מבקר המדינה ואנשיו בוחנים האם להוציא את המחלקה לחקירות שוטרים מהפרקליטות, כך מפרסם (יום ה', 11.8.22) ישראל היום. על-פי הדיווח, אנשי מבקר המדינה הגיעו בחודשים האחרונים לביתו הפרטי של סגן ראש מח"ש לשעבר משה סעדה כדי לאסוף מסמכים הנוגעים לפרשיות המחלקה לחקירות שוטרים. עוד נודע לישראל היום, כי בשנה וחצי האחרונות עובד צוות במשרד מבקר המדינה על דוח ביקורת הבודק האם ישנם ניגודי עניינים בכך שהמחלקה לחקירות שוטרים היא יחידה בפרקליטות הכפופה לפרקליט המדינה. בחודשיים הקרובים ידרוש המבקר התייחסות של מנהלת מח"ש ופרקליט המדינה לטענות, ובפברואר 2023 הוא עתיד לפרסם את הדוח הסופי. בספטמבר 2020 פנה ראש זרוע החקירות במחלקה לחקירות שוטרים, דובי שרצר, המקורב אל סגן מנהל המחלקה משה סעדה, במכתב אל מבקר המדינה מתניהו אנגלמן בטענות כלפי התנהלות מח"ש והעומדת בראשה. שרצר כתב למבקר: "מחמת העובדה כי סוכלה הכוונה להקים את הוועדה לבדיקת התנהלות המחלקה לחקירות שוטרים, ומאחר שמתחייבת בדיקה לאור התנהלות פסולה ונפסדת של פרקליטות המדינה על ארגוניה, אבקש להביא לידיעת אדוני את החומרים שיפורטו להלן, וזאת באין גורם אחר היכול להידרש לעניין ומחמת החשיבות הציבורית של העניין בכלל ומח"ש והתנהלותה בפרט. פנייתי זו כוללת תכתובות פנימיות וחומרי חקירה המדברים בעד עצמם".