הליקויים והגורמים היסודיים להיווצרות הליקויים החמורים המפורטים בדוח - חוזרים על עצמם בעקביות פעם אחר פעם, ובריטואל קבוע: מוטחת ביקורת, מפריחים הצהרות והבטחות - ועולם כמנהגו נוהג. התופעות אותן מתאר הדוח אינן רק כשל טכני, או קוסמטי. הן נושאות פוטנציאל לשחיתות. מדובר בתופעות שלמרבה הצער הפכו לחלק מהתרבות הארגונית ונצרבו לאורך השנים בהתנהגות של בעלי תפקידים במשטרת-ישראל.
דוגמאות:
"ועדת אור", ועדת החקירה הממלכתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ישראלים באוקטובר 2000, קבעה במפורש כי במשטרת-ישראל ישנם תחומים שאין בהם נהלים, או שישנם נהלים סותרים ("אי סדירות בנהלים" בלשון הוועדה). כמו-כן קבעה הוועדה כי אין מנגנונים מובנים ויעילים להטמעת נהלים וקיימת עמימות במתן הנחיות. דהיינו, גורם ממונה מנחה - והכפופים אליו מיישמים את ההנחיה כטוב ליבם, ועל-פי הדרך בה הם מבינים ומפרשים את ההנחיות.
"ועדת אור" דיברה במפורש
על תרבות של אי קיום נהלים ופקודות ותרבות של דיווח שקר (ועדת אור נקטה בלשון מעודנת יותר: "תרבות של אי דיווח אמיתי"), וכן דובר בדוח הוועדה על העדר תרבות של תחקיר אמיתי ותופעה נרחבת של העדר תיעוד. לאמור, מדברים ולא מתעדים - אחר כך לך תוכיח מי דיווח למי מה, ומי הנחה את מי מה.
בשנת 2007 קבעה "ועדת זיילר", ועדת הבדיקה לבחינת מערכת אכיפת החוק בפרשת
פריניאן והשוטר צחי בן-אור ז"ל, שמשטר של ביקורת ובקרה לא פעל ביחידות המשטרה שדובר בהן.
תופעות של הנחיות עמומות בכל הנוגע לסגירת תיקי חקירה, תהליכי עבודה המתבצעים בניגוד מפורש להוראות החוק ולנהלים שמשטרת ישראל קבעה בעצמה בכל הנוגע לסגירת תיקי חקירה, אינן תופעות חדשות.
מבקר המדינה בדק בדוח 56 ב' תהליכי העבודה בהקשר של סגירת תיקי חקירה, ומצא ממצאים חמורים. אחת ממטרות הביקורת של הדוח של מבקר המשרד לביטחון פנים, הייתה לקיים מעקב אחר תיקון הליקויים ויישום ההמלצות של מבקר המדינה בדוח ההוא. הליקויים היסודיים חזרו על עצמם.
התנהלות מטרידה ומדאיגה בכל הנוגע לסגירת תיקי חקירה גם נדונה בכנסת בשנת 2003 ובשנת 2005, בעקבות תהליך שנקרא במשטרה "מבצע לסגירת תיקים", שהתקיים במפלג התביעות של מחוז תל אביב. האמת היא שמדובר "במבצע" שהטיל צל כבד על איכות אכיפת החוק במדינה. במהלך אותו מבצע נסגרו כ-13,000 תיקי חקירה שהועברו על-ידי יחידות החקירה במחוז תל אביב, לטיפול מפלג התביעות המחוזי.
תיקי חקירה אלו, שהוגדרו כתיקים גלויים - שהעבריין נתפס ונמצאו נגדו ראיות - שכבו ביחידת התביעות כאבן שאין לה הופכין, עד שחלקם הגדול נסגר בצורות שונות ומשונות. בין היתר נסגרו תיקי חקירה בחוסר סמכות (ממש בדומה למה שדוח הביקורת הנדון מעיר), ואף נגד עבריינים פעילים. המבצע כולו התנהל ללא פיקוח ובקרה והביא לתוצאה הבלתי נסבלת שנדונה בכנסת, בשתי ועדות (ועדת הפנים ואיכות הסביבה וועדת החוקה, חוק ומשפט).
למרבה הצער התופעה של אי דיווח אמיתי חזרה על עצמה גם בדיווחים של נציגי המשטרה בפני ועדות הכנסת. הדיווחים לא היו בגדר גילוי נאות, והמציאות לא הוצגה כהווייתה.