למרות שכבר ב-1973 החליטה ממשלת ישראל על הקמת רכבת תחתית בתל אביב, עד היום לא הוחל בתכנונה, קובע דוח מבקר המדינה.
מן הדוח עולה גם כי התחייבות משרד התחבורה לשפות את נת"ע (נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע"מ) בגין דרישות הוועדות המקומיות לא אושרה על-ידי משרד האוצר ולא תוקצבה.
ביצוע פרויקט הסעת המונים במטרופולין תל אביב מטרופולין תל אביב היא הריכוז העירוני הגדול והצפוף במדינה. באוגוסט 2000 אישרה הממשלה את תוואי הקו הראשון - "הקו האדום" שייסע מפתח תקוה לאורך ציר ז'בוטינסקי בבני ברק וברמת גן, דרך תל אביב, שדרות ירושלים ביפו, עד לגבול יפו בת-ים.
פעולות הביקורת בחודשים אוגוסט 2004-ספטמבר 2005 בדק משרד מבקר המדינה, לסירוגין, את הפעולות להקמת מערך הסעת המונים במטרופולין תל אביב ואת פעילות חברת נת"ע - נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע"מ" (להלן - נת"ע).
עיקרי הממצאים בעיות התחבורה במטרופולין תל אביב מעסיקות את המדינה ואת ראשי הערים במטרופולין עשרות שנים. כבר ב- 1973 החליטה ממשלת ישראל על הקמת רכבת תחתית בתל אביב, אך לא הוחל בתכנונה.
כעשרים שנה לאחר מכן החלה עיריית תל אביב-יפו במהלכים להקמת רכבת תחתית בעיר. ב- 1995 הצטרף משרד התחבורה למהלך, והוקמה מנהלה משותפת למשרד ולעיריה לשם ליווי תהליך בחינת היתכנות תוך כדי הרחבת מסגרת העבודה למטרופולין כולה. הממשלה הקימה ב-1997 את "חברת נת"ע - נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע"מ" (להלן - נת"ע), על-מנת שתסייע בהליכים להקמת מערך קווים לרכבת קלה במטרופולין תל אביב.
ב- 1998 אושרה תוכנית מתאר ארצית השומרת, בין השאר, זכויות דרך למערך קווים לרכבת הקלה. בשלב א' מתוכננים ארבעה קווים. הפרויקט לא הוכרז כפרויקט לאומי ולא ניתנו סמכויות הפקעה לגורם מרכזי אחד.
בעקבות אישור תוכנית המתאר הוגשו תביעות, לפי חוק התכנון והבניה התשכ"ה-1965, בהיקף של מאות מיליוני ש"ח. נת"ע עשויה לשאת בעלות של 70% מסכום הפיצויים, אם התביעות יתקבלו (בתשלום יתר הפיצויים אמורות לשאת הרשויות המקומיות שבתחומן תעבור הרכבת הקלה).
התחייבות משרד התחבורה לשפות את נת"ע בגין דרישות הוועדות המקומיות לא אושרה על-ידי משרד האוצר ולא תוקצבה.
רק ביולי 2000 נחתם הסכם בין שר האוצר ושר התחבורה לבין ראש עירית תל אביב-יפו על התוואי והטכנולוגיה של הקו הראשון - "הקו האדום" - שיצא מפתח תקוה דרך בני ברק, גבעתיים ותל אביב-יפו ויגיע לבת ים. באוגוסט 2000 אישרה ממשלת ישראל את תוואי הקו.
התכנון המפורט של הקו ארך מספר שנים. עלות הקמת ק"מ מסילה בתוואי התת-קרקעי ותחנה אחת, יקרה פי ארבעה-חמישה מעלות הקמת ק"מ מסילה עם שתי תחנות על-פני הקרקע. במהלך התכנון גדל התוואי התת-קרקעי משישה ק"מ לעשרה ק"מ, ועלות הקמת הקו גדלה בהתאם. עלות הקמת הקו מוערכת במיליארדי ש"ח. הפרויקט נבדק ונמצא שיש כדאיות כלכלית לביצועו. נת"ע העריכה כי הקמת הקו תארך כשש שנים.
באוגוסט 2000 אישרה הממשלה הקמת ועדת מכרזים בין-משרדית, בראשות סגן החשב הכללי במשרד האוצר, לבחירת זכיין לבניית והפעלת הקו בשיטת .B.O.T. רק בנובמבר 2003 אישרה ועדת השרים לענייני כלכלה לפרסם בקשה לקבלת הצעות מחברות שעברו את שלב המיון המוקדם. ההתמודדות בין החברות היא, בין השאר, על שיעור המענק המבוקש מהמדינה ועל פרמטרים הנדסיים ופיננסיים.
החל באוגוסט 2004 נדחה מועד קבלת ההצעות מהקבוצות, אשר אליהן פנתה הוועדה, מספר פעמים, ולאחרונה הוא נקבע לסוף פברואר 2006, כחמש וחצי שנים לאחר קבלת אישור התוואי על-ידי הממשלה וכ-32 שנים לאחר החלטת הממשלה על הקמת רכבת תחתית במטרופולין תל אביב. ההפסד למשק מדחיית הקמת "הקו האדום" בשנה אחת מוערך במאות מיליוני ש"ח.
המדינה כיסתה את כל הוצאות נת"ע בגין פינוי השטח וקידום זמינויות לתוואי הרכבת, כ- 300 מיליון ש"ח, ואת הוצאותיה בגין עבודות תכנון הנדסי וטכנולוגי והוצאות הנהלה, כ- 348 מיליון ש"ח.
נת"ע התקשרה ב- 1998 עם שלוש חברות, חברה ישראלית ושתי חברות זרות שהיו שותפות ב"מיזם משותף". ההתקשרות היתה אמורה לסייע לה בניהול הפעילות התכנונית וההנדסית של הפרויקט. נת"ע העריכה את תקופת ההתקשרות ב- 12 חודשים, אך בעת הביקורת היא עדיין נמשכה. עד סוף 2004 שילמה נת"ע לחברות כ- 133 מיליון ש"ח.
בחוזה שחתמה נת"ע עם החברות השותפות במיזם נקבעו המטלות בצורה כללית: "ניהול הפרויקט, ניהול התכנון, בקרת הפרויקט, תיאום בין רשויות מקומיות". המטלות לא פורטו, דבר שפגע ביכולת לקיים בקרה על השלמת שלבי העבודה על-פי התשומות והתפוקות בפרויקט.
באפריל 2000 אישרה נת"ע את המשך ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם בתנאים הקבועים בחוזה עד השלמת כל מטלותיהן. מאז ההתקשרות הראשונה חלו שינויים רבים, הן בהיקף ההתקשרות והן במהותה ובאופייה, ולמרות זאת לא עיגנה נת"ע בכתב את השינויים ואת הארכת ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם, כנדרש על-פי כללי מינהל תקין. עד ספטמבר 2005 לא נחתם חוזה התקשרות חדש.
בדצמבר 2000 אישרה נת"ע לשלם לחברות השותפות במיזם, תוספת בשיעור 30% בעבור "תקורה ורווח קבלני" על עלות השכר של מהנדסים שיתקבלו לעבודה. בנת"ע אין מסמכים המבהירים איך נקבע שיעור התוספת. לא נמצא כי נת"ע בדקה את סבירות רכיבי התוספת או וידאה אם הם כלולים בסעיפי ההוצאות שהיא משלמת, בהתאם לסעיפים אחרים בחוזה.
"הקו האדום" הוא הקו הראשון במערך הקווים המתוכנן. במהלך תכנונו שילמה המדינה עבור ידע אשר עשוי לסייע לה גם בהקמת הקווים הנוספים. בעת ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם העבירה למעשה המדינה באמצעות נת"ע לחברה פרטית את ליבת הפעילות ואת הידע שנרכש. מצב זה עשוי לפגוע בתפעולה העצמאי אם ייעשו שינויים מבניים במערך הארגוני והניהולי של הפרויקט.
הגידול הרב במהלך השנים במספר כלי הרכב במדינה, בעיקר במטרופולין תל אביב, גורם לגודש בכבישים ולירידה ביעילות וברמת השירות של התחבורה הציבורית, נוסף על הגברת הזיהום הסביבתי וריבוי תאונות הדרכים. ממשלת ישראל החליטה כבר ב- 1973 על הקמת רכבת תחתית בתל אביב. מאז הוקמו גופים שונים והושקעו מאות מיליוני ש"ח בתכנון ובבדיקות אך השלמת הקו הראשון במערך קווים להסעת המונים במטרופולין צפויה רק ב-2012. בדיקות כלכליות שנעשו במהלך השנים הראו כי דחיית ההפעלה של הקו הראשון של הרכבת הקלה - "הקו האדום" משמעותה הפסד למשק של כמה מאות מיליוני ש"ח בשנה. על ממשלת ישראל לבחון אפשרות לפעול להכרה בפרויקט הסעת המונים במטרופולין תל אביב כפרויקט לאומי ולהאיץ את הקמת מערך הקווים של הרכבת הקלה במטרופולין תל אביב. על נת"ע להפיק לקחים ולבחון מחדש את מודל ניהול הפרויקט ואת תנאי ההתקשרות עם החברות המספקות את שירותי התכנון והניהול שלו, ולהבטיח את האינטרסים שלה, כדי לשמר את מסד הנתונים והידע שנצברו.