אחת התופעות הנגזרות מגירושין הינה הפרדת הרכוש. עשויה להתעורר השאלה מהם היבטי המס ביחס לפעולה שכזו. לכאורה, ניתן היה לסבור שמדובר במכירה חייבת, שכן זוהי למעשה עסקת חליפין בה צד אחד מוותר על חלק מהרכוש כנגד קבלת רכוש אחר או כנגד קבלת זכויות אחרות (משמורת, ויתור על תביעות וכו'). למרבה הפלא, חוק מיסוי מקרקעין הינו חוק המס היחיד הכולל התייחסות מפורשת לסוגיית הפרדת הרכוש בגירושין.
החוק קובע (בסעיף 4א) כי העברת מקרקעין ומניות באיגוד מקרקעין בין בני זוג (או מהם לילדיהם) הנעשית על-פי פסק דין שניתן אגב הליכי גירושין לא תיחשב כלל כמכירה לעניין החוק. בהקשר זה יש לתת את הדעת על מספר נקודות.
ראשית, יש הכרח כי ההעברה תתבצע על-פי פסק דין שניתן אגב הליכי גירושין. לאחר תיקון החוק, ברור כיום כי אין הכרח בפ"ד לגירושין של בי"ד רבני ודי גם בפסק דין של בית משפט למשפחה המאשר הסכם חלוקת רכוש בין בני הזוג אגב הגירושין.
שנית, החוק קובע כי כשחל הסעיף אין מדובר במכירה, ועל כן אין כלל אירוע מס: דהיינו אין חובה להגיש דיווח לרשויות מיסוי מקרקעין, והעברת המקרקעין בטאבו או במינהל אינה דורשת אישור מנהל מס שבח, אלא די בפסק הדין.
חשוב לציין שאין הכרח שבגין המקרקעין ישולם לבן הזוג המעביר מתוך הנכסים המשותפים, וניתן אף לרכשם ממקורות חיצוניים, בשונה לדוג' מחלוקת נכסים במסגרת עזבון.
מכיוון שעצם העברת הזכות אגב גירושין איננה מהווה אירוע מס (ואינה מחייבת את "המוכר" במס), הרי שמקבל הרכוש ייכנס לנעליו של המעביר לעניין יום הרכישה ושווי הרכישה. בעבר, היתה זו עמדת רשויות המס מכח עיקרון רציפות המס, ואולם החל מתיקון 55 לחוק (12.4.05) עוגנו הדברים במפורש. כתוצאה מכך עלולה להיווצר תוצאה מוזרה, לפיה בן זוג הרוכש את חלקו של האחר במיטב כספו, לא יהיה זכאי כי עלויות אלה יוכרו לו לצורך מס - לא לעניין פחת ולא ביחס לקבלת עלות במכירה עתידית. הדבר מטריד פחות כאשר מדובר בדירת מגורים הצפויה להימכר בפטור ממס, אולם בעל משמעויות כספיות מהותיות כאשר המדובר בנכס עסקי או בנכס שאינו צפוי להימכר בפטור ממס. יש לקחת נקודה זו בחשבון בעת ההחלטה מהו הסכום שיוצע לבן הזוג כנגד הנכס.
יש להדגיש בהקשר זה כי הבחירה בהוראות סעיף 4א היא אופציונלית - דהיינו בני הזוג החוששים כי במכירה עתידית יוטל נטל מס על המקבל, רשאים לבצע את ההעברה כמכירה חייבת שלא במסגרת סעיף 4א. כך אומנם תוכר עלות לעתיד, אך יחול חיוב במס כבר במועד הפרדת הרכוש בין בני הזוג.
לאחרונה, בפ"ד פלומנבאום (ו"ע 1098/04), נקבע כי בני זוג שבחרו לבצע מכירת מקרקעין כעסקה חייבת, לא יוכלו לחזור בהם ולהחיל על המכירה את סעיף 4א שמשמעו היעדר חיוב במס.