בן-ציון נולד בטריפולי בלוב בשנת 1930 בגיל 13 לערך הצטרף לגרעין הראשון של הנוער הציוני החלוצי. בגיל 17 הגיע ללא משפחתו לאיטליה באונייה איטלקית (יש אומרים כנוסע סמוי א.א) ושם עלה ב-1947 על ספינת מעפילים "מדינת היהודים" שנתפסה בידי הבריטים בדרכה לארץ והוגלה עם שאר המעפילים באונייה זו למחנה הסגר בקפריסין שבו שהה מספר חודשים, עד תחילת 1948. כשהגיע לארץ הצטרף לפלמ"ח ושירת בחטיבת יפתח בפיקודו של יגאל אלון והשתתף בקרבות החטיבה בצפון הארץ. בעקבות הפרעות וההתנכלות ליהודי לוב ולרכושם במהלך שנות ה-40 הגיע - גל עליה גדול לארץ מלוב בעיקר בשנים 1953-1948. רוב קהילת יהודי לוב שמנתה עם סיום מלחמת העולם השנייה כ-36,000 יהודים-עלתה בשנים אלו לארץ. בן ציון חלפון, והוא בתחילת שנות העשרים לחייו, טיפל בארגון קליטת העולים ובהכנת יישובי הקבע שלהם והיה דמות מרכזית בקליטת יהודי לוב, כתובת מלווה תומכת מקשרת בין העולים לממסד השלטוני בארץ. בין העולים בשנים אלו היו בני משפחתו של בן ציון חלפון, שכמה מהם התיישבו במושב חצב. בן ציון היה חבר בגרעין שישב בשדה נחום ובבית השיטה. בסוף שנות ה-40 תחילת שנות ה-50 הוא וכמה מחבריו ביקשו להקים מושב של טריפוליטאים יוצאי לוב. בתנועת המושבים ובמוסדות המיישבים הוצע להם להצטרף למושב "מסמיה החדשה" שזה עתה הוקם, בספטמבר 1949 .בן ציון וכמה מחבריו נענו להצעה. המושב שינה שמו מ"מסמיה החדשה" לחצב. בן ציון הפך חיש מהר למנהיג מושב חצב נבחר למזכיר הפנים של המושב ובהמשך ליו"ר ועד הנהלת המושב .בתחילת שנות ה-50 נשא לאשה את מלכה שהייתה אז עולה חדשה שעלתה מלוב אותה הכיר במושב חצב. זמן קצר לאחר נישואיהם, חדרה ב-20 בספטמבר 1954 כנופיית מסתננים (פדאיון) שהגיעה מעזה למושב חצב. חברי הכנופיה הגיעו לבית בו התגוררו בן ציון ורעייתו מלכה והניחו מטען חבלה גדול צמוד לאחד מקירות הבית .המטען התפוצץ בעצמה רבה, בעת שבן ציון ומלכה ישנו במיטתם .בנס למזלם הם לא נפגעו, אך לבית וריהוטו נגרם הרס ונזק כבד. כעבור זמן קצר נעצר אחד ממניחי המטען, חסן פרג' אל עביד שכונה "הכושי מג'וליס". הוא הודה בהנחת המטען ונדון למאסר 20 שנה. ב-1956 מונה בן ציון חלפון כמרכז ארגון קניות מושבי הדרום. הוא היה מראשי תנועת המושבים בנגב וייצג את התנועה במוסדות מפלגת העבודה. היה רכז ארצי של ארגון הקניות בתנועת המושבים, תפקיד בעל השפעה וכח רב, וחבר הנהלת הבנק החקלאי. בשלהי 1969 נבחר לכנסת מטעם המערך וכיהן ברציפות בכנסות השביעית והשמינית מתאריך 17.11.1969 עד 13.6.1977. כבר בשנתו הראשונה בכנסת מונה בן ציון לסגן שר החקלאות, סגנו של שר החקלאות גבתי. בן ציון חלפון היה חבר בוועדת חינוך ותרבות (בכנסת השביעית) וחבר בוועדת הכספים היוקרתית. על פעילותו הפוליטית של בן ציון חלפון ובתנועת המושבים כותב יאיר לפיד: "היא הייתה פוליטיקה שונה מזו הנהוגה כיום. היא עסקה במציאות מיובלת הידיים של ההתיישבות, במתיחת קווי השקיה, באישורי בניה בחקלאות ובחינוך".

בליל יום שני 19 בספטמבר 1977 היה בן ציון חלפון בדרכו לביתו כאשר בכביש כנות ליד גדרה, אירעה תקלה ברכבו. בעת שירד לבדוק את בתקלה פגע בו רכב חולף נהוג בידי נהגת צעירה ופצעה אותו באורח קשה. בן ציון הועבר לבית חולים קפלן ברחובות שם קיבל טיפול ראשוני. כאשר הוברר כי מצבו חמור הועבר לבית חולים בלינסון. ניסיונות הרופאים להציל את חייו עלו בתוהו ואור ליום רביעי 21.9.77 מת מפצעיו. אבל כבד ירד על מכריו הרבים וכמובן על בני משפחתו עם היודע דבר מותו. הלוויתו יצאה ממושב חצב ערב יום כיפור בשעה 11 בבוקר לעבר סנהדריה בירושלים ומשם להר הזיתים שם נקבר. בן ציון חלפון היה בן 46 במותו. הותיר אחריו אישה מלכה חלפון כיום בת 80 וחמש בנות: נאוה הבכורה, אשת חינוך, התאומות מיכל ואורית, עינת שרוף זמרת ידועה ומוכרת מלכת השירה בציבור, ואושרת חלפון עורכת דין. על שמו ולהנצחתו נקרא רחוב בבת ים, רחוב בן ציון חלפון. המוזאון לאוסף העתיקות בניצנה נקרא ב-2006 על שמו על בן-ציון חלפון. גם במושב חצב קראו למרכז הספורט החדש על שמו.