במכון ון ליר בירושלים החליטו לקיים כנס אקדמי בהשתתפות אנשי מחקר מהארץ והעולם במטרה לדון בשלל נושאים העוסקים בטיב היחס שבין המדינה לצבא. במכון אירגנו את הכנס תחת הכותרת: "צבא שיש לו מדינה?".
מארגני הכנס מדגישים, כי צה"ל צבר עוצמה רבה והשפעה חריגה בקרב הדרג המדיני בכל הקשור לניהול המשא-ומתן עם הפלשתינים ועם מדינות ערב השכנות. הם מציינים עוד, כי מניתוח הנתונים עולה תמונה מדאיגה על מעורבות והשפעת צה"ל ומערכת הביטחון.
במכון החליטו לדון בקביעה, כי "צה"ל ביצר לעצמו מעמד והשפעה חריגים בדמוקרטיות מערביות. השפעתו של צה"ל על הדרג המדיני גולשת מן התחום הביטחוני המובהק לתחומים הכלכלי, החברתי והמדיני ונוגעת אף לנושא המשא-ומתן עם הפלשתינים". אנשי המכון מציינים, כי הקביעה וכן סוגיות נוספות יידונו בכינוס שיערך בימים ב' ו– ג', (5–6.6.06).
לצה"ל יש השפעה מכרעת בנושאים המדיניים, הפוליטיים, הכלכליים, החברתיים והתרבותיים לדברי אנשי המכון, משלל הנושאים שיידונו בכינוס עולה תמונת מצב עדכנית ומדאיגה הנוגעת להשפעתו של צה"ל על הדרג המדיני. הם מציינים, כי צה"ל ומערכת הביטחון הם בעלי השפעה מכרעת בנושאים המדיניים, הפוליטיים, הכלכליים, החברתיים ואפילו התרבותיים. זאת מעבר להשפעתם בנושאי הביטחון ה'טהורים'".
הם מציינים, כי צה"ל צבר עוצמה רבה והשפעה חריגה בכל הקשור לניהול המשא-ומתן עם הפלשתינים ועם מדינות ערב השכנות. כמו כן, לצה"ל ולדרג הצבאי עוצמה יתרה מבחינת השפעתם על המנהיגים, על הפוליטיקאים ועל מקבלי ההחלטות. רוב משתתפי הכינוס סבורים, כי אין בסיס לדעה שעוצמתו של הצבא והתערבותו בתחומים אזרחיים פוחתות.
גורם מדאיג נוסף, על-פי אנשי המכון, צה"ל ממשיך להיות המעריך הלאומי וספק החלופות לממשלת ישראל בכל הקשור למהלכים מדיניים, פוליטיים וצבאיים. בנוסף, לצה"ל השפעה מכרעת על אמצעי התקשורת, ובאמצעותם על הבניית סדר היום הציבורי בתחומי ביטחון, יחסי חוץ, דיפלומטיה, פוליטיקה וכלכלה.
הם מציינים עוד, כי לצבא יכולת השפעה רבה בכל הקשור להחלטות על תקציב הביטחון.
במהלך הכינוס ינתחו חוקרים מרכזיים מישראל ומחו"ל את המגזר הביטחוני ואת תפקידיו. מארגני הכנס מציינים, כי "יושם דגש על בחינת נושאים אלה בהשוואה למדינות הנתונות במצב של סכסוך מתמשך".
בכינוס ישתתפו חוקרים אורחים מחו"ל: פרופ' כריסטופר דנדקר מקינגס קולג' לונדון; פרופ' רונלד קרבס מאוניברסיטת מיניסוטה; פרופ' סמי כוהן מ-CERI פריז. מישראל ישתתפו בכינוס פרופ' אייל בן-ארי; פרופ' סטיוארט כהן; פרופ' יורם פרי; ד"ר אורן ברק ועוד.
צה"ל: הצבא כפוף לדרג המדיני מצה"ל נמסר בתגובה ל- Nfc על הממצאים אותם מציגים בכנס: "הצבא כפוף לדרג המדיני וכך הוא פועל. תפקידו של הצבא הוא להמליץ את ההמלצות המקצועיות לדרג המדיני על-מנת לאפשר לו את מרחב קבלת ההחלטות".