הבוקר (יום א') החל צה"ל בביצוע אחת המשימות הרגישות והקשות ביותר לאחר פינוי היישובים במסגרת תוכנית ההינתקות: משימת העברת שרידי הגופות אל מחוץ לגוש קטיף. בשעות הצהריים נקבו מחדש שני נפטרים. במהלך יום ב' יימשכו הפעולות.
במהלך יוםא הוצאו גופותיהם של נחמיה וינטר וסמיון ליקח מבית הקברות בגוש קטיף והועברו לקבורה בבתי עלמין בניצן ובשדרות.
בבית העלמין של גוש קטיף, הנמצא בנווה דקלים, 48 קברים: 45 אזרחים, ו-3 חיילי צה"ל. הליך הוצאת שרידי הגופות, והעברתם לבתי עלמין בתוך הקו הירוק, מתבצע מבוקר יום א', על-ידי אנשי הרבנות הצבאית. השרידים מועברים ונקברים במקומות שיבחרו המשפחות. לאחר עקירת הקבר, תקיים המשפחה הלוויה בבית העלמין שתבחר, עוד באותו היום.
גופות שלושת החיילים יועברו לבתי העלמין החדשים, שם יערכו להם טקסי קבורה צבאיים. שלושת החיילים הם: ישראל לוטטי, לוחם גבעתי שנהרג לפני כמה חודשים בידי מחבל שחדר למוצב במורג; אלקנה גובי, שנהרג לפני כשלוש שנים בפעילות מבצעית ברצועה; ויוחנן הילברג, לוחם הקומנדו הימי, שנהרג ב-1997 באסון השייטת.
האזרחים שנפטרו ונטמנו בבית העלמין בגוש קטיף, יועברו כשהם בארונות, עטופים בדגל ישראל.
ביום חמישי קיימו ראש אכ"א, האלוף אלעזר שטרן, והרב הצבאי הראשי, תת-אלוף ישראל וייס, מסיבת עיתונאים בנושא. "אין סיכוי בעולם שנעזוב מאחורינו קבר", אמר שטרן. "המתים יועברו לכל מקום שאליו יבקשו המשפחות".
שטרן ציין, כי חלק מהמשפחות מבקשות להעביר את יקיריהם לירושלים בלי קשר לשאלה היכן יגורו בעתיד. שטרן אף אמר כי שאלת העברת הקברים, הייתה אחת הרגישות ביותר בהכנות הצבא להינתקות. "משפחות רבות סירבו בכלל לדון בכך עם מערכת הביטחון, אך כעת לאחר שהושלם הפינוי, נראה שכל המשפחות ישתפו פעולה", אמר.
במסיבת העיתונאים סירב שטרן להתייחס לשאלה, עם כמה מהמשפחות כבר הושגה הסכמה בעניין. עם זאת ציין ראש אכ"א כי להערכתו המשפחות השכולות יהיו מעוניינות לסיים את העברת הקברים במועד המוקדם ביותר האפשרי, כדי שלא ירגישו שהשאירו את יקיריהם מאחור. "צה"ל יפגין אין סוף רגישות לטיפול בבעיה", אמר שטרן והוסיף כי כל המשפחות השכולות, לא רק של חללי צה"ל, אלא גם של 45 האזרחים, יזכו לליווי של מחלקת הנפגעים של צה"ל.
הרב הצבאי הראשי, הרב וייס, אמר כי אם תפתח אש פלשתינית במהלך פינוי הקברים, ייפסקו העבודות עד שהבעיה תיפטר. "חשוב שבמהלך משימת העברת הקברים, לא נסכן חייו של אף חייל", אמר, "ולכן נמתין עד שיהיה אפשר לבצע את המשימה".
הרב וייס ציין, כי אף חייל של הרבנות הצבאית לא סירב להשתתף במשימה. להערכתו, חלק מתהליך הוצאת הקבר, יכלול גם את שבירת המצבה. לדברי הרב וייס, המצבות השבורות יובאו, על-פי המסורת, לקבורה, ואילו על הקברים החדשים יוצבו מצבות חדשות.