אתר Ynet פרסם כתבה במסגרתה הציג את תקציב משרדו של המשנה לראש הממשלה לשעבר, ח"כ שמעון פרס. בכתבה שפורסמה על-ידי רוני סופר נכתב (27.11.05):
"התקציב השנתי של המשרד הועמד על כ- 81.5 מיליוני שקלים, כש- 55 מיליון מהם מותנים בתרומות ובהכנסות ממקורות אחרים. עלויות הפעלת המשרד כ- 26.5 מיליוני שקלים: כ- 16 מיליוני שקלים להוצאות מינהל, כ- 6.5 מיליון שקלים לשכר, כ- 2.5 מיליוני שקלים לקידום הנגב והגליל וכ- 1.5 מיליוני שקלים ללשכת סגניתו של פרס, חברת הכנסת אורית נוקד".
בעקבות פרסום התקציב באתר Ynet הועלתה סדרה של שאלות נוקבות, הנוגעות לפילוח התקציב הפנים-משרדי. מהנתונים עלה, כי משרדו של פרס השקיע אך "2.5 מיליוני שקלים לקידום הנגב והגליל". מכאן, ובהתבסס על כך, עלתה השאלה בדבר עצם ההצדקה לקיומו של משרד, אשר חרת על דגלו את הדאגה לטיפוח ופיתוח הנגב, תוך שהוא מקצה לרעיון לשמו הוקם - אך סכום מזערי.
ואולם, בניגוד לאמור לעיל, בדיקת הנתונים מעלה כי הסכומים שפורסמו באתר Ynet מתייחסים לתקציב שנת 2006 אשר שטרם יצא אל הפועל, וכלל אינו משקף את פועלו של המשרד לפיתוח הנגב במהלך שנת 2005.
במסגרת שיחה עם Nfc ציינו עובדי המשרד לפיתוח הנגב, כי הנתונים אינם משקפים נאמנה את פעילות המשרד. הם טענו, כי התקציב מגיע לסכומים גדולים עשרות מונים, המסתכמים בלמעלה ממיליארד שקלים אשר הופנו לפיתוח הנגב.
נציגי המשרד הדגישו כי הסכום שהוקצה "לקידום הנגב והגליל" הינו למעשה "סכום התחלתי" - תקציב הפעלה, שהוזרם לרשות לפיתוח הנגב, אשר פועלת למינוף פרויקטים רבים לקידום האזור.
להלן התגובה של המשרד לפיתוח הנגב והגליל:
"המשרד לפיתוח הנגב והגליל הצליח להעלות את פיתוח וקידום הנגב והגליל לראש סדרי העדיפויות של מדינת ישראל וליצור תודעה לאומית עמוקה בכך שעתידה של מדינת ישראל טמון בפיתוח וקידום חבלי ארץ אלו תוך השקעה מאסיבית בתשתיות, תעסוקה, חינוך וחיזוק ההתיישבות בנגב ובגליל".
"תקציבו של המשרד האמון על פיתוח הנגב והגליל עמד על כ– 50 מיליון ש"ח. והודות לשת"פ יוצא דופן עם משרדים אחרים, הצליח המשרד להביא להעלאת תקציבים בהיקף של יותר מחצי מיליארד ש"ח.ובנוסף, לגייס כמיליארד וחצי ש"ח.נוספים באמצעות גופים ציבוריים, תרומות ותקציבים חוץ ממשלתיים עבור פרויקטים מחוללי צמיחה בנגב ובגליל, וכל זאת בנוסף לעידוד משקיעים פרטיים מהארץ ומחו"ל להשקיע באזורים אלו (המשרד מעודד ומסייע בפרויקטים חוץ ממשלתיים בהיקף של למעלה מ – 380 מיליון דולר)."
"הנגב - בראש סדר העדיפויות"
נציגי המשרד לפיתוח הנגב מציגים דוגמאות לפרויקטים גדולים שיצאו אל הפועל. לדבריהם, אחד ההישגים הבולטים הוא אישורה בממשלה של התוכנית האסטרטגית לפיתוח הנגב שהוביל פרס והמסתכמת ב- 17 מיליארד ש"ח. במשך 10 שנים, כשהמיליארד הראשון אושר כבר בתקציב 2006".
לדברי המשרד, בין ההישגים הבולטים: מבצעי אכלוס ייחודיים בגליל ובנגב שהניבו למעלה מ– 7000 משפחות שנרשמו למבצע; סיוע במתן הנחות משמעותיות בהקצאת קרקעות למגורים בנגב ובגליל; הקמת פארק מדע וטכנולוגיה ראשון מסוגו בנגב בעלות של למעלה מ– 30 מיליון דולר בשיתוף עם קרן סקט"א-רש"י ומשרד החינוך; סיוע בהקמת כפר נהר הירדן – כפר נופש לילדים ובני נוער חולים שיוקם בגבעת אבני בגליל התחתון ועלותו עומדת על כ– 20 מיליון דולר.