ה 18 הגישה ארבעה הצעות חוק בנושא, שתיים הנוגעות להגדלת הקצבה, ושתיים נוגעות להרחבת מעגל הזכאים לפיצוי.