ארגון דאעש מעולם לא פרסום תיאור רשמי של שרשרת הפיקוד בו ומהי דרך קבלת ההחלטות. ואולם, מספר מומחים חיצוניים חקרו את הארגון, שהגיעו למתווה הכללי הבא שאושר על-ידי מומחים אחרים וגורמי מודיעין אמריקנים.
בחלק העליון נמצא מנהיג הארגון,
אבו בכר אל-בגדדי. לאל-בגדדי יש שני סגנים: אבו עלי אל-אנברי שאחראי על סוריה, ואבו מוסלים אל-טורקמני שאחראי על עירק. שני הסגנים הם גנרלים לשעבר בצבאו של
סדאם חוסיין. חלק זה של הארגון שמאגד את שלושתם קרוי "האמירות".
תחת שלישייה נמצאים 12 מושלים של "המדינה האיסלאמית" שמדווחים לשני הסגנים. יש גם תשע מועצות שמדווחות לסגנים האלו. הן אחראיות לניהול הארגון, ומתפקדים כמו משרדים ממשלתיים. תשע המועצות הן:
- מועצת ההנהגה - אחראית על ביצוע חוקים וטיפול בהחלטות חשובות. החלטות אלו כפופות לאישורו של אל-בגדדי, אך המועצה יכולה לדחות את עמדתו.
- מועצת השורא - אחראית על עניינים דתיים וצבאיים, ומייעצת למועצת ההנהגה. מורכבת מתשעה אנשים שבקיאים בחוקי האיסלאם.
- המועצה הצבאית - אחראית על הלחימה וההגנה בשטחי הארגון.
- המועצה המשפטית - אחראית על סכסוכים משפחתיים ועבירות דתיות. אחראית גם עם גיוס לארגון והענשה.
- מועצת הביטחון - אחראית על ביטחון הפנים ומבצעת את ההוצאות להורג.
- מועצת המודיעין - מספקת להנהגת הארגון מידע על אויביה.
- המועצה הפיננסית - אחראית על ההכנסות. מטפלת במכירות הנפט, עסקות הנשק וטיפול כולל בכספי הארגון.
- מועצת סיוע ללוחמים - אחראית על תמיכה בלוחמים המגיעים ממדינות זרות, מוצאת להם דיור ומבריחה אותם לתוך עירק וסוריה ומחוצה להן.
- מועצת התקשורת - אחראית על ההצהרות הרשמיות של הארגון והמדיה החברתית.
