למבצע סייעו בפעילות משותפת מאמץ מודיעיני וגם כלי טיס מטייסת 100 מחיל-האוויר וצוותים של יחידה 9900 מאגף המודיעין. מאז ערב ראש השנה טסו צוותים מטייסת 100 בשיתוף עם צוותים של 9900 וסייעו בחיפושים אחר המחבלים. הצוותים עסקו במשימות שונות שתרמו להצלחת לכידת המחבלים, וביניהן משימות חוזי, צילום, איסוף מודיעין, וכן ליווי הכוחות בשטח במהלך המבצע למעצרם.
התפקיד המרכזי של הפעילות המשותפת לטייסת 100 ויחידה 9900 במבצע היה להיות "העיניים מהאוויר" של הכוח הקרקעי. שני מטוסי צופית של הטייסת המצוידים בחיישנים איכותיים השתתפו בפעילות אתמול בלילה, כאשר אחד מהמטוסים עסק בחוזי, צילום מהאוויר מגובה, והמטוס השני עסק בממסר והעברת מידע בין החפ״ק, בפיקוד מח"ט מנשה, לכוחות הקרקע בשטח.
הצוותים זיהו ניסיון של האסירים הנמלטים לברוח דרך הגג וסייעו לכוח באיתור הפרות סדר ואיתור חסימות בציר הנסיעה המתוכנן של הכוח. ההכוונה מהאוויר סייעה לכוח הקרקעי לקבל החלטות "שני צעדים קדימה" ובכך ללכוד את שני המחבלים.
