העיתוי הספציפי ואופן התחלת המהומות בסוף ספטמבר 2000 הפתיעו את צה"ל, אף שעמוס גלעד, ראש חטיבת המחקר באותה עת, המליץ שלא לקיים את הביקור של
אריאל שרון בהר הבית ב-28 בספטמבר 2000 בשל המתיחות ששררה בשטח. עם זאת, צה"ל התכונן כי שנת 2000 תהיה "שנת ההכרעה". הייתה הבנה כי מרגע שתמו חמש השנים אשר הוגדרו להגעה להסדר הקבע במאי 1999 התפרצות האלימות היא רק עניין של זמן.
שני אירועים חידדו עוד יותר את ההתרעה. הראשון הוא אירועי ה"נכבה" ב-15 במאי 2000 . ביום זה הייתה התקפה אלימה של המון רב, חלקו מזוין, על עמדות צה"ל בקרבת רמאללה. לצה"ל הייתה התרעה קונקרטית בנוגע לאירוע זה; ואכן, כוחותיו היו במוכנות גבוהה. התוצאה הייתה כעשרים פלשתינים הרוגים. אירוע זה יצר הלם בקרבתו של ערפאת, אך בצד ההרתעה הוא עורר גם רצון עז לנקמה.
האירוע השני הוא כישלון השיחות בקמפ דיוויד (יולי 2000). כישלון זה הסיר למעשה את המחסום האחרון בפני ההתפרצות האלימה. כאמור, הצבא הכין את עצמו לקראת עימות גדול בשנת 2000. צה"ל, בראשות הרמטכ"ל
שאול מופז, הכין תוכניות מבצעיות לכל תרחיש, הצטייד בכלי רכב רבים ממוגני ירי, וקיים אימונים מיוחדים לכוחותיו, לרבות לכוחות המילואים.
ההנחה הייתה שיהיה מדובר בעימותים מזוינים, דהיינו שגם הצד השני יפעיל נשק. בהתבסס על הלקח החיובי ממאי 2000 ועל הלקחים הקשים של אירועי "מנהרת הכותל" (ספטמבר 1996) הוגדר בבירור כי יש כוונה להגיע ליחסי הרג שיבהירו לכל מיהו הצד החזק. כשפרצו המהומות הסתבר כי הן יצרו אתגר מורכב יותר ממה שנצפה. מוכנות הצבא הייתה חלקית בלבד.
הקושי נבע משילוב של חמש סיבות: ראשית, הסתבר להפתעתנו כי מהומות אלו נתפסו כמוצדקות בעיני דעת הקהל במדינות רבות, וכך סקרה אותן התקשורת הבינלאומית. הן נתפסו כמאבק צודק נגד "הכיבוש"; שנית, כל תגובה מצד ישראל נתפסה כשימוש מוגזם בכוח צבאי נגד אזרחים, צה"ל לא דאג להצטייד מראש באמצעים לא קטלניים בכמות ובאיכות שנדרשו, ולכן נאלץ לעתים להפעיל אש חיה בהיעדר דרך אחרת; שלישית, הייתה דילמה ברמה המדינית. היות שנעשו מאמצים נואשים להפסיק את האלימות (ועידת שארם בהובלת קלינטון ב-4 באוקטובר 2000) הנחה הדרג המדיני לנהוג ריסון.
הפעולה הנמרצת שהתבצעה חצי שנה קודם לכן, במאי 2000, לא יכלה להינקט שוב; רביעית, נוצרו בעיות טקטיות בעקבות שימוש הפלשתינים בילדים שהובאו למקומות החיכוך; חמישית, היקף המהומות ופריסתן הרחבה בכל אזור יהודה ושומרון ובכל אזור חבל עזה (וכן בקרב ערביי ישראל) הקשו על הקצאת כוחות מאומנים ומצוידים מספיק לכל הגזרות.
צה"ל מצא את עצמו במגננה הן במובן המבצעי והן בנוגע לצורך להסביר את עצמו ואת התנהלותו. דוגמה טובה למצב המביך היא המצור על היישוב נצרים. במשך שבוע שלם באוקטובר 2000 היו יישוב זה והמתחם הצבאי הצמוד אליו נצורים לחלוטין. אפשר היה להביא אספקה ליישוב רק במסוקים; הטקטיקה של הפלשתינים הקשתה על צה"ל מאוד. היה בה שילוב של הפגנות אזרחיות עם אלימות "קרה" של זריקת אבנים עם שימוש בנשק חם תוך כדי אותן הפגנות, ומלבד זה פיגועי טרור מובהקים של ירי מהמארב, הצבת מכוניות תופת ואירועי התאבדות גוברים והולכים.
בשנה הראשונה של האנתפאדה היה צה"ל בעיקר במגננה הן במלחמתו עם הפלשתינים, הן בדרך התמודדותו עם התקשורת (הזרה בעיקר) והן בצורך להתמודד עם הסִסמה "תנו לצה"ל לנצח".
ההתמודדות עם התקשורת הזרה יצרה אתגרים שצה"ל לא נערך להם כהלכה. מאז ומתמיד יש נטייה לתת לצה"ל להסביר אירועים צבאיים, ולגורמים אזרחיים (משרד החוץ בעיקר) להסביר את הפן המדיני. חלוקה זו נכונה כל עוד אין אירועים ביטחוניים משמעותיים וכל עוד התקשורת הזרה מתעניינת בעיקר בנושאים פוליטיים. כשפרצו המהומות בספטמבר 2000 מיקדו האירועים הצבאיים את תשומת הלב של התקשורת. עיתונאים זרים לא רצו לשמוע הסברים מלומדים של פוליטיקאים או מסבירנים, הם רצו לדבר עם המפקד הצבאי בשטח ולשמוע ממנו מדוע עשו כוחותינו את אשר עשו. הצבא לא היה ערוך לכך הן מבחינת הפתיחות הנדרשת, הן מבחינת מוכנותם המקצועית של קציני שטח להתראיין (ובוודאי באנגלית) והן מבחינת התחכום הנדרש בכל הקשור לשליטה בתקשורת.
יותר מכך, תאורטית ידעו מפקדי צה"ל לשנן כי הקרב על ההסברה חשוב, אך ברגעי האמת נטו לסרב לבקשות (לעתים תחינות) של דובר צה"ל.
השינוי הראשון נבע מאירוע חיצוני: התקפת הטרור בארצות הברית ב-11 בספטמבר 2001. אירוני הוא כי אירוע זה קרה בדיוק כשהסתיים בקבינט דיון "אסטרטגי" בנושא הפלשתיני (דיון ראשון לאחר שנה של אירועים שהקבינט ניסה להתמודד בו עם השאלות העקרוניות כמו כיצד יש לנסות לפתור את הסכסוך הישראלי-פלשתיני. עד אז התמקדו דיוני הקבינט בהאזנה של השרים לדיווחי מודיעין ובאישור פעולות טקטיות שונות).
השפעת האירוע על מרחבי התמרון הישראלי והפלשתיני הייתה מידית. לפתע פתאום נוצרה לגיטימציה "להילחם בטרור", ופעולות כמו סיכול ממוקד - שגונו בעולם מקיר לקיר - התקבלו כדרך התמודדות לגיטימית. ערפאת, שנהנה עד 11 בספטמבר מתמיכה בינלאומית רחבה במאבקו ב"כיבוש", קיבל לפתע פתאום מסרים חדים, ולא רק מארצות הברית, להפסיק את הטרור. בהדרגה נוצרה דה-פקטו הפסקת אש חלקית. ישראל צמצמה בהדרגה את הפעולות היזומות, ובו בזמן חלה ירידה במספר הפיגועים. ראשי ארגוני הביטחון הפלשתינים, ובעיקר
מוחמד דחלאן וג'יבריל רג'וב, ניסו לנצל תקופה זו כדי לחזק את מעמדם הן בקרב האמריקנים, הן מול מקביליהם הישראלים והן מול הרחוב הפלשתיני.
בתקופה זו גם הגיע השליח האמריקני השני - גנרל זיני - והתאמץ מאוד להגיע להסדרה ביטחונית בין שני הצדדים. השקט היחסי שהגיעו אליו הצדדים בסוף -2001 תחילת 2002 הופר מהר מאוד. הסתבר כי שד הטרור ששחרר ערפאת שנה קודם לכן חזק מדי ועצמאי מדי. אל גורמי טרור רגילים כמו חמאס והג'ִהאד האיסלאמי הצטרפו גורמי פתח. אלו נעשו דומיננטיים יותר ויותר עד כי גם ארגוני הביטחון של ערפאת לא יכלו להתעמת אתם.
גם ישראל תרמה להסלמה על-ידי כך שהמשיכה בסיכולים ממוקדים, ואף הביאה באופן יזום את הלחימה לתוך מחנות הפליטים בשכם ובג'נין. אירוע ראוי לציון הוא החיסול של ראאד כרמי, פעיל פתח מרכזי, בטול כרם בינואר 2002. לפני חיסולו הקפיאה ישראל חד-צדדית ולמשך כחודשיים פעולות אלו. במקרה שלו, עקב הערכת שב"כ כי הוא מוביל לפיגוע מידי, הוחלט לפגוע בו. בעיני הפלשתינים הפרה ישראל הבנות לא כתובות בדבר הימנעות מפעולות כאלו בתמורה למאמץ של ארגוני הביטחון שלהם להקטין את גובה הלהבות. מלבד זה, דחף הרמטכ"ל מופז לפעול בנחישות נגד "חמושים פלשתינים" באשר הם. ההבחנה העדינה שנדרשה לעתים בין אנשים שונים שנשאו נשק לא תמיד נשמרה. גם ראש הממשלה שרון לא שש לחדש את שיתוף הפעולה הביטחוני כפי שרצו האמריקנים וכפי שביקשו כמה מהפלשתינים (מוחמד דחלאן וג'יבריל רג'וב).
השפעת 11 בספטמבר חלפה במהירות. קצב הפיגועים הואץ והגיע לשיאו במארס 2002. בחודש זה בלבד נהרגו 135 ישראלים ב-17 פיגועי טרור, רובם פיגועי התאבדות בתוך הקו הירוק. האירוע המכריע היה הטבח במלון פארק בנתניה בליל הסדר. יותר משלושים ישראלים נהרגו בפיגוע זה שביצע חמאס. היה ברור שאי-אפשר להמשיך כך.
