בעוד שבשנת 1993 ישראל הכירה באש"ף כמייצגו של העם הפלשתיני, אבו מאזן אינו מכיר בישראל כמדינה יהודית. עמדה זו, הסותרת את העמדה הישראלית, בין היתר, כפי שנוסחה במגילת העצמאות, הובהרה לציבור הישראלי שנים רבות לאחר חתימת הסכמי אוסלו וספק רב אם אלה היו נחתמים אילו הצהירו הפלשתינים על כך בזמנו. לעמדה זו משמעות עמוקה לתוחלת המשא-ומתן על הסדר הקבע, משום שמדובר בחתירה פלשתינית לפתרון "שתי מדינות": מדינה פלשתינית עצמאית ובצידה ישראל, כמדינה דו-לאומית (יהודית-פלשתינית) בתחומי ה"קו הירוק; להבדיל מפתרון של "שתי מדינות לשני עמים", לשיטת ישראל.
"אי-אפשר להכיר במדינה יהודית" - כך אמר אבו מאזן, בראיון שנתן ל"אח'באר אל-יום" המצרי ב-30 בנובמבר 2014 (אתר ממר"י, 17 בדצמבר 2014). לדבריו: "נתייצב נגד המפעל הזה לא מתוך עקשנות בלבד, אלא משום שהדבר סותר את האינטרסים שלנו. הראשונים שיינזקו מהחוק הזה הם מיליון וחצי ערבים שיוצאו מישראל עקב החוק בשל דתם...יש [גם] סיבה אחרת - [ישראל] לא תאפשר חזרת פליטים. יש שישה מיליון פליטים המבקשים לחזור, ואגב אני אחד מהם. צריכים למצוא פתרונות יצירתיים משום שאי-אפשר לסגור את הדלת בפני מי שרוצה לשוב. ישראל שואפת למדינה יהודית, ודאעש חותר למדינה איסלאמית והנה אנו תלויים בין הקיצוניות היהודית לקיצוניות האיסלאמית. יהיה ל
אבו בכר אל-בגדדי תירוץ להקים מדינה איסלאמית לאחר שיאושר חוק המדינה היהודית".
עוד אמר אבו מאזן: "נתניהו אמר לי אז רעיון [שעלה בישראל] 'מהגיהינום' - מנקודת מבטו... שהוא ייתן לי את המשולש [בתחום הקו הירוק] כולל מה שבתוכו. הרי הוא נכבש ב-1949 ואז חיו בו 38 אלף תושבים, ואילו היום יש בו בוודאי 400 אלף תושבים. אמרתי: לא אקח איש. שכח את העניין, משום שבכנות, לא אתיר לאף ערבי לוותר ולא אכריחו לוותר על אזרחותו הישראלית... מבחינתי [הנושא] הוא קדוש. למשל בפעימה הרביעית בשחרור האסירים הפלשתינים שלנו - 15 מתוך 30 הם ערביי 1948 [ערביי ישראל]. אמרו לי: קח אותם לגדה המערבית והם יוותרו על אזרחותם. אמרתי להם: בלתי אפשרי, צריך להחזירם לבתיהם, ושיחזיקו באזרחותם".
עמדתו זו תואמת דברים שאמר אבו מאזן ב-2009, בשיחה סגורה עם צוות התמיכה הפלשתיני במשא-ומתן בראשות סאיב עריקאת (הפרוטוקול דלף ופורסם ב"גרדיאן" בינואר 2011). לאחר שאבו מאזן אמר, שפלשתינים בירדן, בלבנון וכו' יוכלו לקבל אזרחות במדינה הפלשתינית העתידית, שאל אחד מחברי הצוות, אזרח ישראלי פלשתיני מנצרת, "האם תינתן לי אזרחות של המדינה הפלשתינית?" אבו מאזן השיב: "התשובה האסטרטגית היא לא! אתם חייבים להישאר היכן שאתם, להגן על זכויותיכם ולשמור על קהילתכם, אינכם זקוקים לדרכון כדי להוכיח שאתם פלשתינים. ב-1948 מנו הפלשתינים בישראל 138 אלף ועתה למעלה ממיליון. המולדת הזו היא מולדתכם. אתם חייבים להישאר שם והדבר אינו מפחית כהוא-זה מן העובדה שאתם ערבים ופלשתינים... הניפו שני דגלים: דגל השוויון ודגל המדינה הפלשתינית למען אחיכם בשטח הכבוש" (הוא לא הזכיר את דגל ישראל).
בשיחה זו הודה אבו מאזן, שלא הגיוני לדרוש מישראל לקבל את כל "הפליטים", "או אפילו מיליון אחד מהם - משמעות הדבר היא קיצה של ישראל". ברם, הוא עומד על כך, שעל כל פלשתיני יהיה להחליט אם ברצונו "לשוב" לישראל, או לקבל פיצוי כספי; אבו מאזן הודיע בעבר, כי יישאר במדינה הפלשתינית ולא ישוב לעיר הולדתו צפת, ואילו בנו (יאסר עבאס) ונכדו הודיעו שבכוונתם "לשוב לצפת, בפלשתין".
בראיון ל"אח'באר אל-יום", בנובמבר 2014, הציע אבו מאזן "הסדר ביניים", שכולל בראייתו את סיום הכיבוש והקמת מדינה פלשתינית (הוא מתנגד לכל "הסדר ביניים", שאינו נסיגה על בסיס גבולות 1967). בראיון הוא פנה לכאורה לנתניהו ואמר: "אני מקבץ נדבות כדי לשלם לפקידים, למגזרי הבריאות והחינוך, ואילו לכובש יש הכל. לא אמשיך כך. קח את כל השלטון הזה [של הרשות הפלשתינית], שאם לא כן בוא נדבר על השלום שאישר העולם, כלומר גבול בין שתי מדינות וירושלים בירתנו. בשאר הנושאים, כגון הפליטים הביטחון ועוד, נדון אחר כך...".
אבו מאזן שולל השתתפות של פלשתינים ישראלים בהתקוממות; בשיחה שנערכה ב-2009 הוא הבהיר: "איננו רוצים שתיטלו חלק בשום אינתיפאדה". עמדה זו באה לידי ביטוי גם באירועים האלימים שהתפתחו בזירה הישראלית-פלשתינית בשבועות האחרונים. במהלך אוקטובר 2015 קרא אבו מאזן למתן את תגובותיהם של אזרחי ישראל הפלשתינים ופנה לחברי הכנסת מ"הרשימה המשותפת", שקיימו עמו קשר ישיר, לבל יעלו להר-הבית בעת המתיחות. קריאה זו שונה מהקריאות להיאבק בישראל, שהעביר לכלל הפלשתינים. למשל, בנובמבר 2014 התקיים ברמאללה כינוס של פתח בראשותו, תחת הכותרת: "מושב השאהידים של המולדת, השאהידים של ירושלים, השאהידים של אל-אקצה". בדברים שנשא אבו מאזן באירוע הזה, הוא קרא לכולם להקריב עצמם למען אל-אקצה, בציינו, כי ההגנה על אל-אקצה היא זכות מוסרית, לאומית ודתית. בהודעת הסיכום שיבחה המועצה את התעוררות הגבורה של הציבור בירושלים; הזהירה מפני הניסיון לטמא את אל-אקצה; המליצה להקצות כסף למשפחות השאהידים והביעה נחישות להמשיך במאבק. ב-14 אוקטובר 2015 הצהיר אבו-מאזן, כי ישראל פועלת "לתקוף את מסגד אל-אקצה - לייהד אותו ולחלק אותו". דברים שישראל שללה מכל וכל.
