שופטי בג"צ מתחו ביקורת על היועץ המשפטי, מני מזוז, בפרשת הרב מצגר. הרב הראשי הגיש עתירה לבג"צ נגד מני מזוז שאמנם סגר את תיק החקירה נגדו, אך קרא לו להתפטר בשל סתירות בעדותו.
השופטת דורית ביניש אמרה בדיון, כי מזוז רוקן מתוכן את המשך ההליך המשמעתי נגד מצגר, ושאלה אם לא הקדים את המאוחר.
בית המשפט קבע כי המלצת היועץ אינה מחייבת את שר המשפטים, חיים רמון, והנשיא ברק הציע לתת לרב מצגר אפשרות לשימוע בפני שר המשפטים קודם שיחליט השר אם להביא את עניינו בפני הוועדה למינוי דיינים, על-מנת שתשקול את המשך או אי-המשך כהונתו בתפקיד, ושהשופטים יקבעו שאין בחוות דעת היועץ שמחייב את השר לנקוט בהליכים, והרב "יישמע בלב פתוח אצל השר". ליבאי דחה את ההצעה ואמר כי עם חוות דעת שכזו אין סיכוי שהרב מצגר יישמע בלב פתוח.
ברק הרחיב את ההצעה והציע שכל עוד לא נשמע הרב בפני השר לא ניתן יהיה לומר שיש בו קלון. ליבאי לא הסכים גם לזאת, ודרש את ביטול החלק מנהלי בחוות הדעת של מזוז. בג"צ לא מסר בדיון את החלטתו.
כזכור, עתר הרב הראשי האשכנזי לבג"צ, באמצעות עו"ד דוד ליבאי, בבקשה לבטל את אותו חלק בדוח היועץ המשפטי לממשלה, בו נמתחת נגדו ביקורת נוקבת ובסיומה קבע מזוז, כי לא ראוי שימשיך לכהן בתפקידו כרב ראשי. לטענת הרב מצגר חרץ היועץ את שינו מבלי לתת לו אפשרות לערער.
