פרקי הסליחות חוברו בשפה פיוטית, ופעמים רבות נמצא שהמילים אינן מובנות למתפלל המצוי. בשל כך נוספו במהדורות החדשות פירושים למילים הקשות, אך נראה שקשה למתפלל לעקוב אחרי הפירוש ובתוך כך להתפלל בכוונה. מצב זה הביא לחוסר נחת רב בחלקים גדולים של הציבור בעת אמירת הסליחות. כיום, בבתי כנסת אשכנזיים רבים, הסליחות נאמרות במרוצה, כאשר יש הבנה רק של חלק מהנאמר. גם במקומות שבהם מתפללים בקצב איטי יותר (ישיבות, מכינות, בתי כנסת חסידיים וחרד"ליים), נראה שהחיבור הוא בעיקר לרוח הדברים, קרי בקשת סליחה ותחנונים, ולא לפרטי המילים.
חוסר נחת שכזה היה קיים בעבר גם ביחס לתפילות הימים הנוראים ולקינות תשעה באב, שהיו מלאות בפיוטים קשים להבנה, אלא שבעשרות השנים האחרונות התבטלה אמירת הפיוטים המרובים בראש השנה וביום הכיפורים (ראו למשל בסוף מחזור 'רינת ישראל'), וכן בתשעה באב ברוב הקהילות אין אומרים את הקינות כולן, וכל קהילה מגבשת לעצמה רשימה נבחרת.
לאור זאת עולה שאלה ביחס לסליחות – האם לא דרוש שינוי באופן אמירתן כך שתהיינה ברורות יותר למתפללים?
בספר קהלת נאמר (ה, א): "אַל תְּבַהֵל עַל פִּיךָ וְלִבְּךָ אַל יְמַהֵר לְהוֹצִיא דָבָר לִפְנֵי הָאֱ-לֹהִים כִּי הָאֱ-לֹהִים בַּשָּׁמַיִם וְאַתָּה עַל הָאָרֶץ עַל כֵּן יִהְיוּ דְבָרֶיךָ מְעַטִּים". בפירושו, מרחיב ר' אברהם אבן עזרא את משמעות הפסוק לכדי החיוב לקצר בתפילה ולומר דברים ברורים. דבריו מופנים בעיקר כלפי פיוטי ר' אליעזר הקליר, כשברשותו ארבע טענות:
הדבר האחד כי רובי פיוטיו חידות ומשלים… הייטב בעיני ה'? ולמה לא נלמד משלמה שלא היה חכם אחריו כמוהו, והנה תפלתו שהתפלל מודעת וכל יודע לשון הקודש יבין אותה ואיננה חידות ומשלים, וכן תפלתו של דניאל… אלה לא התפללו כי אם בדברים מבוארים שהיו חכמים…
והדבר השני שפיוטיו מעורבים בלשון תלמוד, וידוע כי יש כמה לשונות בתלמוד ואינמו לשון הקודש, וכן אמרו 'לשון מקרא לחוד ולשון תלמוד לחוד' ומי הביאנו בצרה הזאת להתפלל בלשונות נכריות, הלא נחמיה הוכיח המדברים לשון אשדודית ואף כי בעת התפלה, ולמה לא נלמד מן התפלה הקבועה שהיא כלה דברי צחות בלשון הקדש, ולמה נתפלל בלשון מדי ופרס ואדום וישמעאל.
והדבר השלישי, אפילו המלות שהם בלשון הקודש יש בהם טעיות גדולות…
והדבר הרביעי, שכל פיוטיו מלאים מדרשות ואגדות, וחכמינו אמרו 'אין מקרא יוצא מידי פשוטו', אם כן אין ראוי להתפלל אלא על דרך פשט, ולא על דרך שיש לו סוד, או הוא על דרך משל או הוא כעניין שאין הלכה כמותו או שיתפרש לעניינים רבים…
מכאן מגיע האבן עזרא למסקנה: "והטוב בעיניי שלא יתפלל אדם בהם כי אם התפלה הקבועה ויהי דברינו מעטים ולא ניענש בדין".
במשך הדורות כנראה לא התחשבו בדברים אלו, והראיה שהפיוטים שאנו מכירים בפרקי הסליחות אינם תואמים את מסקנותיו של האבן עזרא. ברם, ייתכן שכך היה נכון לנהוג בדורות שבהם ממילא רוב הציבור לא הבין עברית, ולא הכיר בהבדל בין פיוטים פשוטים ובין אלו הכתובים בלשון קשה. לא מתקבל לנהוג כך בימינו בה, כשהכול משתמשים בעברית כשפה המדוברת.
מבין האחרונים, גם הרב צבי יהודה הכהן קוק כתב על כך שישנה חשיבות שהתפילה תהיה ברורה. בהקדמה לסידור עולת ראי"ה הוא מנמק את הצורך לסדר הלכות פסוקות בסידור:
בתפילה אין מקום לסברות ודעות מסופקות ובלתי מוחלטות, אלא לוודאיות המוחלטת והמיוחדת… הוודאי שמו – כן תהילתו.