בתה של המתלוננת הייתה אמורה להיבחן באפריל 2008 בנגינה באורגן דו-קומתי במסגרת בחינת הבגרות במוזיקה. בתלונתה טענה המתלוננת שלאחר ששלחה למשרד החינוך (להלן - המשרד) את טופסי ההרשמה לבחינה, הודיע לה המשרד שהחליט שלא לקיים בשנת הלימודים התשס"ח (ספטמבר 2007-אוגוסט 2008) בחינת בגרות בנגינה בכלי זה.
המתלוננת טענה כי לפי חוזרי המפקח המרַכֵּז למוזיקה במשרד (להלן - המפמ"ר), בשנת הלימודים התשס"ח, כבשנים קודמות, היה אפשר להיבחן בנגינה באורגן דו-קומתי במסגרת בחינות הבגרות בנגינה בכלים אלקטרוניים. עוד טענה המתלוננת כי המשרד לא הודיע לציבור שהחליט לבטל את בחינות הבגרות בנגינה בכלי זה, וכי לא ראוי שהמשרד יבטל בחינות אלה ברגע האחרון, משום שהתלמידים החלו להתכונן לבחינת הבגרות במוזיקה שנים לפני כן.
המשרד הסביר לנציבות כי החליט שלא לקיים בחינות בגרות בנגינה בכלים אלקטרוניים המשמשים לנגינת קטעי סולו, כדוגמת האורגן הדו-קומתי, אלא רק בכלים אלקטרוניים המשמשים לליווי מוזיקה קלה. אולם בחוזרי המפמ"ר לשנות הלימודים התשס"ז-התשס"ח (ספטמבר 2006-אוגוסט 2008) לא צוין בבירור כי הוחלט לבטל את בחינות הבגרות בנגינה בכלים אלה.
הנציבות הטעימה לפני המשרד כי היה עליו להודיע במפורש שהחליט לבטל את בחינות הבגרות בנגינה באחד הכלים, וכי לא היה עליו להסתמך על כך שמי שיקרא את החוזרים יבין כי הוחלט לבטל בחינה זו, מה גם שכאמור החוזרים אינם בהירים דיים.
נוכח האמור לעיל, הצביעה הנציבות לפני המשרד על הצורך לכלול במסגרת בחינות הבגרות במוזיקה בשנת הלימודים התשס"ח נגינה באורגן דו-קומתי.
המשרד הודיע כי יפעל על-פי קביעת הנציבות, ובתה של המתלוננת קיבלה זימון לבחינה בנגינה באורגן דו-קומתי. לאחר שקיבלה המתלוננת את הזימון, היא פנתה שוב לנציבות וטענה שבשנה זו, שלא כבשנים קודמות, לא התקיימו הבחינות בנגינה באורגן דו-קומתי בקונסרבטוריונים המחזיקים באורגן, ועקב כך נדרשו הנבחנים בכלי זה להביא אותו עמם לבחינה אף שמדובר בכלי כבד שאינו ניתן לקיפול וקשה לניוד.
בעקבות התערבות הנציבות העביר המשרד את הבחינה לקונסרבטוריון המחזיק בכלי.