פרויקט חשמול קו הרכבת לירושלים יסתיים רק בסוף 2025, באיחור של שש שנים - זוהי ההערכה המעודכנת של רכבת ישראל, המובאת (יום ב', 19.10.20) בדוח מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן.
עד סוף 2019, המועד המקורי לסיום הפרויקט, חושמלו רק 13.3% מן המסילות המתוכננות (64 מתוך 480 ק"מ) - בעוד שכבר הוצאו 31% מן התקציב העומד על 12.1 מיליארד שקל. יצוין, כי משמעות הדבר היא שהפרויקט כולו יעלה כפול מן התכנון המקורי. אנגלמן מדגיש, כי כל שנה של דחייה גורמת למשק לנזקים של מאות מיליוני שקלים ולהפסדים לרכבת בשל הצורך להפעיל ולתחזק קטרים וקרונות דיזל ישנים.
בביקורת הקודמת (בשנת 2017) העיר משרד מבקר המדינה לרכבת על הצורך לבחון את נוהליה ואת מידת התאמתם לחשמול. כעת נמצא, כי רק בספטמבר 2018 - מועד הפעלת קו ירושלים-ת"א - אישר המנכ"ל דאז, שחר איילון, את נוהל העבודה בסביבה חשמלית. זאת, למרות שבוצעו הדרכות ונסיעות ברכבת בזמן העבודה באתר, דבר שלפי איילון היווה הפרת בטיחות חמורה.
במועד פתיחת הקו לירושלים לא היה בחברה ציוד נייד להפעלתו והיא נאלצה להפעילו באמצעות מערכי קרונות שהוסטו מקווי רכבת אחרים. הדבר גרם להקטנת תדירותם ולהגברת הצפיפות בקווי הרכבת האחרים, וזאת ללא בדיקת כל המשמעויות הכלכליות של ההסטה. הקו הופעל במתכונת הרצה עם נוסעים בלי שהוכחה אמינות רצויה, ובתקופת ההרצה שנמשכה כשנה נרשמו שיעורי ביטולי רכבות גדולים מהממוצע בקווים האחרים.
עוד עוסק הדוח במצבי חירום במנהרות ובגשרים של הקו. הובלת כוחות חירום באמצעות רכבת כוננית אינה מיטבית - היא עשויה להאריך את משך זמן הפינוי ועלולה לעלות בחיי אדם. לא בוצע תרגיל מרכזי מסכם נוסף לצורך תיקון הליקויים שהועלו בתרגילים הקודמים בהובלת כוחות חירום ופינוי נפגעים באמצעות הרכבת; נמצא חסר בציוד הנדרש של מד"א בתחנת נבון; צפויים קשיים בפינוי נפגעים ממפלס התחנה התחתון למפלס הכניסה; ולא הוסדרה מערכת קשר בין מד"א לגופי החירום האחרים.
