בהמשך הציגו חברי הכנסת שאלות רבות בפני השרה.
לשאלות חברי הכנסת החרדיים, וח"כ שלמה קרעי השיב סמנכ"ל המשרד, משה שגיא כי "הפער בין החינוך הרשמי לחינוך המוכר שאינו רשמי במגזר החרדי נובע מחקיקה, יש העדפה במשך השנים של הממשלה של החינוך הציבורי על פני הפרטי, וזה בא לידי ביטוי בתקצוב ובשיעור ההשתתפות, מאיזה חלק מתקציב החינוך הרשמי משתתפים, ומהחלת אופק חדש במוכש"ר".
"המוכש"ר מקבל 75% משעות הבסיס, יש הבדל גדול בין כלל ילדי ישראל לשעות הבסיס. הפער היחיד ברשתות לעומת הרשמי, זה אופק חדש. אופק חדש חל רק על עובדי מדינה, לא על בעלויות" ציין שגיא.
לעניין רישום של גנים בזרמים בחינוך החרדי ציין: "נפתח בחודש יולי דיווח של בעלויות, קומץ קטן חישב במערכת, כל עוד לא יהיו דיווחים, לא נוכל לחשב את העלויות. עד כה שובצו 9 גננות. 266 דיווחו מתוך 1,500. עד שלא יעשו זאת כל הגננות, אי-אפשר לחשב כל פרופיל, אי-אפשר לעשות המרה לאופק חדש לגננת.
ח"כ משה גפני: "אני מבקש שתצא הודעה מהוועדה, שיכולים לדווח, ומי שלא מדווח אני לא חייב להילחם בשבילו".
בעקבות שאלות חברי כנסת, ציינה שרת החינוך כי תישקל המדיניות לעניין מנגנון חינוך המוכש"ר: "אנחנו מתכוונים לצלול פנימה, אני לא יודעת מה יהיו המסקנות".
לעניין תקציב הישיבות שחברי הכנסת החרדים אמרו כי קוזזו מ-1.25 מיליארד שקל - ציינה: "גם פה יש עניין של כספים קואליציוניים שהיו לאורך השנים, נכון שהתקנה ירדה ל-840 מיליון. יש דיאלוג בתוך הקואליציה בעניין הזה כדי להביא את הכספים להשלמה, אני מקווה שעד לתקציב נצליח להגדיל את התקנה הזו. מקווה שנמצא פתרון נוח לכל הצדדים".
לשאלת יו"ר הוועדה, ח"כ אלכס קושניר לגבי זרם חינוך ממלכתי חרדי השיבה שרת החינוך כי "אנחנו מתכננים לקדם כמה שיותר מסגרות תחת החינוך הרשמי, אנחנו בדיונים במשרד איך אנחנו מקדמים לזה יותר, בין השאר באמצעות תימרוצים".
לשאלת היו"ר לעניין תנאי מורים באולפנים השיבה השרה כי "אנחנו בדיון מולם, נכנסו להסכם השכר, אני מקווה שהם יוכלו להיות באופק חדש וזה יצמצם את הפער".
לעניין שאלות רבות של חברי כנסת לתקצוב תנועות ואירגוני הנוער והחינוך הבלתי פורמלי השיבה: "הגיע הזמן לחזק אותם ובאופן משמעותי, דיברתי על ערכים ועל חברה, ועל חינוך בונה חברה, וזה מתבטא בכך מאוד. אי-אפשר לתקן הכל ב-4 חודשים, תקציב תנועות ואירגוני הנוער היה מבסיס התקציב ובחלקו מכספים קואליציוניים. היום אין כספים קואליציוניים, אבל אמרתי בצורה מפורשת שנמצא את הפתרון כדי להשלים את התקציב לתנועות הנוער, יש לי חוב מוסרית לעשות את זה. כל שקל נוסף שיגיע מהאוצר במסגרת ההסכמים הקואליציוניים יתווסף לתנועות הנוער, ואולי נרוויח תקציב גבוה יותר".
לשאלת חברי הכנסת לעניין אוטונומיה לצוותי החינוך השיבה השרה: "זה חשוב כדי לאפשר למורים ומנהלים להגשים וליצור, ולתת מענים ייחודים לכל אזור ובתי ספר, מה שנכון בישוב אחד לא נכון בישוב אחר, ומה שנכון בבי"ס אחד לא נכון בבי"ס אחר, אפילו באותו ישוב. לכן אנחנו רוצים מרחב של תפיסה חינוכית בכל אחד מהמוסדות. נעשה את באמצעות מנגנונים לתקצוב נכון, לא רק לפי רשות, אלא מדד גם לבתי ספרי. נתייחס לרשויות חזקות וחלשות, שרשות שצריכה סיוע נסייע לה עם ליווי, כמו וועדה קרואה לעניין חינוך. לא תמיד הכספים מגיעים ליעדם, או שמגיעים לאט ומאוחר מידי. גם כאן נקים מנגנון שידאג שכספים יעברו ישירות לבתי הספר, וכספים שמגיעים לרשויות יעברו לבתי הספר".
לעניין הכשרת מנהלים ציינה השרה כי הנושא על סדר היום של משרד החינוך, כאשר הכוונה לחזק את המנהלים גם באוטונומיה, וגם בשכר ראוי כדי לחזק את מעמדם".
לשאלת ח"כ אופיר כץ על הפיקוח במעונות הגיל הרך השיבה השרה "התוספת של 200 מיליון שקל - זו לא המהפכה והתוכנית הרב שנתית שלנו, זו תהייה נקודת פתיחה למהפכה שנדרשת כאן לגילאי הגיל הרך, ו-0 עד 3, זו מהפכה של 70 שנה. זה יהיה תהליכי ורב שנתי, ואנחנו עושים מהלך משמעותי. זה עובר למשרד החינוך ותם הטקס, אי-אפשר להשתמש בזה יותר כדבר פוליטי, שעובר בין משרד למשרד".
עוד ציינה השרה כי בכוונת המשרד לשים דגש על לימודי אנגלית: "בוגר שלא יודע אנגלית, אנחנו לא מכשירים אותו לעידן הגלובלי. אנחנו מכינים תוכנית לאומית בשפה האנגלית, יש כזו במשרד, אבל אנחנו רוצים לבחון ולעבות אותה".
לעניין שילוב מורי תוכנית שלבים השיבה השרה כי "ידענו שלא הכל יהיה חלק, אבל יש אמירה בקליטתם במערכת - שילדים חולים הם חלק מהמערכת. עושים מהלך הפוך מהפרטה, יש הרבה מורים שהיו בשלבים ונקלטו - אלה שרצו והתאמו נקלטו".
יו"ר הוועדה אלכס קושניר בירך את השרה: "אנחנו יודעים שיש הרבה אתגרים ויודעים ורואים שאת עושה את המקסימום כדי לצלוח אותם ולקדם את המערכת, ובטוחים שתעשי הכל להצלחת ילדי ישראל".