יד ושם סיים את שנת 2020 בגרעון של 25.6 מיליון שקל בפעילות השוטפת, והתרומות לפעילות שוטפת ירדו ב-20%. אומנם מדובר בשנת הקורונה, אך כבר בשנת 2019 צפה המוסד גרעון של 10 מיליון שקל בשנה הבאה - מוסר (יום ג', 19.10.21) מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן. יד ושם גם צופה גרעון מצטבר של 81 מיליון שקל בשנים 2024-2020 וטרם השלים את התוכניות להתמודדות עם גרעון זה. עוד מציין אנגלמן, כי בשנים 2019-2016 תרמו 1% מהתורמים 79% מהתרומות (111 מיליון דולר מתוך 140 מיליון דולר). בסך-הכל, שישית מתקציב יד ושם תלויה בכמה תורמים, מצב המגדיל את תלותו של המוסד בתרומות. תלות זו מגבירה את הסיכון להמשך פעילות יד ושם בעיתות משבר, כגון משבר הקורונה, העשויות להביא לירידה בהיקף גיוס התרומות, בפרט לפעילות השוטפת. עיקר גיוס התרומות של יד ושם הוא באמצעות פנייה ישירה לתורמים, ובשנת 2019 החל יד ושם בעבודת מטה לבחינת גיוס תרומות באמצעות המרשתת, הרשתות החברתיות, גיוס המונים וכדומה; היא טרם הושלמה. עוד מצביע אנגלמן על ליקויים בתחום שימור המסמכים והתמונות. בין היתר, ב-80% מן המדידות בשנים 2019-2016 הייתה רמת הלחות בארכיוני המסמכים גבוהה בשיעור של עד 59% מזו הרצויה. במחסן התמונות היו חריגות של עד 140% ב-7% מהמדידות. גם הטמפרטורה הייתה חריגה: בכ-70% מן המדידות בארכיון המסמכים היא חרגה ב-30%-20% מהרצוי, ובמחסן התמונות - ב-400% ב-5% מן המדידות. תקנון יד ושם קבע את הקמתם של שלושה מוסדות מנהלים, אך לא הוגדר בתקנון באופן ברור הגוף שתפקידו להתוות מדיניות ולפקח על פעילות ההנהלה, ולא הוגדרו תפקידי המנכ"ל וההנהלה הפעילה הכפופה לו. כפי שהוצע על-ידי המועצה לתאגידים ציבוריים. בנובמבר 2020 כיהנו במועצה הציבורית 93 חברים, תוקף המינוי של 83 מהם פג, שכן השרים והגופים הממנים לא האריכו אותו; חלקן של הנשים בקרב חברי המועצה היה קטן משליש.