האירנים חושדים שישראל מתכננת להפתיע אותם בפעולות ריגול נועזות נגד מתקני הגרעין האירנים משטח אזרבייג'ן ולכן הם הגבירו באחרונה את הנוכחות הצבאית שלהם בגבול עם איזרביג'אן ואף פתחו בתמרונים צבאיים. אמיר מוסאווי, הדיפלומט האירני לשעבר ואחד הפרשנים האסטרטגיים הבכירים של אירן, טוען שבאזרבייג'ן יש נוכחות אלף אנשי ביטחון ישראלים, מבחינת האירנים מדובר בסוכנים של המוסד הישראלי ואנשי קומנדו הנערכים לתקיפות פתע בתוך אירן, תפיסת הביטחון האירנית גורסת שאזרבייג'ן היא בסיס קדמי של ישראל שמשדות התעופה שלה עלולים גם להמריא מטוסי קרב ישראלים להפציץ את מתקני הגרעין בתוך אירן.
נשיא אזרבייג'ן, אילהם אלייב מכחיש כי הוא מארח כוחות ישראלים במדינתו והגיב בתרגילים צבאיים משותפים לצבא אזרבייג'ן ולצבא הטורקי. בין ישראל לאזרבייג'ן ישנם קשרים ביטחוניים שרק חלק מהם נחשף באמצעי התקשורת, ישראל מוכרת לאזרבייג'ן אמצעי לחימה שונים, אחד מהם שזכה לפרסום רב הם המל"טים התוקפים, בשנה שעברה עשתה בהם אזרבייג'ן שימוש במלחמתה נגד ארמניה והצליחה בזכותם לכבוש שטחים מחבל המריבה נגורנו קאראבך ולהסב אבידות כבדות לצבא הארמני, היא גם כבשה מחדש חלק מהכביש הראשי שמקשר בין אירן לארמניה דרך אזרבייג'ן, זהו נתיב סחר חשוב לים השחור ולרוסיה.
אזרבייג'ן הטילה מס גבוה על משאיות אירניות שמעבירות סחורות לארמניה, דבר שהכעיס את טהרן.
עימות צבאי בין אירן לאזרבייג'ן עלול לסכן פרויקטים של אנרגיה באזור הקשורים להובלת הגז הטבעי לאירופה דרך גאורגיה וטורקיה. העובדה ששני הצדדים, אירן ואזרבייג'ן פתחו בתמרונים צבאיים מעידה על רמת המתיחות הגבוהה ביניהן שנראה כי הרקע לכך הוא הנוכחות הישראלית הביטחונית באזרבייג'ן.
המנהיג העליון של אירן עלי ח'מינאי הזהיר בנאום שנשא ב-3 במרץ את המדינות השכנות לאירן מפני מתן מחסה לצבאות זרים, למרות שלא הזכיר מפורשות את שמה של אזרבייג'ן נראה כי כיוון אליה. אמיר עבדאללהאיאן, שר החוץ האירני אמר ב-12 באוקטובר לערוץ אלמנאר הלבנוני כי נאמר לממשלת אזרבייג'ן כי "נוכחות ישראלים במדינה אינה הולמת את האינטרסים של ביטחון אזור הקווקז", לטענתו, האזרים הבטיחו לגרש את הישראלים מהאזור, הוא הוסיף כי התרגיל הצבאי שביצעה אירן באחרונה בגבול איזרביג'אן היה "ידידותי" במהותו ומטרתו היא מניעת נוכחותם של הציונים והכופרים".
דובר משרד החוץ האירני סעיד ח'טיב זאדה טען כי אירן לא תשלים עם נוכחות המשטר הציוני ליד שום גבול ואף מדינה שגובלת בה, הוא הוסיף כי יחסי ארצו ואזרבייג'ן נורמליים לחלוטין והכחיש כי אירן סגרה את המרחב האווירי שלה בפני מטוסים אזריים. לאזרבייג'ן יש הסכם הגנה משותף עם טורקיה וזה מסבך את המצב עבור אירן, כל לחימה נגד אזרבייג'ן תביא גם למעורבות צבאית טורקית, על-פי ההסכם, טורקיה מחויבת לספק "סיוע הכרחי" לאזרבייג'ן במקרה שהיא תותקף.
טורקיה היא כבר מזה זמן רב המשענת הצבאית העיקרית של אזברייג'ן כפי שבא לידי ביטוי במלחמה האחרונה בין אזרבייג'ן לארמניה.
אירן רואה ביחסים הביטחוניים ההדוקים בין אזרבייג'ן לישראל איום על הביטחון הלאומי שלה, אייזביג'אן היא ספקית נפט גדולה לישראל, היחסים בין ישראל לאזרבייג'ן הם מצוינים, יש אינטרסים משותפים לשתי המדינות, נשיא אזרבייג'ן עדיין לא ערך ביקור רשמי בישראל אך מנהיגים ישראלים מבקרים באזרבייג'ן למורת רוחה של אירן. אי-אפשר כמובן להיכנס לפירוט לגבי כל ההיקף של שיתוף הפעולה הביטחוני בין ישראל לאזרבייג'ן, אבל העובדה שלישראל יש "דריסת רגל" ביטחונית באזרבייג'ן היא חשובה מאוד להרתעת האירנים, האירנים לחוצים מאוד ובצדק מבחינתם, המתח האירני עולה ככל שאוזל הזמן ונמשך הקיפאון בשיחות הגרעין בוינה והצנטריפוגות במתקני הגרעין האירניים מסתובבות ומעשירות אורניום, אירן הודתה השבוע כי יש לה כ-120 ק"ג אורניום מעושר, החשש שלה שישראל תפתיע אותה בקרוב בפעולה נועזת נגד פרויקט הגרעין.
