אחד המכשולים העיקריים שאינם מאפשרים חתימה על הסכם קבע ישראלי-פלשתיני ויישומו, הוא חוסר היכולת של הרשות הפלשתינית לקיים שליטה ביטחונית ביהודה ושומרון, להבטיח חוק וסדר ולמנוע הפיכת האזור לבסיס יציאה לפיגועים לאחר שישראל תפסיק לפעול בו. מאז נפילת עזה בידי חמאס ביוני 2007, מתנהלת ברשות פעילות נמרצת לרפורמה במנגנוני הביטחון ובניית יכולותיהם בעיקר בסיועם של ארצות הברית, האיחוד האירופי, ירדן ומצרים. אלו מסייעים במימון, הספקת נשק, יעוץ והדרכה. יש חשיבות לזיהוי נכון של מידת ההצלחה של הרפורמה הביטחונית משום שלכך יש השלכה מהותית על הנכונות של ישראל להגיע להסכמים עם הפלשתינים וליישם אותם.
הרפורמה הביטחונית מטפלת בעיקר בשני מנגנוני ביטחון פלשתינים: מנגנון הביטחון הלאומי והמשטרה האזרחית (המכונה המשטרה הכחולה). הגוף הראשון הוא ארגון סמי-צבאי, מעין ג'נדרמריה האמורה להיות הכוח העיקרי שיכול להתמודד עם המיליציות הצבאיות של החמאס וקבוצות האופוזיציה האחרות. המשטרה האזרחית מטפלת בנושאי שיטור קלאסיים, כמו טיפול בעברות פליליות ומשטרת תנועה. לפי חלוקה ארגונית זו מתקיימת גם חלוקת עבודה בין ארה"ב והאיחוד האירופי. הסיוע והייעוץ לביטחון הלאומי נעשים על-ידי המשלחת של הגנרל דייטון, המתאם הביטחוני האמריקני, ואילו הסיוע והייעוץ למשטרה האזרחית נעשים ע"י EU-POL COPPS (EU Police Co-ordinating Office for Palestinian Police Support) , משלחת הסיוע המשטרתי של האיחוד האירופי. במערכת הפלשתינית שני המנגנונים כפופים למשרד הפנים, והרפורמה מתבצעת בניצוחו של שר הפנים בממשלת סלאם פיאד, הגנרל עבד אל רזאק אל יחיא. ראש הממשלה, פיאד, מייחס חשיבות רבה לרפורמה הביטחונית. הוא אף הביע את דעתו בכמה הזדמנויות, שבראייתו המשא-ומתן על הסדר הקבע עם ישראל חשוב פחות מאשר בניית היכולות והמוסדות של הרשות הפלשתינית, שהיא תנאי הכרחי להקמת מדינה פלשתינית ברת קיימא.
גם הביטחון הלאומי וגם המשטרה האזרחית סובלים ממחסור חריף בכוחות ויכולות אפקטיביים. על הנייר כוללים מנגנונים אלו עשרות אלפי מקבלי משכורת, אולם היכולת להפעיל על בסיסם כוחות אפקטיביים – קטנה. זהו חלק ממורשת ערפאת שנהג להשתמש במנגנון הממשלתי, ובעיקר בכוחות הביטחון, ככלי לגיוס תמיכה פוליטית. במסגרת כוחות אלו נהוג היה לשלם משכורת לאלפי אנשים שלא ממש מילאו תפקיד כלשהו. הרפורמה מתמקדת בגיוס כוח אדם והכשרתו בנוסף לבניית התשתית בתחומים השונים (בינוי, קשר, לוגיסטיקה וכו') הנחוצה להפעלה האפקטיבית של הכוחות.
הביטחון הלאומי, שאמור להיות הכוח העיקרי שיתמודד עם חמאס, פועל על בסיס תוכנית רב שנתית במסגרתה יוקמו חמישה גדודים. עד כה הסתיימה הכשרת שני גדודים שהתקיימה בירדן. הגדוד הראשון הוצב בג'נין והשני אמור להתפרס תחילה בהר חברון מחוץ לעיר חברון, ובשלב השני ייכנס גם לתוך חברון.
מבחינת הרשות הפלשתינית, קיימות שתי מטרות חשובות להפעלה האפקטיבית של הביטחון הלאומי והמשטרה האזרחית. בהקשר הפנים-פלשתיני, המטרה היא להחזיר חוק וסדר לישובים הפלשתינים ולהפגין את הימצאותו של בעל בית ואת סיומה של תקופת האנרכיה. האנרכיה הביטחונית שיצרו האינתיפאדה ופעולות הנגד של ישראל פגעה לא רק בישראל, אלא במידה רבה בפלשתינים עצמם, שעריהם הפכו לשדה פעולה חופשי לכנופיות של נושאי נשק ולאזורי פשיעה נרחבת. מציאות זו פגעה בתדמיתה של הרשות הפלשתינית ומפלגת השלטון, "פתח", וסייעה לחמאס להגביר את התמיכה הפוליטית בו. בהקשר הרחב יותר של יחסי הרשות הפלשתינית עם ישראל והקהילה הבינלאומית, המטרה היא להפגין יכולת להתמודד עם הקבוצות החמושות, לרבות חמאס, ולמנוע טרור.
המבחן הראשון המשמעותי היה בג'נין, בה נפרס כאמור גדוד הביטחון הלאומי הראשון שהוקם במסגרת הרפורמה, וכוחות משטרה אזרחית מתוגברים. ניתן לומר שניסיון ראשון זה הוכתר בהצלחה. נושאי הנשק נעלמו מהרחובות. נוכחות המשטרה מורגשת, והנושאים הפליליים מטופלים בצורה סבירה. אווירת הביטחון מאפשרת גם פעילות כלכלית מוגברת המתבטאת גם בקשרי מסחר עם ישראל ובביקורים של אזרחים ערביים ישראלים בג'נין.
ההצלחה בג'נין מעודדת את ממשלת הרשות להרחיב את מרחב הפעולה לאזורים נוספים. ההחלטה לפרוס את הגדוד השני באזור חברון נובעת, קרוב לוודאי, מהרצון לפגוע בחמאס שאזור זה הוא אחד ממוקדי הכוח העיקריים שלו ביהודה ושומרון, אולם היא גם מצביעה על ביטחון ביכולת הכוחות החדשים להתמודד עם המשימה, משום שברור לכל המעורבים שהמציאות באזור זה מורכבת וקשה יותר מאשר בג'נין.
מבחינת ישראל הישגים אלה של הרפורמה הביטחונית הפלשתינית הם רק צעד ראשון, שכן המבחן העיקרי מבחינתה הוא היכולת למנוע טרור ולפעול נגד התאים החשאיים של חמאס והקבוצות האחרות. בתחום הזה באים לידי ביטוי גם מנגנוני ביטחון אחרים, ובעיקר המודיעין הכללי והמודיעין המסכל, האמורים לזהות את תשתית הטרור ולפעול לפרוקה. יכולת הגופים האלו, ואולי מה שיותר חשוב, מידת נכונותם לפעול בתקיפות כנגד תאי הטרור עדיין טעונה הוכחה. אולם גם בתחומים אלו יש התקדמות ולראיה, הרשות הפלשתינית מקיימת פעילות אפקטיבית נגד התשתית האזרחית של חמאס. פעילות זו כמובן משרתת בראש ובראשונה את האינטרסים הפוליטיים של ממשלת הרשות. במקביל, החלה גם פעילות כנגד גורמים העוסקים בטרור. הדוגמה האחרונה היא חשיפה של תא של חמאס בחברון, לרבות מעבדת חומרי נפץ שהתא הפעיל, ומנהרה שנחפרה כנראה על-מנת לבצע פיגוע במחסום של צה"ל. אתגר מיוחד עבור הרשות מהוות הקבוצות של "חללי אל-אקצה" שהיו קשורות לפתח עצמו. אלו מטופלות במסגרת הסכם המבוקשים שבו מעורבת גם ישראל. לפי הסכם זה ניתנת חנינה למבוקשים מאנשי פתח שמניחים את נשקם ומתחייבים לא לעסוק בטרור ולעמוד תחת פיקוח. גם הסכם זה נחשב לסיפור הצלחה עם חריגים בודדים.
עדיין התהליך רצוף קשיים כשהמכשולים העיקריים הם:
1. בנייה איטית של הכוח, היוצרת מצב שבו הכוחות נמתחים עד קצה יכולתם.
2. מחסור במשאבים.
3. העדר שתוף פעולה מספיק של ישראל. מצד אחד ישראל מעוניינת בהצלחת הרפורמה הביטחונית שתאפשר התקדמות בתהליך
הביטחוני. מצד שני מידת אי-האמון בפלשתינים גדולה ויש חשש שבסופו של דבר הנשק והציוד יפלו לידי גורמי הטרור. לכן כל בקשה
להעברת ציוד למשטרה הפלשתינית עוברת מסלול ייסורים בירוקראטי.
4. שיתוף הפעולה החלקי של ישראל מתבטא גם בביצוע פעולות באזורי הפעולה של הכוחות הפלשתינים בלי לקחת בחשבון את השפעת הפעולות על דימוי כוחות הביטחון הפלשתינים כמרכיב בהחלטה על ביצוע הפעולות ובתכנון הפעולות.
בנוסף לכל זה קשה לצפות לטיפול אפקטיבי בנושא הביטחון כל עוד למנגנוני השיטור לא נוספת המערכת המלאה של המוסדות האמורים להשלים את מעגל הטיפול, ובעיקר מערכת שיפוטית ומערכת כליאה מתפקדות. בתחומים אלו המצב הנוכחי עדיין רחוק מסטנדרטים מקובלים במדינות מתפקדות.
לישראל אינטרס ברור בבניית יכולת פלשתינית עצמאית להשכין חוק וסדר ולפעול נגד הטרור, וההצלחה היחסית של הרפורמה הביטחונית הפלשתינית צריכה להילקח בחשבון בעת שישראל קובעת את גישתה כלפי מנגנוני הביטחון הפלשתינים. במסגרת זו מן הראוי שישראל תפעל בצורה יותר נמרצת לסייע בבניית כוחם של מנגנוני הביטחון הפלשתינים ותכניס שיקול זה אל תוך מערכת השיקולים המדריכה את פעילות כוחות הביטחון של ישראל באיו"ש. יש סכנה אמיתית שהקונספציה של חוסר האמון ביכולת הכוחות הפלשתינים וברצון שלהם לפעול נגד הטרור מושרשת כה עמוק אצל מקבלי ההחלטות בישראל וגורמי הביטחון שגם כאשר יחול שינוי מהותי לא יבחינו בו ולכן הסיכוי לשינוי יוחמץ.
