סגן הרמטכ"ל, האלוף משה קפלינסקי, סיכם על מתכונת הפעלה חדשה למכון לחקר תורת המערכה. בעקבות זאת הופסקה השעייתם של עובדי המכון והם שבו לעבודתם.
עבודת המכון הופסקה לפני כשבועיים בעקבות חשיפת אי-סדרים בדרך התנהלותו שנתגלו בביקורת שנערכה על-ידי משרד מבקר המדינה. ממצאי דוח הביקורת הביאו גם להחלטה על השעייתם של שני עובדי המכון. עם המושעים נמנה גם תא"ל (מיל.) דב תמרי, אשר שימש כראש המכון.
בעקבות דוח הביקורת גיבש צוות בחטיבת תורה והדרכה המלצות למתכונת הפעלה חדשה של המכון, המלצות שאושרו על-ידי ראש אגף המבצעים ועל-ידי סגן הרמטכ"ל.
במקביל לחידוש פעולת המכון תימשך החקירה, עליה הורה הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, בנוגע לליקויים שנמצאו בעבודת המכון עד כה. בעקבות הוראת הפצ"ר פתחה המשטרה הצבאית החוקרת בחקירת החשדות.
דוח מבקר המדינה חשף שורה של כשלים ואי-סדרים בפעולת המכון. המבקר מצא כי עובדי המכון וכן שורה של מרצים וחוקרים אורחים זכו לשכר מוגזם, זאת על-אף שלא עבדו בפועל את השעות אותם דיווחו.