רוני בר-און מונה ליועץ המשפטי לממשלה ב-10.1.97 והתפטר כעבור יומיים. לאחר שבועיים חשפה העיתונאית אילה חסון, כי מינויו היה פרי עסקה בין בנימין נתניהו, אז ראש הממשלה, לבין יו"ר ש"ס דאז, אריה דרעי, ולפיה תתמוך ש"ס בהסכם עם הפלשתינים בחברון תמורת מינויו של בר-און, שאמור היה להקל על דרעי בענייניו הפליליים. המשטרה המליצה להעמיד לדין את נתניהו, אך היועץ המשפטי אליקים רובינשטיין ופרקליטת המדינה עדנה ארבל דחו את ההמלצה לאחר שקבעו, כי נתניהו לא הפנים ידיעות בנוגע לתמיכתו של דרעי בבר-און.

אבנר עמדי היה קבלן הובלות שביצע עבודות עבור בנימין ושרה נתניהו, וטען לחוב של 448,000 שקל. נתניהו נחשד בקבלת שוחד מעמדי בדמות עבודות פרטיות בחינם תמורת עבודות על חשבון משרד ראש הממשלה, וכן בניסיון לקבל דבר במירמה בדמות העברת החשבון שהגיש עמדי לתשלום בידי משרד ראש הממשלה. עוד נטען, כי נתניהו שיבש מהלכי משפט כאשר שוחח עם עמדי בנושא. בשנת 2000 קבע היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, כי למרות שמדובר בהתנהגות בעייתית מצד נתניהו - אין די ראיות להעמדתו לדין.

המשטרה חקרה חשד לפיו בנימין ושרה נתניהו גנבו 700 מתנות שקיבל נתניהו בעת כהונתו הראשונה כראש הממשלה. בני הזוג טענו, כי איחסנו את המתנות לצורך מיון במחסן שהעמידה לרשותם המדינה עד לארגון לשכתו של נתניהו כראש ממשלה לשעבר, ולכן לא ניתן לומר שמדובר בגניבה. בשנת 2000 קבע היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, כי למרות ש-100 מתנות לא אותרו - אין די ראיות כדי להגיש כתב אישום בפרשה זו.

בשנת 2011 טענו רביב דרוקר ומיקי רוזנטל בערוץ 10, כי בנימין נתניהו קיבל מימון כפול בנסיעות לחו"ל. בעקבות הפרסום הגישו נתניהו ורעייתו שרה תביעת לשון הרע נגד הערוץ והכתבים, שעודנה תלויה ועומדת. במקביל החל מבקר המדינה דאז, מיכה לינדנשטראוס, לבדוק את כל נושא הנסיעות לחו"ל של שרים וראשי ממשלה לאורך מספר שנים. הממצאים טרם פורסמו.

העיתונאי רביב דרוקר חשף בתוכנית "המקור" (מרס 2011, ערוץ 10 ) פרטים סנסציוניים בדבר 16 נסיעות בעייתיות לכאורה לחו"ל של בנימין נתניהו, רעייתו שרה וילדיהם, וגם את הדרישות המיוחדות שהציבו בפני מארחיהם. בעקבות החשיפה, ולאחר שנחשפו ב-News1 ועל-ידי גורמים נוספים פרטים על אודות נסיעותיהם של אישי ציבור נוספים, בהם: ציפי לבני, רוני בר-און ודליה איציק, הודיע מבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס על בדיקת הנסיעות של שרים וסגני שרים בחמש השנים שחלפו. נתניהו הגיש תביעת דיבה נגד דרוקר וערוץ 10, בטענה שפרסמו בנוסף חשדות כאילו קיבלו נתניהו ורעייתו מימון כפול במספר נסיעות לחו"ל. לפרסום של דרוקר בדבר המימון הכפול לא נמצא בסיס.

מבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, קבע, כי ראש הממשלה, בנימין נתניהו, נושא באחריות לאסון הכרמל מתוקף תפקידו ומעמדו באחריות כוללת לפעולות הממשלה. ידע זמן רב על חילוקי הדעות בין משרדי האוצר והפנים בנוגע לתקצוב מערך הכבאות, אולם נמנע מלהטיל את כובד משקלו כדי להכריע בהם. לעיכוב זה היו משמעויות כבדות משקל באשר לרמת ההיערכות ערב השריפה. פעולותיו בזמן השריפה עצמה היו בעלות תרומה חשובה להשגת הסיוע הבינלאומי, אם כי זוהי מעורבות טבעית ואף מתבקשת.