התקופה הרומית (70 לס' - 324) - עין זיתים לא הוזכרה בתקופת המשנה והתלמוד, וגם אין מידע על קיומו של ישוב יהודי בעין זיתים בתקופה הרומית. אבל, רבי יחיאל מפריס ביקר בעין זיתים ב-1235 (על-פי מקור אחר- 1260)ודיווח על ביקור בקברו של רבי יהודה ב"ר אילעאי. (יש גירסה אחרת שהוא טבע בדרך לא"י). אם רבי יהודה ב"ר אילעאי בן דורו של רבי עקיבא, בן המאה ה-2 לס', נקבר בעין זיתים, סביר להניח שבתקופה זו היה שם ישוב יהודי. רבי יחיאל הזכיר גם את קבריהם של רבי חנינא ורבי חנינא בן דוסא. מאחר שיש מספר תנאים בשם חנינא לא ברור למי מהם הכוונה. אבל, לגבי חנינא בן דוסא, ידוע שהוא נקבר בערב, היא עראבה, ולא בעין זיתים ( ראה, אברהם יערי, "מסעות ארץ ישראל").
התקופה הערבית-מוסלמית (640 - 1099) - הכפר עין זיתים נזכר לראשונה בתעודה מהגניזה הקהירית מהמאה ה-11, כלומר, בשלהי התקופה הערבית-מוסלמית, ברשימה של קהילות יהודיות בסביבת צפת. על-פי המקורות היהודיים הייתה בכפר ישיבה גדולה. עולי רגל נהגו לבקר במקום על-מנת לפקוד קברי צדיקים.
התקופה הצלבנית (1099 - 1260) - רבי יחיאל מפריס שעלה עם תלמידיו לארץ בשלהי התקופה הערבית-מוסלמית, התיישב בעכו והקים ישיבה. הוא נפטר ב-1267/8. הוא ערך מסעות בגליל וביקר בשורה של ישובים יהודיים, ביניהם, עין זיתים.
התקופה הממלוכית (1260 -.1.17 ) - (אברהם יערי, מסעות א"י, 1976 ) במסמך בגניזה הקהירית מהמאה ה- 13 נזכר סעדיה בר דוד חזן מעין זיתים. במאה ה-14 ביקר בעין זיתים תלמידו של הרמב"ן(רבי משה בן נחמן) וב-1441 ביקר במקום רבי יצחק בן אלפרא מהעיר מלכא. עין זיתים נכללה, לדבריו, בתוך תחום השבת של צפת. תייר יהודי מקנדיא, היא כרתים, ביקר בכפר ב-1473 ודיווח על קברו של אלעזר בן הורקנוס . בתעודה מהגניזה מ-1507 - 1509 אל ראש הישיבה בצפת סופר על מידע שמסר ישמעאל בר מדמשק על מה שנודע לו בביקור בצפת.יתכן שביקר גם בעין זיתים. הוא סיפר לכותב המכתב על מעלליהם של רבי משה דיין מכפר יאסיף שהתגורר באל-זיתון ותלמידו השוחט. ישמעאל שמע מפיו של יוסף סרקוסי (כנראה שיבוש של סרגוסי) ש"השוחט אינו נאמן בשחיטתו". רבי יוסף בן אברהם סרגוסי הגיע לארץ בסוף המאה ה-15 ונמנה על חכמי צפת. הוא נפטר בראשית המאה ה-16 וכנראה נקבר בעין זיתים .
התקופה העות'מנית .1.17 - 1917) - (יצחק בן צבי, שאר ישוב, 1927: יצחק בן צבי, ארץ ישראל ויישובה, 1963: זאב וילנאי, אנציקלופדיה אריאל, ערך עין זיתון). קיימת סברה שהיישוב היהודי עין זיתים שרד עד ראשית המאה ה- 17 או ראשית המאה ה- 18:
עדויות על היישוב היהודי בעין זיתים מהמאה ה-16:
ב-1522 ביקר במקום משה באסולה מאיטליה ודיווח על כ-40 משפחות יהודיות של מוריסקים (כינוי ספרדי-איטלקי ליהודים ילידי
הארץ שמעולם לא גלו ואימצו את השפה ואורח החיים הערבי. הם נקראו גם מוסתרעבים. אבל, הם לא התאסלמו) שחיו במקום. 40 משפחות מהוות כ-200 נפשות. באסולה הזכיר גם מטעי זיתים ושקדים. הוא גם מצא שם 26 ספרי תורה.
על-פי מיפקד האוכלוסין העות'מאני של 1525/6 הייו בעין זיתון 42 בתי אב יהודיים שהם (כפול 6, גודלה של משפחה ממוצעת) 252 נפש. באותו זמן היו בעין זיתון 45 בתי אב אחרים, נוצרים או מוסלמים.
קיימת עדות נוספת שהיישוב היהודי בעין זיתים עדין עמד על תילו במאה ה-16, מתוך מסמך הדן בבעייתם של יתומיו של התושב ראובן, שביתו נשרף והוא נפטר והתושבים מונעים מיתומיו להקים מחדש את ביתם.
רבי יששכר בן מרדכי אבן סוסאן עלה לארץ ממרוקו במאה ה-16 ושימש ראש קהילת יוצאי מרוקו (המוגרבים) בצפת. הוא הזכיר בסיפרו "מנהגי פורים" שהיו נהוגים בביריה ועין זיתון, והוסיף שאותם מינהגים היו מקובלים בקרב המוסתרעבים, כלומר היהודים ילידי הארץ, ששפתם ואורח חייהם היו ערביים.
ברשימות חייבי המס של השלטון העות'מני מ-1555/6 נזכרים בעין זיתים 52 בתי אב יהודיים ועיוור אחד.
1557 - בספר ה"גירושין" נזכרת עין זיתים כאחד המקומות בהם עסקו רבי משה קורדובירו ותלמידיו בגירושין.
1576/7 - רבי חיים ויטאל כתב בספרו "ספר החזונות" על ביקורו בעין זיתים בחגיגת חג החנוכה.
בעין זיתים הייתה ישיבה מפורסמת כפי שניתן ללמוד מספרו של משה בן מכיר, מתושבי עין זיתים, שכתב ספר ב-1575 בשם: "סדר היום". ב-1598 יצא רבי שלמה מור דוד מחכמי עין זיתים, שהיה חתנו של בן מכיר, בשליחות הישיבה לאיטליה כדי לאסוף תרומות להדפסתו של הספר ולמען הישיבה. בפנקס הקהילה היהודית בעיר האיטלקית קסאל, מונפיראטו, בצפון איטליה מוזכר השליח שקיבל מהקהילה 10 דוקאטים כל שנה במשך 3 שנים, עבור הספר והישיבה. הספר הודפס פעמיים: ב-1599 וב-1605, ע"י מור דוד, בעת שהותו באיטליה. מור דוד הוא, כנראה, המחבר של מגילה מעוטרת עם ציורים והסברים על המקומות הקדושים בא"י, מ-1598. יש עדות נוספת על ביקור של מור דוד באיטליה מיהודים איטלקים שפגשו אותו ונתנו לו כסף איטלקי עבור הישיבה בעין זיתים, לאחר ששמעו על מצבה הקשה.
1593 - עין זיתים נזכרת בשו"ת של רבי צהלון.
ברשימות משלמי מיסים בכפר עין זייתון שפורסם במחקר של Rhode Harold, Administration and Population of the Sancak of Safed in the 16th Century, 1979, p.189 מובאים נתונים על מספר היהודים בכפר ( הארולד שאב את הידע שלו ממסמכים שונים מאלה עליהם מבוססים המיפקדים שהופיעו למעלה. מתברר שלגבי כל שנה בה נערכו מפקדים היו מסמכים שונים שלא תמיד היה תיאום לגבי הנתונים שלהם):
ב-1525/6 היו בכפר 210 יהודים מתוך אוכלוסייה של 435
ב-1547/8 חיו בכפר 228 יהודים מתוך 529.
ב-1555/6 חיו בכפר 261 יהודים מתוך 579
ב-1595/6 נותרו בכפר רק 62 יהודים מתוך 391 תושבים.
עדויות מהמאה ה-17:
יצחק בן צבי קבע בספרו "שאר ישוב" שהיישוב היהודי פסק בעין זיתים במאה ה-17. הוא הסתמך על עדותו של רבי שלמה מיינסטריל שביקר בגליל ב-1607 וכתב על כפר בירי, עין זיתון ומירון, שנותרו שם רק בתי"כ חרבים.
1648 - רבי נפתלי בכרך כתב בספרו "עמק המלך", שיצא לאור באמסטרדם, שבכל שבת היו הולכות כמה כיתות לעין זיתון להתפלל בביה"כ הישן. לא ברור אם היו עדין יהודים במקום.
ידיעות מהמאה ה-18 וה-19 מאשרות שהכפר היהודי חדל מלהתקיים, אם כי לא צויינה הסיבה:
1768 - עין זיתים מוזכרת ברשימה של המקומות הקדושים כמקום בו נותר בית כנסת על תילו ומספר קברי צדיקים.
1769 - רבי משה ירושלמי עלה לארץ והתיישב בצפת. הוא דיווח שבעין זיתון יש בי"כ סגור ובו ספר תורה.
1822 - רבי דוד דבית הילל ביקר במקום ודיווח שתושבי צפת משתמשים במי המעין של עין זיתים.
ב-1834 - היה מרד פלאחים דרוזים נגד איברהים פחה וכמה מיהודי צפת נמלטו לעין זיתים והסתתרו בביה"כ הסגור מפני הדרוזים.
1844 - מחבר הספר "חיבת ירושלים, כתב שאין יהודים בעין זיתון וגויים שמצאו בביה"כ ספר תורה הביאוהו לצפת.
1865 - בספר "שבחי ירושלים" מוזכר ביה"כ בעין זיתים שהוא סגור אך נותר בו ספר תורה.
ב-1876 - יש עדות של יהודי שבעין זיתים היה בעבר יישוב יהודי והכפר הצטיין בגנים, פרדסים ועצי זיתים.
חידוש היישוב היהודי
ב-1891 קנתה "אגודת האלף" מהעיירה מינסק קרקעות בעין זיתים העתיקה, למרות מאמצי הערבים השכנים למנוע את העסקה. 10 משפחות יהודיות התיישבו במקום במטרה להקים מושבה וליישב בה 1000 משפחות. הם נטעו מטעים, אבל נתקלו בקשיים בקבלת רישיון מהשלטון העות'מני לבנות בתים. עיתון ה"חבצלת" דיווח ב-1894 שהאגודה עדיין לא קיבלה רישיון לבניית הבתים. אבל, ב-1895 כבר עמדו במושבה 2 בתי אבן ו-2 בתי עץ. אבל, הבדידות, בשל המרחק מהכביש הראשי ויישובים אחרים ריפו את ידי המתיישבים, אם כי הם החזיקו מעמד עד מלחה"ע הראשונה, כאשר הם גורשו ע"י השלטון העות'מני.
תקופת המנדט הבריטי (1917 - 1948)
אחרי המלחמה הוקמה המושבה מחדש, ע"י חלק מהמתיישבים הקודמים ומספר מתיישבים חדשים. אבל במאורעות 1929 ברחו התושבים היהודים והערבים הרסו אותה . המתיישבים חזרו ויישבוה ב-1930 או 1931 . במיפקד האוכלוסין של ממשלת המנדט ב-1931, נרשמו 12 מתיישבים ו- 4 בתים. אך היא נעזבה שוב בזמן המרד הערבי ב-1936.
ב-1946 הקים גרעין של הפלמ"ח "מגינים" יחד עם קבוצת עולים מהונגריה מתנועת דרור- הבונים של הקיבוץ המאוחד, קיבוץ בעין זיתים.
לתושבי עין זיתים היהודית והיישובים היהודיים באזור כולו היה חשבון ארוך עם ערביי עין זייתון. הם סבלו מאוד מנחת זרועם של ערביי עין זייתון, וערביי הסביבה. ב-1929 בזמן המאורעות נאלצו המתיישבים היהודים לעזוב את עין זיתים וכאשר חזרו לכפרם נאלצו לבנותו מחדש מאחר שהערבים הרסו את היישוב עד היסוד.
ב-1936, עם פרוץ המרד הערבי שוב נאלצו התושבים היהודים לעזוב. היישוב נותר בשיממונו עד 1946 כאשר לוחמי פלמ"ח, הקימו במקום קיבוץ.
עם פרוץ הקרבות לאחר החלטת האו"ם מנובמבר 1947, תושבי הכפר הערבי פעלו בשיתוף פעולה עם "צבא ההצלה" של קאוקג'י והיישוב סבל מהפגזות ותקיפות. גם תושבי צפת והסביבה סבלו מהתנכלויות מצד עין זייתון.
הקיבוץ עין זיתים
לקיבוץ עין זיתים נגרם נזק רב בתקופת מלחמת העצמאות ותושביו לא הצליחו להתגבר על המשבר שפקד את היישוב עם עזיבתם של חברים רבים. אומנם הקיבוץ קיבל תגבורת של כוח אדם אבל, הקיבוץ לא התאושש ונעזב ב-1952.
ב-1955 הוקם במקום ישוב עולים, אבל גם הוא לא החזיק מעמד. לאחר מכן הוקמה במקום חווה של הגדנ"ע וכיום משמש המקום כמחנה צבאי של צה"ל.
מצפון לעין זיתים הוקם פארק ובו חניון נופש פעיל. מול עין זיתים הוקמה אנדרטה לזכר חללי חטיבת השריון שחנתה במחנה ערב מלחמת ששת הימים.
