הדוח על ביצוע תקציב המדינה אותו מפרסם בכל שנה משרד החשב הכללי באוצר אמור לשקף את הפעילות הכספית של הממשלה ובכלל זה שינויים שנעשו במהלך השנה בתקציב וחריגות מן התקציב. מבקר המדינה, השופט (בדימוס) מיכה לינדנשטראוס, קובע בדוח דוח השנתי המתפרסם, כי בדוחות אשר התפרסמו חסר מידע חיוני על פעילותם של משרדי הממשלה ועל התוצאות הכספיות של פעילותם.
המבקר מציין, כי "הביקורת העלתה כי בדוח על ביצוע התקציב שנכלל בדוח הכספי ל- 31.12.04 חסר מידע חיוני על פעילותם של משרדי הממשלה ועל התוצאות הכספיות של פעילותם. בדוח הכספי צוין כי לחשכ"ל אין מידע מלא על האיכות של תהליכי הבקרה בחלק מגופי הממשלה שהנתונים הנוגעים להם הובאו בדוח הכספי".
המבקר קובע כי בהיעדר מידע מלא ואמין קשה לבדוק אם הממשלה השיגה את היעדים שהציבה לה ואשר תורגמו למונחים כספיים וכמותיים בתקציב המפורט שאושר.
תקציב המדינה קובע את המסגרת הכספית של עבודת משרדי הממשלה, ובאמצעותו המשרדים אמורים ליישם את מדיניות הממשלה ואת היעדים שנקבעו להם. בשל היקפו הגדול של התקציב השנתי והתחומים הרבים שהממשלה מעורבת בהם, נדרשת בקרה קפדנית על ביצועו. שומר הסף העיקרי של אוצר המדינה הוא החשב הכללי שבמשרד האוצר, הפועל בין היתר באמצעות החשבים, סגני החשבים והגזברים העובדים במשרדי הממשלה, ביחידות הסמך ובמפעלים עסקיים.
לדברי המבקר, "בקרה כזאת מחייבת הגדרה מפורטת וברורה של התפקידים והסמכויות של הגופים האמורים לבצעה וכן מערכות מחשוב יעילות ומתקדמות שיאפשרו בקרה שוטפת בזמן אמת".
בעיות פיקוח על התקציב בבתי החולים בפרק פיקוח ובקרה על ביצוע תקציב מתייחס המבקר לבתי החולים הממשלתיים הכלליים, המוגדרים מפעלים עסקיים. הוא מציין, כי בהם פועלים גזברים שאחראים על הפעילות הכספית המורכבת של בתי החולים. גזברים אלה כפופים מינהלית להנהלות בתי החולים ומקצועית - לחשכ"ל.
"נוכח המחלוקת הקיימת בין החשכ"ל מחד-גיסא לבין משרד הבריאות ונציבות שירות המדינה מאידך-גיסא בעניין זה, ומתחים שנגרמים לעתים בשל השניות במבנה הכפיפות, ממליץ משרד מבקר המדינה כי שלושת הגופים האמורים יקימו ועדה שתבחן את מעמדם של הגזברים, תפקידם וסמכויותיהם", מציין המבקר ביחס לסמכות הכפולה של גזברי בתי החולים.
התיאום בין גופי הפיקוח הפנימיים של המשרדים, כגון מבקרי המערכת הכספית והמבקרים הפנימיים, לבין גופי הפיקוח החיצוניים, כגון יחידת הביקורת הפנימית של החשכ"ל אינו מספק, קובע המבקר ומדגיש, כי "הגברת התיאום וכן הכנת תוכנית עבודה שנתית ורב-שנתית לכל גופי הפיקוח יקטינו את עלויות הביקורת ויגבירו את תועלתה". המבקר מוסיף, כי בבתי החולים הממשלתיים לא מונו מבקרי פנים.
בסיום הפרק מציין המבקר כי על החשב הכללי, משרדי הממשלה ויתר הגופים שנבדקו לפעול לפתרון חילוקי הדעות בעניינים השונים ולשפר את מנגנוני הפיקוח והבקרה על ביצוע התקציב.
