בעיה אחרת נובעת מנטייה טבעית של גופי ביון לאומיים להימנע מלשתף אחרים באופן בלתי מוגבל במידע מודיעיני. עם כל הכבוד לאינטגרציה האירופית ישנם תחומים, והביון אינו האחרון שבהם, שהמדינה אינה מעוניינת לחלוק עם מדינות אחרות. אומנם קיימות סיבות טובות לחלוק במידע מודיעיני עם מדינות אחרות, והתקפת הדמים על צרפת מוכיחה זאת, אך עם זאת קיימות סיבות מדוע המדינה מעדיפה לשמור מודיעין ספציפי לעצמה.
ישנם גם מקרים שבהם מעדיפה מדינה לשתף את גופי המודיעין המרכזיים של
האיחוד האירופי במידע מסוים דווקא כי היא סבורה שהתייחסות למידע זה ברמה האירופית תביא לתוצאות טובות יותר מבחינתה מאשר אילו הייתה מתחלקת במידע זה באופן בילטרלי סלקטיבי רק עם מספר מצומצם של חברות. דוגמה לכך עלתה במחקר שנעשה לאחרונה על-ידי ה-European Policy Analysis ובו התברר כי בסוגית בחירת מטרות לסנקציות על רוסיה בעקבות המצב באוקראינה העדיפה מדינה להביא מידע לגופי הביון וההערכה המרכזיים של האיחוד האירופי למרות העובדה שמידע זה היה רלוונטי רק למספר מצומצם של מדינות חברות. ממילא מובן כי אחת ממשימות
הצוותים המקצועיים של סוכנויות הביון וההערכה הכלל-אירופיים היא לנסות ולברר אם המידע שהתקבל ממדינה מסוימת אינו מוטה לטובת האינטרסים הייחודיים של מדינה זו.
הפרקטיקה המקובלת כיום באיחוד האירופי היא שסוכנויות הביון וההערכה של האיחוד הם אלה שיוזמות פניה אל המדינות השונות לקבלת מידע, כאשר אלו האחרונות עושות זאת מיוזמתן רק כאשר האינטרס הלאומי מוביל אותן לכך. אומנם ב-2005 קיבלה מועצת השרים האירופית, בעקבות מתקפות הטרור במדריד ולונדון, החלטה לפיה כל מדינה חברה חייבת למסור מידע על טרור לסוכנות המשטרה הכלל-אירופית אירופול, אבל בפועל רוב המידע שהועבר מאז אינו חושף הרבה יותר מאשר מקורות מודיעין גלויים שניתן למצוא באינטרנט.
לסוכנויות האיחוד עצמו יש מקורות ביון פוטנציאליים עצמיים אך הללו אינם מקורות שניתן להפעילם באופן שיטתי. למשל, לשירות החוץ של האיחוד, הכפוף מנהלית לנציבות האיחוד, יש 140 נציגויות ברחבי תבל אך הללו היו תמיד מאוישות בעיקר על-ידי פקידים פוליטיים או מסחריים או עובדי סיוע שאינם מוכשרים להעביר מידע מודיעיני בעל ערך. בשנים האחרונות יש קצת שינוי במצב כאשר מבחינה ארגונית נפתחו ערוצים בין הנציגויות לבין סוכנויות הביון אלא שגם עתה עיקר המחויבות של פקידי הנציגויות היא לשירות החוץ שעיקרו עיסוק במסחר ובסיוע לארצות מתפתחות.