אין די בטיפול שטחי כדי לבער את נגע השחיתות המכה שורשים בשלטון המקומי. יש לרדת לשורשי התופעה, ולפעול למניעה מוקדמת מראש במקום העמדה לדין בדיעבד. אחת מנקודת התורפה היא הביקורת הפנימית ברשויות המקומיות. מבקר פנים שהינו עובד המועסק על-ידי הרשות המקומית אמור לבקר את מעשיה. במקרים רבים דוחות הביקורת נוקטים בלשון עדינה כלפי המבוקרים, ובמקרי הקיצון אפשר למצוא דוחות הכוללים דברי שבח, חנופה והתפעלות מהמבוקרים, עד כי נדמה מדובר במנשר שיצא ממשרד הפרסום ולא מהמבקר.
לעיתים דווקא ראשי הרשויות פונים אל המבקר בבקשה לבחון נושא בעייתי מסוים, והכל על-מנת להכשיר את השרץ ולהשתמש בדוח הבדיקה שתוצאותיו מוכתבות מראש, כעלה תאנה לכיסוי ערוותם. יודגש כבר כעת כי אין במקרים פרטניים כדי להשליך על הכלל ויש להניח כי רוב רובם של מבקרי הפנים עושים את מלאכתם נאמנה, אולם כפיפותו של המבקר לראש הרשות הינה מתכון לצרות.
פסק דין שניתן באחרונה בבית משפט השלום ירושלים (ת.א. 39815-08-10, כבוד השופט אלכסנדר רון), מאפשר הצצה נדירה להתנהלות הביקורת במועצה המקומית בית אריה. בפני בית המשפט הונח פסק דין קודם בו נקבע כי נפל פגם של ממש בהתנהלותו של ראש המועצה המקומית,
אבי נעים, ואולם, דווקא מבקר המועצה, מר אשר שטיינמץ, אשר בדק בעצמו, את אותה פרשה בדיוק, הגיע למסקנה הפוכה - לפיה המועצה פעלה ללא דופי. כדי ליישב את ההבדל התהומי בין מסקנת בית המשפט ובין מסקנת המבקר, בחן בית המשפט את אופן ביצוע הביקורת. דבריו החדים של השופט, אשר לא הסתיר, את תחושתו ביחס לביקורת, ראויים לשינון. וכך נאמר בפסק הדין:
"וכיצד בוצעה "ביקורת" זאת? המבקר שוחח עם מהנדס המועצה והשתכנע מדבריו: "... מבחינתי שיחה עם המהנדס מספיקה".. לכשנשאל המבקר האם ראה מסמך? השיב כי: "לא ראיתי במו עיני גם את הגובה שלהאוורסט, אך אני יודע מה גובהו". על כך כתב השופט כי "מבקר הסבור שדי בשיחה עם הגורמים המבוקרים, ביקורתו, לאו ביקורת היא. ולכשהובאה במסגרת החקירה הנגדית תמיהה ביחס להתנהלות זו, למדנו מפי מבקר המועצה: "למה? כי אני לא מאמין ליועץ המשפטי? איפה אנו עובדים, באיזה מערכת? כל אחד חושד בכולם?" אך תפקידו של מבקר להימנע מלצאת מתוך הנחה שהמבוקרים תמיד צודקים: זו מהות תפקידו, ומעט תמוה בעיני שאין הדבר ברור לו לחלוטין. ראוי להעניק למבוקרים את מלוא הכבוד הראוי, אך במקביל להניח שראויה מלאכתם לבדיקה וביקורת, ובדיוק למטרה זו נועד מוסד המבקר. שווה בנפשך, שיסתפק מבקר המדינה במסגרת ביצוע תפקידו בקבלת תשובות שרי הממשלה ומנהלי הגופים המבוקרים, שמן הסתם לא ינסו, אלא להצדיק את מעשיהם, ויבסס על כך את דוחות הביקורת המוגשים על ידו מדי שנה בשנה. וכך, למעשה, תופס שטיינמץ את משמעות תפקידו. ברם, תפקידו של מבקר לעשות את תפקידו ולהתבסס על ההנחה שהמבוקרים עשויים לטעות, במקרים מסוימים אף מעבר לכך, ומבקר שאינו מבין שאין הוא יכול להסתמך ולבסס את מסקנותיו אך ורק על דברי המבוקרים, לוקה בתפיסת-חסר בהבנת משמעות תפקידו והאחריות הגלומה במוסד הביקורת, ואף ייתכן שנקטתי בדבריי במעט לשון של המעטה.". אלמלא נאמרו הדברים בפסק דין, שאיש לא ערער עליו, ניתן היה לחשוב כי מדובר בעלילה דמיונית מבית מדרשה של כנופיית שלטון החוק. יש להניח כי פסק דין זה יובא בפני הגורמים המתאימים במשרד הפנים אשר יתנו עליו את הדעת. בה בעת ייתכן כי אם תופסק עבודתו של המבקר הספציפי, הרי שהוא לא יתקשה למצוא חלופית, שכן מבקרים מסורים שכאלה, המזכים את מבוקריהם באמונה עיוורת, הינם הון אנושי מבוקש ביותר.
במישור הרחב, ותוך התנצלות בפני רוב המבקרים האחרים העושים את מלאכתם נאמנה, שאין ראוי להזכירם בכפיפה אחת עם מבקר המועצה המקומית בית אריה, הרי שראוי לנתק את יחסי המרות בין מבקרי הפנים ובין ראשי הרשויות המקומיות. מבקר הפנים צריך להיות בלתי תלוי, כפוף למבקר המדינה, להיקלט לעבודה על ידו, לקבל את ממנו שכרו ואת תקציבו ולדווח לו. כשם שמבקר המדינה אינו כפוף לראש הממשלה, כך מבקר הפנים אינו יכול להיות כפוף לראש הרשות המקומית. שינוי פני הביקורת, יקדם את שינוי פני השלטון המקומי, ויקדים תרופה להרשעה.