כאשר נכנס ויליאם באר בפברואר 2019 לתפקידו כשר המשפטים של ארה"ב, הוא נקלע לוויכוח עם דרג הפרקליטות במשרדו בנוגע לתיק נגד מייקל כהן, מי שהיה פרקליטו של דונלד טראמפ ו"פותר הבעיות" שלו. כהן כבר הודה בהאשמות נגדו, על הפרת חוקי מימון הבחירות ועל עסקים נוספים שלו, ונדון לשלוש שנות מאסר – אבל באר ניהל במשך שבועות ויכוחים עם התובעים בנוגע לעצם העמדתו לדין.
בסופו של דבר באר לא כפה את דעתו, אבל היה זה הסימן הראשון לכך שהוא מתכוון להתערב בעבודת התובע המחוזי של מנהטן – אשר מרכז את התיקים בנוגע לטראמפ וחלק ממקורביו. התערבותו הגיעה לשיאה לפני שבועיים, כאשר הדיח את התובע, ג'פרי ברמן. באר עצמו אמר כי ברמן "חי על זמן שאול משום שהוא לא מונה בידי טראמפ" – אינדיקציה נוספת לכך שהבית הלבן מוכן לסלק את כל מי שאינו נאמן לו, טוען ניו-יורק טיימס. לדברי באר, כאשר יו"ר רשות ניירות הערך, ג'יי קלייטון, הביע עניין בתפקיד – זו הייתה "הזדמנות למנות אדם חזק במינוי נשיאותי", למרות שהיה ברור לו שהדבר יעורר טענות למניעים אישיים.
לטראמפ יש עניין רב במתרחש בפרקליטות הפדרלית של מנהטן. בתיק נגד כהן טענה הפרקליטות במפורש, כי טראמפ הורה לכהן לשלם את דמי השתיקה לכוכבת הפורנו סטורמי דניאלס, שלדבריה ניהלה רומן עם טראמפ לפני כעשור. אותה פרקליטות מנהלת חקירה נגד פרקליטו הנוכחי של טראמפ, רודי ג'וליאני, על פעילותו באוקראינה. היא גם זאת שהגישה את כתב האישום נגד אנשי הלבנק הטורקי, בשל הפרת העיצומים על אירן, למרות נסיונו של טראמפ למנוע זאת – לדבריו של ג'ון בולטון, לשעבר יועצו לביטחון לאומי.
באר התערב אישית בעוד שני תיקים הנוגעים למקורביו של טראמפ. בחודש שעבר הוא הורה לתביעה בוושינגטון למחוק את כתב האישום נגד היועץ לשעבר לביטחון לאומי, מייקל פלין, שהודה פעמיים במסירת עדויות שקר על מגעיו עם גורמים רוסיים ערב השבעתו של טראמפ. לפני כן הוא התערב לקולא בטיעונים לעונש במשפטו של רוג'ר סטון, בעל ברית ותיק של טראמפ, שהורשע אף הוא בשורה של עבירות. לפני מינויו הוא מתח ביקורת פומבית על התובע המיוחד בפרשה הרוסית, רוברט מולר; וכאשר הגיש מולר את הדוח שלו, מיהר באר לקבוע שהוא ניקה את טראמפ מכל חשד – בניגוד למה שבאמת נאמר בדוח.
נחזור לפרשת כהן. כאשר הודה שהתשלום לדניאלס, ערב הבחירות ב-2016, היה הפרה של חוקי מימון הבחירות, טען כהן שפעל על-פי הוראתו של טראמפ; הוא גם הציג צ'ק בו טראמפ החזיר לו את הכסף – 130,000 דולר. באר טען בעבר שאין המדובר בהפרת חוקי הבחירות, וכעת חושף הטיימס שהוא אף הורה לאנשי משרדו להכין חוות דעת שתתמוך בעמדתו. חוות הדעת הוכנה בידי הייעוץ המשפטי למשרד המשפטים, והיא יצאה נגד השימוש התקדימי בחוקי מימון הבחירות במקרה של כהן. לטענת באר, יש להותיר מקרים כאלה להליכים אזרחיים של ועדת הבחירות הפדרלית.
הטיימס מדגיש, כי אין סימנים לכך שמשרד המשפטים התכוון לפרסם חוות דעת רשמית בנושא העקרוני של מימון הבחירות. פרסום שכזה עשוי היה לעורר סימני שאלה סביב תקפותו של התיק נגד כהן ולהשפיע על חקירות עתידיות בנסיבות דומות – עם ובלי קשר לטראמפ. ביולי 2019 הודיעה הפרקליטות במנהטן, כי סיימה את החקירה בשאלה האם מעורבים בתשלומי דמי ההשתקה שביצע כהן שיקרו לחוקרים – עבירה פלילית בארה"ב; מאז לא הוגשו כתבי אישום נוספים. כהן עצמו נכנס לכלא במאי 2019 ולפני חודשיים נשלח למעצר בית בשל הקורונה.
אחת הפעולות הראשונות של באר לאחר שנכנס לתפקידו הייתה לבקש עידכון על החקירות הרגישות מבחינה פוליטית שמנהלים משרד המשפטים וגופי אכיפה אחרים. אחד התיקים שפרקליטות מנהטן הציגה בפני באר כבר באותו שלב היה החקירה נגד לב פרנס ואיגור פורמן – שני אנשיו של ג'וליאני שסייעו לו לנסות למצוא באוקראינה חומר מזיק על ג'ו ביידן. כתב האישום נגדם הוגש באוקטובר 2019 ופרקליטות המחוז ממשיכה לבחון את חלקו של ג'וליאני; נכון לעכשיו הוא לא הואשם בדבר, ואומר שפעל כחוק בשליחותו של טראמפ.
הפרקליטות במנהטן עמדה במשך חודשים בקשר עם משרד המשפטים בנוגע למהלכי החקירה העיקריים בפרשה. אולם הקורונה – שהיכתה בצורה חזקה במיוחד בניו-יורק – כפתה עצירה של החקירה, כמו גם עיכוב בהליכים נגד פרנס ופורמן, אשר נדחו מאוקטובר הקרוב לפברואר הבא, דהיינו לאחר הבחירות לנשיאות בנובמבר.