לאורך מאות בשנים עמדו, אומנם, יסודות הבניינים של ונציה בתנאיו הקשים של הים האדריאטי, אולם בהדרגה החלה העיר שוקעת לאיטה. משקלם העצמי של הבתים גרם לקורות העץ שמתחתם להינעץ עמוק יותר בקרקעית הלגונה, וב-300 השנים האחרונות החלה ונציה לשקוע בקצב של מספר סנטימטרים מדי מאה שנים. התופעה הוחמרה במיוחד באחרונה, עקב חפירתן של בארות רבות בעיר, ששאבו את מי האקוויפר שמתחתיה ושגרמו לשקיעתה של הקרקעית.
מלבד השקיעה, מאיימות על ונציה גם גאויות מן הים האדריאטי, המכונות אקווה-אלטה, שמציפות את רחובות העיר בחודשי החורף. מפלס המים נמדד באורח קבע וכשהוא עולה יתר על המידה, מופעלת ברחבי העיר אזעקה. או אז נוהגים לפזר בה משטחי-הליכה מוגבהים, כדי לאפשר להולכי הרגל לנוע באזורים המוצפים. כאשר ההצפות חמורות מדי לא ניתן לנוע בעיר בסירות, מאחר שמפלס המים הגבוה מונע מעבר מתחת לגשרים.
על האזורים הנמוכים בוונציה, במיוחד אזור כיכר סן-מרקו, מאיימת סכנת הצפה של לפחות מאה פעמים בשנה. כתוצאה מההצפות התכופות, נוהגים תושבים רבים לזנוח את קומת הקרקע בביתם ולמצוא מקלט בדירות העליונות. אלא שבסופו של דבר זהו פתרון ארעי בלבד; ובינתיים חרדים הוונציאנים מאסון השקיעה המוחלטת שמאיים להתרגש עליהם.