נוסעים בתחבורה הציבורית חייבים לגלות ערנות, כדי לא לחוות תסכול כאשר מכונות הכרטוס לא תמיד פועלות בהתאם להיגיון ולשכל הישר. מכונות התיקוף תוכנתו באופן שסדר העדיפות הקיים בתשלום בכרטיס הרב-קו גורם לאי נוחות, כיוון שהוא אינו משקף את כוונתם או ציפייתם של הנוסעים. בסדר העדיפות הקיים, ברירת המחדל הראשונה של המערכת היא לחפש האם מוטען בכרטיס חוזה תקופתי (חופשי יומי או חופשי חודשי). הבעיה מתחילה בכך שהחוזה השני אותו מחפשת המערכת היא נסיעה בודדת בערך צבור. כלומר, תשלום עבור נסיעה אחת מתוך הערך המצטבר בכרטיס. זאת למרות שהדעת נותנת שהחוזה הבא בתו שעל המערכת לחפש הוא נסיעה בודדת הטעונה בכרטיס. כלומר, תשלום עבור נסיעה אחת שעבורה משלם הנוסע באופן פרטני, ולא באמצעות הערך הצבור הטעון בכרטיסו. הבעיה היא שהנוסע הסביר, שטוען כרטיס מראש, מעוניין להשתמש בחוזה הטעון קודם, אך מכונות הכרטיסים ינסו תחילה לגבות תשלום מהערך הצבור, גם אם הנוסע אינו חפץ בכך. דוגמה הממחישה את הבעיה: נוסע מגיע לרכבת כשבכרטיסו טעונים 30 שקלים בערך צבור, שאמורים לשמש אותו לנסיעות באוטובוס, אבל לנוסע יש ברב-קו גם חוזה נסיעה חד-פעמית ברכבת בסך 27 שקלים. כאשר הנוסע יגיע לרכבת, מערכת התיקוף תגבה את 27 השקלים מהערך הצבור בלי שהנוסע ישים לב לכך, והנוסע שיבקש לעלות אחר כך לאוטובוס ימצא שבכרטיסו נותרו רק 3 שקלים בערך צבור, סכום שלא יספיק לו אפילו לנסיעה עירונית אחת. במשרד התחבורה מאשרים כי זה המצב הקיים, ואין כוונה לשנות אותו. בתגובת המשרד נמסר: "ישנה עדיפות לחוזה תקופתי על שני החוזים האחרים שהם בעדיפות זהה. בחוזים שהינם בעדיפות זהה, ניתנת לנוסע האפשרות לבחור את החוזה הרצוי". עם זאת, נוסעים רבים מתלוננים כי בחירת האפשרות הרצויה אינה תמיד קלה וברורה. ממשק התשלום בכרטיס הרב-קו אינו תמיד ידידותי למשתמש, ומי שאינו מכיר את המערכת עלול להתבלבל בקלות. הצעות לפתרון שיקל על חייהם של נוסעי התחבורה הציבורית ויהפוך את השימוש בכרטיס הרב-קו לחוויה נוחה ופשוטה יותר:

• שינוי סדר העדיפות - משרד התחבורה צריך לשקול שינוי בסדר העדיפות, כך שתשלום יבוצע תחילה מכרטיס טעון, כפי שרוצים רבים מהנוסעים.

• שיפור ממשק התשלום - ממשק התשלום בכרטיס הרב-קו צריך להיות ידידותי יותר למשתמש. יש להציג בצורה ברורה את האפשרויות הקיימות ולעזור לנוסעים לבחור את האפשרות הרצויה בקלות.

בתוך כך נזכיר, כי למרות הבטחת משרד התחבורה מלפני כשנתיים, כאשר בוטלה הנחת הערך הצבור, לשקול בחיוב לאפשר לנוסעים לקנות חוזים תקופתיים באמצעות הערך הצבור בכרטיסיהם, לא פעלה הרשות הארצית לתחבורה ציבורית להסדיר את הנושא.