טוקסינים יכולים להיות ממקום פנימי (אנדוטוקסינים) הנוצרים כתוצאה ממטבוליזם לא תקין וממקור חיצוני כגון: חיידקים, וירוסים, פרזיטים, חומרים כימים, צבעי מאכל, חומרים משמרים, דשנים כימיים, תרופות, טראומות מסוגים שונים, חשיפה לתכני תרבות מסוימים כמו סרטים ומשחקי מחשב אלימים.
במצבים קיצוניים כמות הרעלנים הללו גדולה יותר מיכולת האורגניזם להתמודד איתם בצורה השגרתית ואז הגוף משתמש באמצעים חריפים כדי לנטרל את האיום. אמצעים אלו הם בעצם במצב של מחלה בו האורגניזם מתרכז כל כולו בתהליך הנטרול ובעצם דורש מאיתנו לא להפריע לו לבצע את תפקידו.
לכן הומוטוקסיקולוגיה רואה במחלה תהליך חיובי אשר עלינו לעזור לו להתבצע בצורה הטובה ביותר והקלה ביותר מבחינתנו. זהו תהליך אשר אם נדכא אותו ולא נטפל בו כיאות אנו עלולים להפוך תהליך קצר של מחלה אקוטית לתהליך כרוני ממושך.
הגישה הטיפולית ההמוטוקסיקולוגית תמליץ על: הפסקת החשיפה וההכנסה של אותם טוקסינים לגוף על-ידי שינוי בהרגלי החיים כמו שינוי בתזונה, פעילות גופנית, הימנעות מחשיפה למצבים קיצוניים, וסיוע לאורגניזם בסילוק הטוקסינים הקיימים על-ידי עידוד הפעולה של מערכות ההפרשה בגוף בעזרת תרופות הומאופתיות שונות. המכונות תרופות מנקזות.
ההומוטוקסיקולוגיה, כמו שיטות טיפול רבות אחרות, משתמשת בעיקרון הניקוי או הניקוז. עיקרון זה מתבסס על העובדה שאיברים שונים משמשים כמטהרי דם מרעלים הנספגים מן החוץ או מיוצרים על-ידי הגוף.
בדרך-כלל במצבי מחלה שונים (בעיקר במצבים כרוניים) יש צורך לעודד ולשפר את הפעילות של איברים אלו, שיפור פעולתם מאפשר לגוף להיפטר מהר יותר מפסולת שהצטברה בו ועל-ידי כך, להחלים מהר יותר מהמחלה.
לדוגמא: שילוב הומאופתי של הצמחים SOLIDAGO ,BERBERIS ואחרים, פועל כנקז מצוין לכליות ויכול לשפר משמעותית עד למניעה מוחלטת של מצבים כמו דלקות חוזרות בדרכי השתן, נטייה לאבנים בכליות וכו'.
לעומת זאת, שילוב בהכנה הומאופתית של צמחים כגון: כף הזאב שן הארי, דנדליון ואחרים מבצע דטוקסיפיקציה טובה של הכבד ויכול לשפר מצבים של עייפות, חוסר ריכוז, רמת כולסטרול גבוהה בדם, טחורים, אין-אונות, בעיות פוריות, בעיות במערכת העיכול, כאבי ראש סחרחורות ועוד.
אחד הפיתוחים המעניינים של השיטה הוא השימוש באנזימים שונים הקיימים באופן טבעי בגופנו לאחר שעברו הכנה הומאופתית. הרעיון מאחורי פיתוח זה מתבסס על העובדה כי רמת השימוש בחמצן ברקמות המעורבות בתהליכי מחלה ניוונית יורדת באופן משמעותי ככל שמצב המחלה חמור יותר עקב פעילות חלשה של האנזימים המעורבים בתהליך.
על-פי גישה זו, האורגניזם האנושי חשוף משך כל שנות קיומו למגוון רחב של רעלנים (טוקסינים) איתם הוא מתמודד בדרך-כלל בהצלחה רבה ומפריש אותם מהגוף מבלי שנחוש בכך כלל. נטרול זה מתבצע בעזרת מנגנונים שונים בגוף ונעשה בעיקר ברמת איברי ההפרשה כמו כבד, כליות, עור, מערכת הנשימה וכו'.