השיטה המתאימה לביצוע הפסקת ההריון תיקבע על-ידי רופא הנשים בהתאם לגיל העובר ולמצב הבריאותי של האישה.
הפסקת הריון תרופתית אם ההריון הלא רצוי מתגלה בשלב מוקדם (איחור במחזור החודשי של עד שלושה שבועות), ניתן להפסיקו באמצעות טיפול תרופתי וללא התערבות ניתוחית. הטיפול התרופתי כולל מתן תרופה בשם Mifegyne החוסמת את פעולת הורמון הפרוגסטרון הדרוש להמשך התפתחות ההריון, וניתנת במרכז הרפואי לאחר אישור הוועדה. לא ניתן לרכוש את התרופה בבתי המרקחת. התרופה נטולת תופעות לוואי ורק לעיתים גורמת לבחילה קלה.
להמשך התהליך, כעבור 72-48 שעות, יש לשוב למרכז הרפואי לקבלת תרופה בשם Cytotec הגורמת להתכווצות הרחם ולפליטת תוכן ההריון. בפגישה זו תישאר המטופלת להשגחה במהלך 6-3 שעות במרכז הרפואי. פעולתן המשולבת של שתי התרופות, יוצרת פעולה דומה למנגנון של הפלה טבעית.
יצוין, כי הפסקת הריון באמצעות כדורים, מלווה בכאבי בטן בדומה לכאבי מחזור בעוצמות משתנות. חלק מהנשים חשות דימום והתכווצויות קלות, וחלקן מציינות כאב ברמה גבוהה, הדורש טיפול במשככי כאב. לעיתים, הדימום נמשך כשבועיים-שלושה.
הטיפול דורש המשך מעקב באמצעות בדיקות אולטרה-סאונד כדי לוודא שאכן חלל הרחם התרוקן לחלוטין ולא נשארו שאריות הריון. בחלק קטן מהמקרים (כ-10%), למרות נטילת הכדורים, הרחם לא מתרוקן לחלוטין (הפלה בלתי שלימה). במקרים אלה, יש להשלים את הפסקת ההריון בחדר ניתוח, תוכן ההריון שנשאר נשאב בהרדמה כללית. היתרון בהפסקת הריון תרופתית טמון בעובדה שאין צורך בהרדמה כללית ובפעילות פולשנית בחלל הרחם, לכן הסיכון לזיהום והחשש לפגיעה ברחם נמוך ביותר.
גרידה (שאיבת הריון) בהריונות גדולים משבוע שביעי (שלושה שבועות איחור במחזור), הפסקת ההריון תבוצע בהליך של גרידה, בהרדמה מלאה. במהלך הניתוח, מורחב צוואר הרחם למספר מ"מ ודרכו נשאב ההריון החוצה. לאחר השאיבה מתבצע ריקון נוסף של הרחם באמצעות מכשיר שתפקידו "לגרד" מדפנות הרחם שרידי הריון נוספים. לאחר הגרידה, יש לשהות במרכז הרפואי להשגחה בת מספר שעות. ההחלמה בדרך-כלל קלה וכבר באותו יום המטופלת חשה בטוב. אין צורך במנוחה מיוחדת וכבר למחרת היום ניתן לשוב לפעילות מלאה ורגילה. החסרון בהליך של גרידה: ביצוע הגרידה כרוך לעיתים נדירות בפגיעה בדופן הרחם, דימומים חריגים שלעיתים דורשים את הרחבת הניתוח או לעיתים נדירות בזיהום.
לסיכום שתי השיטות להפסקת הריון הן שיטות בדוקות, שאינן פוגעות ביכולת להרות בעתיד. עם זאת, חשוב שאת הפסקת ההריון יבצע רופא מומחה, בעל ניסיון בתחום. כמו-כן, חשוב שתבוצע במרכז רפואי הנמצא בפיקוח ואישור של משרד הבריאות. הקפדה על הכללים מאפשרת טיפול איכותי, דיסקרטי ויעיל.