סמכותו של בגצ קבועה בסעיפים 15(ג) ו-15(ד) לחוק יסוד: השפיטה.
סעיף 15(ג) קובע-
"בית המשפט העליון ישב גם כבית משפט גבוה לצדק; בשבתו כאמור ידון בעניינים אשר הוא רואה צורך לתת בהם סעד למען הצדק ואשר אינם בסמכותו של בית משפט או של בית דין אחר."
משפטנים חלוקים בדעותיהם לגבי גבולות סמכותו של בג"ץ. גם בג"ץ לא קבע למיטב ידיעתי מבחן חד-משמעי לגבי סמכותו.
בפסיקה מסתמנות שתי גישות- האחת, הסמכות נקבעת לפי המבחן המהותי, היינו רק אותם עניינים מהותיים שאינם נמצאים במסגרת סמכותו של בית רגיל יהיו נתונים לסמכות בג"ץ, כמו למשל כל ענייני המשפט הציבורי והעתירות נגד המדינה, והשנייה -המבחן הדיוני, היינו אותם עניינים שלא נדונים בבית משפט רגיל בדרך של בקשה, אלא תביעה רגילה. עניינים אלה יידונו בבג"ץ בדרך של עתירה.
לדעתי שתי הגישות מוטעות. סעיף 15(ג) נועד לשמש "סעיף סל" שבתוכו ייקלטו כל אותם עניינים שאינם בסמכותם של בתי המשפט האחרים, כשהמטרה היא לעשות משפט צדק. הכוונה גם לעניינים המהותיים וגם לסעדים. כל ענין מכל סוג שהוא שאיננו בסמכותו של בית משפט אחר, יכול להידון בבגצ אם ההכרעה נחוצה למען הצדק.
לפיכך כל אימת שחוק מסוים שולל את סמכותו של בית המשפט לדון בעניין מסוים או לתת סעד מסוים, יכול האדם שנפגע לבוא על סיפוקו בבג"ץ, בכפוף לשיקול דעתו הרחב של בית משפט זה.
אפשר אם כך לומר לומר שסמכות בגצ כפופה לשני תנאים- 1) הענין איננו נתון לסמכות בית משפט אחר. 2) ההכרעה דרושה למען הצדק.
מדובר בסמכות חובקת עולם והעובדה שהיא נקבעה בחוק יסוד, מחזקת מסקנה זאת.
מקובל לראות את בג"ץ כבית משפט לעניינים מינהליים, אולם אין הדבר כך. נכון שרוב העניינים שנדונים בו הם מינהליים, היינו סכסוכים בין הפרט לרשות, אולם סמכותו לפי ס' 15(ג) אינה מצטמצמת רק לעניינים מינהליים. לכן אם למשל נקבע שלבית משפט אזרחי אין סמכות לפתוח מחדש ענין שנדון בו, רשאי הנפגע לפנות לבג"ץ. אם נקבע בחוק שדוח של הרשות איננו משמש ראיה בשום הליך שיפוטי, רשאי העותר לבקש מבגצ לקבל את הדוח כראיה. הכל כאמור בכפוף לשיקול הדעת של בגצ וכשהדבר דרוש למען הצדק.
ס' 15(ד) קובע את סמכותו של בג"ץ בעניינים מינהליים מובהקים, והוא לא מעורר שום בעיית פרשנות. מכוח סעיף זה פועל בגצ כבית משפט מינהלי בסכסוכים שבין הפרט לרשות.