המבקר חושף ליקויים חמורים בפעילותן של ועדות ההשקעות באוניברסיטאות אשר אמורות לקבוע את אפיקי ההשקעה של תיק הנכסים ואמורה לפקח על ביצוע פעולות ההשקעות.
ההשקעות יורדות לטמיון המבקר מגלה כי בכתב המינוי של חברי ועדת ההשקעות של אוניברסיטת תל אביב לא נקבע משך המינוי. בוועדה של אוניברסיטת בן-גוריון היו חברים שכיהנו זמן ארוך מתקופת הכהונה המרבית שנקבעה בתקנון האוניברסיטה.
בשתיים מהאוניברסיטאות שנבדקו נמצא כי אחדים מחברי ועדת השקעות נעדרו מישיבותיה בתדירות גבוהה.
לוועדת השקעות של אוניברסיטת תל אביב אין נוהל ייחודי, לא הוגדרו תפקידיה, לא נקבעו סדרי ניהולה כגון תדירות כינוסה, מניין חוקי לישיבותיה ואופן תיעוד הדיונים. אוניברסיטת בר-אילן לא החילה על ועדת ההשקעות את הסעיף בתקנון האוניברסיטה שעניינו מעקב אחר ביצוע החלטותיה ובקרה עליהן.
ועדת ההשקעות של אוניברסיטת בן-גוריון לא דיווחה לוועד המנהל של האוניברסיטה אחת לארבעה חודשים, על מדיניות ההשקעות ועל אופן ביצועה, כמתחייב מתקנון הוועדה.
באוניברסיטאות בר-אילן ובן-גוריון נמצא שדוחות על ביצוע פעולות השקעה נערכו והוגשו לוועדת ההשקעות בידי מבצעי ההשקעות של האוניברסיטאות בלא שנבדקו בידי גורם אחר.
נהלי עבודה לקויים בשלוש האוניברסיטאות הגורם המבצע את החלטות ועדת ההשקעות הוא שרשם את הפרוטוקולים של ישיבות הוועדה. באוניברסיטת תל אביב יו"ר הוועדה לא חתם על פרוטוקולים; בפרוטוקולים לא נרשמו מהלכי הדיונים, אילו חלופות הוצגו בפני הוועדה והנימוקים להחלטותיה ולכן אין לדעת כיצד הן התקבלו.
מהפרוטוקולים אין לדעת אם הוועדה בדקה אם יושמו החלטותיה. באוניברסיטת בר-אילן נמצאו תשע פעולות השקעה, שבוצעו ללא תיעוד על התייעצויות שקדמו להן עם אחד מחברי הוועדה, שנבחר על ידה כמי שרשאי לאשר פעולות אלה.
נוהלי העבודה באוניברסיטאות בעניין ניהול ההשקעות הפיננסיות אינם עוסקים בכלל ההיבטים של ניהולן, והבקרה הפנימית לוקה בחסר; הנהלות האוניברסיטאות לא עשו סקר סיכונים בתחום ניהול ההשקעות.
באוניברסיטאות תל אביב ובר-אילן נמצא כי לעתים נוהל מורשי החתימה, הקובע שלפני פעולה כספית מסוימת נדרשת חתימה של שני מורשי חתימה על המסמכים הכספיים, יושם בדיעבד. אוניברסיטת בן-גוריון קבעה בשנת 2005 נוהל שלפיו פעולות השקעה עד 3 מיליון ש"ח אפשר לבצע בהוראת עובד אחד בלבד.