שר הביטחון, שאול מופז, כינס בשעות הערב (ג', 12.7.05), זמן קצר לאחר
הפיגוע בנתניה, בלשכתו שבתל אביב, דיון מיוחד עם ראשי מערכת הביטחון להערכת מצב בעקבות הפיגוע. בתום הישיבה, שנמשכה מספר שעות, הוחלט להטיל סגר כללי על שטחי רצועת עזה, יהודה ושומרון. בנוסף, תוגבר הפעילות נגד תשתיות הג'יהאד האיסלמי.
כמו כן החליט, על-דעת ראש הממשלה, להשעות את מהלך העברת ערים נוספות לאחריות ביטחונית של הפלשתינים. בערב יום ג' אמור היה מופז להיפגש עם מוחמד דחלאן, האחראי מטעם הרשות על תיאום ההינתקות, אך בעקבות הפיגוע הוחלט לדחות את הפגישה.
הערכות במערכת הפוליטית והצבאית היא, כי הפיגוע שבוצע לא יעבור ללא תגובה ישראלית. גם במשרד ראש הממשלה הגיבו בנחרצות והודיעו כי התגובה תהיה קשה, אך הפיגוע לא יביא לעיכוב ההינתקות.
בלשכת ראש הממשלה ובלשכת שר הביטחון מדברים כמעט בגלוי: אבו מאזן נכשל בתפקידו. הוא אינו פועל נגד הטרור. אי לכך - אין מנוס מצד ישראל אלא לפעול נגד הטרור בכלל, ונגד הג'יהאד האיסלמי בפרט.
הג'יהאד האיסלמי נטל אחריות הן על הפיגוע שהתרחש בנתניה וגבה את חייהם של לפחות שלוש נשים, והן לפיגוע שלא הצליח בשבי שומרון. כבר לפני כחודש הודיעו בצה"ל כי הג'יהאד אינו עוד חלק מהרגיעה, ולכן החלו לפעול בצורה רחבה נגד האירגון. במהלך תקופה זו נעצרו עשרות פעילים.
שר החקלאות, ישראל כץ, קרא לחדש את החיסולים ותקף את ראש הממשלה שרון. "האשליה שתוכנית ההינתקות תביא להפסקת הטרור התנפצה היום בנתניה", אמר.
שר החוץ, סילבן שלום, אמר: "יש להפעיל לחץ על הרשות הפלשתינית לעשות את המוטל עליה ולהילחם בטרור".
יו"ר סיעת האיחוד הלאומי, ח"כ צבי הנדל, אמר כי "צה"ל, המשטרה והשב"כ חייבים להשיב מיד את כל הכוחות לצורך המלחמה בטרור, ולהפסיק להשקיע את כל המשאבים האנושיים הטובים ביותר לצורך עקירת יישובים, מה שמעודד את המחבלים לבצע עוד ועוד פיגועים".
ח"כ אהוד יתום מהליכוד, אמר: "הטרור רודף וימשיך לרדוף אותנו בכל מקום ובכל עת". הוא הוסיף כי "הטרור לא ישקוט ולא ינוח עד אשר יבריחנו מיהודה שומרון וירושלים וזאת לאור בריחתנו מחבל עזה וצפון השומרון".
גם בארה"ב גינו את הפיגוע. דובר הבית הלבן, סקוט מק'קלאלן, אמר: "אנו מגנים בכל תוקף את ההתקפה הרצחנית בנתניה. אין שם הצדקה לרצח של חפים מפשע. אנו שולחים את תנחומינו לראש הממשלה שרון ולאזרחי ישראל, ותנחומינו למשפחות אלה שנפגעו ונרצחו". הוא הוסיף: "טרוריסטים מנסים לחבל במאמצי השלום במזרח התיכון. הרשות הפלשתינית צריכה לפעול לפירוק כל ארגוני הטרור ולסכל את מעשי הטרור האלה מלכתחילה".
ג'יבריל רג'וב: הפיגוע משרת את הימין הקיצוני בישראל
הרשות הפלשתינית מיהרה לגנות את מבצעי הפיגוע, וטענה כי הדבר משרת רק את המתנחלים והמתנגדים לשלום. ג'יבריל רג'וב, היועץ לביטחון לאומי ברשות, אמר, כי הפיגוע פוגע באחדות הפלשתינית ומשרת את הימין הקיצוני בישראל.
יו"ר הרשות, מחמוד עבאס (אבו מאזן), גינה כל פגיעה באזרחים מכל הצדדים. הודעתו נמסרה מטעם לשכת הנשיאות ברמאללה. גדודי אל-אקצא - הזרוע הצבאית של הפת"ח - בטול-כרם, גינו את מבצעי הפיגוע.
גם סאיב עריקאת, השר לענייני משא-ומתן ברשות הפלשתינית גינה את הפיגוע, ואמר כי אלו שהוציאו את הפיגוע לפועל מנסים לפגוע במאמצים להביא ליציאה שקטה של צה"ל מרצועת עזה ובתהליך השלום.
