הרב קוק שאף לכך שמוסד הרבנות יהיה גוף-על א-פוליטי המאחד ומאגד את כל הכוחות הפועלים במדינה. גוף המשפיע על אזרחי הארץ היהודים
בכל תחומי החיים, בסוגיות חברתיות, לאומיות ופוליטיות כגון עבודה, חקלאות, עלייה, ביטחון ועוד. גוף שיעצב את החיים היהודיים.
כבר מן ההדחה הראשונה נוצר פילוג בין הרבנים הראשיים עצמם. עם כניסתם של שני הרבנים הרב שלמה גורן והרב
עובדיה יוסף, החלו מריבות ביניהם ויחסי שני הרבנים הראשיים היו מעורערים. מועצת הרבנות הראשית נשלטה בידי הרב גורן ולתקופת זמן מה אף החליט הרב יוסף שבשל כך אין טעם שיגיע לדיוניה כלל. תופעה שלא הייתה קיימת מאז היווסדה של הרבנות הראשית.
עם כניסתו של הרב גורן לרבנות הראשית, החליט לנצל את כוחו כרב ראשי וכינס
בית דין רבני מיוחד להכריע בעניין "האח והאחות". תשעה רבנים כונסו ורק אחד מהם, הרב גורן עצמו, היה מוכן להזדהות בשמו. כל השאר שמרו על אנונימיות "כדי למנוע מהם וממשפחותיהם איומים, פגיעות והשמצות מצד קבוצות המהלכים אימים וזורעים טרור", למרות איסור התורה "לא תגורו מפני איש" לא נמנעו אותם דיינים לנקוט בצעד זה.
נוסף על כך - הרב גורן הכריח כל רב שרצה להתמנות לדיין בית דין רבני לחתום על פסק דין זה. זה היה תנאי בל יעבור לקבלת המינוי, על כל ההשלכות שיש לדבר זה על טיב הדיינים החדשים ועל יראת השמיים שלהם: "משרבו
בעלי הנאה נתעותו הדינין ונתקלקלו המעשים ואין נוח בעולם,
משרבו רואי פנים בדין בטל לא תגורו ופסק לא תכירו
ופרקו עול שמים ונתנו עליהם עול בשר ודם". ומאז סובלת מערכת בתי הדין הרבניים מפחדי פסיקת דין, ועינויי דין הם דבר שבשגרה.
תגובת החרדים לפסק הדין הייתה קשה. מועצת גדולי התורה התכנסה בראשות הרב
משה חברוני בהרכב מורחב שכלל לראשונה את
הרב אלישיב (שפרש בשל כך מהרבנות הראשית) ורבנים נוספים, ופרסמה קול קורא המכריז על בטלות פסק הדין והכרזה ש"אין לסמוך כלל" על כל פסיקותיו של הרב גורן.
ב"כינוס מחאה" שנערך בבני ברק, נשא
הרב שך דברים,
הסטייפלער - הדמות הבכירה בקרב הליטאים - שלח נציג מטעמו, וכך עשו גם מנהיגי החסידים. רבנים חשובים, בהם
הרב שלמה זלמן אוירבך, פרסמו מחאה נגד "חילול השם הנורא והשמתם ללעג של דרכי ההוראה", וכי "הרב גורן חיסל את עצמאותה של המערכת הרבנית בישראל".
בעקבות הפסיקה
התפטר הרב אלישיב מבית הדין הרבני הגדול, והפך לימים לאחד הרבנים הבולטים בעולם החרדי, המתנגד בחריפות לרבנות הראשית ובתי הדין שלה. הרב עובדיה יוסף סיפר עם סיום הפרשה, כי הופעלו עליו לחצים מהממסד הפוליטי בנושא זה, אלא שכל ניסיונותיו למצוא פתרון הלכתי עלו בתוהו. עוד טען כי הרב גורן טועה בעמדתו, וכי יש
להתחשב גם בגדולי הדור שנמצאים מחוץ לרבנות הראשית (ובכך בעצם הכפיף, העומד בראש מוסד הרבנות הראשית, את הרבנים הראשיים לרבנים המתנגדים לעצם קיומה).
יתר על כן, כשהוצגה חתימתו על המסמך המתיר להם להינשא, טען כי זו
הוצאה ממנו במרמה, ובכך הצביע על אזלת ידו כלפי הכפופים לו. ועדת בירור שהוקמה כדי לבדוק את טענתו אישרה שכך היה, ואחד הרבנים במחלקת הנישואין הושעה מתפקידו.
היו גם רבנים מהציונות הדתית שיצאו נגד הפסק, כגון
הרב שאול ישראלי, אחד הרבנים החשובים בציבור זה, וכן
הרב פרופ' בנימין זאב בנדיקט, רבה של שכונת אחוזה בחיפה, שיצא חוצץ נגד כל תהליך ההדחה.
שני הרבנים שבאו לאחר הרב גורן והרב יוסף, לא ששו להיות מועמדים לתפקיד והוא נכפה עליהם על-ידי אחרים שרצו להציל את כבוד הרבנות ואת זהותה הציונית. נמיכות הקומה של הרבנים הראשיים באה לידי ביטוי ביתר שאת, באישיות הרבנים שבאו אחריהם, כשכל פסיקתם נעשתה רק באישור "גדולי תורה", ובזה הצהירו הרבנים הראשיים שהם, אפילו בעיני עצמם, אינם "גדולי תורה".
מעמדה של הרבנות הפך להיות "חותמת גומי" לפסיקות רבנים שמחוצה לה, עד כדי כך שמועמדים לתפקידי רב ראשי אף הצהירו על כך בגלוי, כחלק ממסע הבחירות שלהם (שגם הוא חידוש שלא שמענו עליו קודם לכן). נוצר מצב עגום שבו במקום שתלמידי החכמים הגדולים ביותר שבדור ישמשו בתפקיד הרם הזה, ממלאים אותו רק עושי-דברם, רבנים שאינם מכירים ברבנות הראשית ובמטרות שלשמן הוקמה.
במקום שהרבנות תהיה גוף-על א-פוליטי המאחד ומאגד את כל הכוחות הפועלים במדינה, הפכה לגוף שולי, שקמו לו מתחרים כיתתיים שאינם מכירים בסמכותה של הרבנות הראשית, ואף פועלים להיעלמותה.