בית הכנסת בגבת הוקם בשנת 1936 בעיקר עבור הורי החברים שבאו והצטרפו לבניהם החלוצים, אך לא וויתרו על חיים יהודיים אורתודוכסים ושמרו על אורח חיים דתי. לא הכל הסכימו להקמת בית הכנסת והיו לא מעט חברים שהתנגדו מחשש "שהסבים הזקנים יחזירו את הילדים הרכים לחיק הדת". מנגד, טענו אחרים "שיש לקיים מצוות כיבוד אב ואֵם ולאפשר להורים לחיות איתנו, למרות שאנחנו עזבנו את הדת שלא על-מנת לחזור". טרם הקמת בית הכנסת בקיבוץ גבת, נערכו דיונים נוקבים וסוערים ושתי אספות בנדון ולבסוף הוכרע והוחלט על הקמת בית הכנסת. וגם על הקמת מטבח כשר קטן בצידו עבור ההורים. בחגים ובימים הנוראיים הגיעו להתפלל בבית הכנסת בגבת גם תושבים מיישובי הסביבה ואף ממקומות מרוחקים יותר. והוא היווה סוג של מרכז קהילתי ומקום מפגש עבור הורי החברים ומותר לציין, כי המטבח התנהל על-פי כללי הכשרות. כמובן שגם אירועים כמו בר-מצווה, "שבת חתן" וכדומה, נערכו במקום. מבחינתם של הורי החברים היה זה המשך ל"שטאטל "שהם הכירו לפני עלייתם לארץ במקום הולדתם במזרח אירופה. גם מבנה צריף בית הכנסת הזכיר להם את השטאטל. דמויות בולטות בחיי בית הכנסת בגבת היו הרב מנחם מנדל קרמש כנעני שהיה למעשה רב בית הכנסת ורעייתו דבורה כנעני שהיה אם הבית והאחראית על המטבח הכשר. השניים עלו לארץ מפולין בשנת 1934 והצטרפו לגבת לילדיהם שגרו כבר בקיבוץ גבת כהורי חברים. בית הכנסת בגבת פעל, כאמור, משנת 1936 עד 1960. הצריף שימש אחר-כך כמחסן לצורכי הנוי פורק והועבר (כפנלים) לרשות המוזאון ביפעת בראשית שנות 2000. אבנר גלילי מקיבוץ יפעת, שהיה מנהל מוזאון ההתיישבות ביפעת, והרוח החיה מאחורי שיחזור צריף בית הכנסת שפעל בגבת, מספר כי הרעיון לשחזור ולשימור צריף בית הכנסת נרקם במוחו עוד לפני מספר שנים, אולם לא יצא לפועל. "היו אנשים רבים שלגלגו על הרעיון ולא האמינו שיצא לפועל לא היה קל", אומר גלילי, לבסוף הפך החלום למציאות, נמצא התקציב הדרוש לשימור ושיחזור צריף בית הכנסת והוחל בעבודות התכנון וההקמה.

מבנה בית הכנסת המשוחזר, בנוי בעיקרו בניה חדשה, המבוססת על מרכיבי שימור רבים, תוך רצון לשמור על צביונו המקורי של בית הכנסת. כיוון לוחות העץ, מידות המבנה, גודל הפתחים, כל אלה הם על-פי צילומי מקור ותיעוד. הריצוף הוא שחזור של אריחי רצפה מאותה תקופה. על אחד הקירות תלויים צילומים מצריף בית הכנסת המקורי שהיה בגבת. כך שניתן להשוות בין מבנה המקור למבנה המשוחזר והמחודש. ב-24 באוקטובר 2013, נערך במוזאון ההתיישבות ביפעת טקס חנוכת מבנה בית הכנסת בגבת המשוחזר. היה לי הכבוד להשתתף בטקס חנוכתו. בין המשתתפים בטקס הייתה ציפורה זלקוביץ, אישה בשנות ה-80 לחייה, שניכר עליה כי היא מתרגשת מהמעמד. בשנות ה-30 בהיותה ילדה שהתגוררה עם משפחתה בתל אביב, נהגה ציפורה לבקר בחופשים ובחגים את קרוביה בקיבוץ גבת וביניהם את הרב מנחם כנעני ורעייתו דבורה כנעני, שניהלה את מטבח מספרת ציפורה: "נהגתי לבקר ולשהות לא מעט בצריף בית הכנסת ולא אשכח לעולם את האווירה המיוחדת ששררה בו" ציפורה שיתפה וריגשה את הנוכחים בטקס בזיכרונות וסיפורים מצריף בית הכנסת ההיסטורי.

בבית הכנסת בגבת היו שלושה ספרי תורה. לימים בפילוג בתנועה הקיבוצית בשנות ה-50 התפלגו גם ספרי התורה. כאשר חלק מחברי גבת עזבו ועברו לקיבוץ יפעת, הם לקחו עימם שני ספרי תורה והעבירו אותם לבית הכנסת שהוקם בשנות ה-50 בקיבוץ יפעת. בבית הכנסת בגבת נשאר ספר תורה אחד. בפילוג עבר אחד מבניו של הרב מנחם כנעני מגבת ליפעת (אריונק) והבן השני נשאר בגבת (אברהם). הרב מנחם כנעני נשאר בגבת - שם היה ביתו ושם קהילתו ופרנסתו. מספרת מרים אהרוני מארכיון קיבוץ יפעת שעוסקת שנים רבות בתיעוד ובזיכרון. "בקבוצת השרון לא היה בית כנסת. החברים המעטים שרצו להגיע לבית כנסת, בעיקר בראש השנה, יום הכיפורים ושמחת תורה, הלכו לנהלל. בתקופת הפילוג בתנועה הקיבוצית בשנות ה-50 חלק מהחברים והוריהם הדתיים של קיבוץ גבת עברו לקבוצת השרון (קיבוץ יפעת) ובניהם ר' אהרון בגון, יוצא העיר פינסק שעבר עם משפחת בנו ישראל בגון ליפעת, ונהיה לרב של יפעת. במחצית השנייה של שנות ה-50, הוחלט ביפעת להקים בית כנסת עבורם במימון משרד הדתות. בית הכנסת היה למעשה צריף עץ גדול שהוקם ליד בתי המגורים שהוקצו להורים סמוך לכניסה ליפעת. באגף המזרחי של הצריף הותקן מטבח לפי כל דיני הכשרות, ומרים כהן ושרה ברזלי בישלו בו להורים הזקנים ארוחת צהריים חמה. לפעמים הצטרף אל חדר האוכל הקטן של ההורים בן משפחה שומר מצוות שהגיע לביקור או גם אורח מזדמן". מרים אהרוני מספרת עוד, כי עם השנים ולאחר שהורים הלכו לעולמם וגם רב בית הכנסת הרב אהרון בגון הלך לעולמו "ריחפה סכנת סגירה על בית הכנסת - בדומה למה שקרה בגבת שנים קודם לכן. אולם אז נרתמה להצלת בית הכנסת קבוצת חברים מן הוותיקים, שהחשיבה את קיומו ורצתה בהמשכו. על נאמני בית הכנסת המתמידים נמנו: מיכאל עובד, רפאל פסחי, יעקב לוצקי, אהרון זיגלמן, משה דיטל, מיכאל קושט, אריה כרמי, ישראל ביטמן, יהושע מחניימי, אלימלך אגסי, שמחה חורש, יעקב ווליניץ, זליג סובול, מאיר בירנבאום, מרדכי בינר, ראובן גורביץ', אריה ברזלי ואברהם עמית". ב-1965 הצטרף לבית הכנסת ביפעת יעקב לוין ז"ל. מספרת מרים אהרוני: "יעקב, בקולו הערב, במנגינותיו הנפלאות ובתפילתו הזכה השרה רוח חדשה על בית הכנסת ומשך אליו קהל נוסף. יעקב שימש כבעל קריאה קבוע ואף לימד ילדים לבר מצווה. מרים אהרוני מספרת, כי בשנת 1990 עבר בית הכנסת ביפעת שיפוץ ושדרוג במימון נוסף שהושג ממשרד הדתות וכספים שגויסו ממקורות אחרים. החזות הפנימית של בית הכנסת עוצבה בסגנון אירופי עתיק וחמים, עם תקרת עץ דקורטיבית אשר נברשת רבת קנים משתלשלת ממנה ועם חלונות מקומרים שבהם מעוטרים ויטראז' צבעוני. גם הבימה חודשה בעבודת עץ אמנותית, מעשה ידיהם של שלמה שריקי ויאן קליאניאן. בקיר המערבי של בית הכנסת נקבע לוח לזכר בני יפעת שנפלו במערכות ישראל. המרפסת הוגדלה והורחבה כדי לאפשר בניית סוכה והתכנסות קהל גדול בחגים, המדרכה לבית הכנסת הורחבה ונבנה "גשר" אל הבית, שבחזיתו שער מרשים.