ועדת חוקה חוק ומשפט של הכנסת, אישרה (יום ב', 26.6.06) הצעת חוק סדר הדין הפלילי לקראת קריאה שנייה ושלישית במליאת הכנסת. במקור, ביקשה הצעת החוק להסדיר את הסמכויות הנדרשות לרשויות החקירה לצורך חקירתו של עצור שאינו תושב ישראל החשוד בביצוע עבירות ביטחון - זאת באמצעות החמרתן. הצעת החוק שהתקבלה רוככה ותוקנה על הוועדה ואושרה על-ידי הכנסת.
ניתן להשהות הבאת עצור בפני שופט עד 48 שעות בנוסחה המקורי נדרש, לפי הצעת החוק, לאפשר סמכויות אכיפה רחבות יותר מהסמכויות המוענקות לרשויות החקירה בכל הקשור לחקירת חשודים בעבירות ביטחון שאינם תושבים. אולם, הוועדה החליטה שלא לייחד את הצעת החוק רק לחשודים שאינם תושבים.
ביסוד החלטת הוועדה עמדו טענות שונות שהועלו בוועדה בדבר החשש להפליה, וכן התפיסה כי מאפייניה של חקירת ביטחון אשר צוינו על-ידי גורמי הביטחון כקשיים באיסוף מידע מודיעיני וביצוע עבירות מתוך מניע אידיאולוגי, יכולים להיות נכונים גם לגבי חשודים שאינם זרים.
בסוגיית הבאת עצור בפני שופט, הצעת החוק ביקשה לקבוע בנוסח המקורי, כי השהיית הבאת העצור ע"י קצין ממונה תהא עד 48 שעות, ובאישור הגורם המאשר לתקופה של עד 96 שעות. אולם, בעקבות זאת החליטה הוועדה, כי קצין ממונה יוכל להשהות הבאת עצור בעבירת ביטחון בפני שופט לפרק זמן של עד 48 שעות - מתחילת המעצר, אם שוכנע כי "הפסקת החקירה לצורך הבאת העצור עלולה לפגוע פגיעה ממשית בחקירה".
אישור של ראש אגף חקירות לאי-הבאה לשופט כן הוחלט כי קצין ממונה יוכל, באישור הגורם המאשר, להשהות הבאת העצור לתקופה של 48 שעות נוספות, וזאת בהחלטה מנומקת בכתב ורק אם שוכנע כי הפסקת החקירה לצורך הבאת העצור תביא לפגיעה ממשית בחקירה שיש בה כדי לסכל מניעת פגיעה בחיי אדם.
לבסוף, הוחלט כי החלטה להשהות את הבאת העצור בפני שופט לתקופה העולה על 72 שעות (ועד 96 שעות), טעונה גם אישור ראש אגף החקירות בשירות הביטחון הכללי או סגנו.
לגבי אורך תקופת המעצר לפני הגשת כתב אישום, נדרש בהצעת החוק המקורית להאריך את התקופה המקסימאלית לכל הארכת מעצר בידי שופט מ- 15 יום ל- 20 יום, כאשר גם תקופות המעצר הנוספות יעמדו על 20 יום, בכל פעם. הוועדה החליטה כי שופט יהיה רשאי להורות על מעצרו של החשוד לתקופה שלא תעלה על 20 ימים, בהתאם להצעת הממשלה, ולאחר שהשתכנעה כי הדבר נדרש לצורך קיום חקירות כאמור.
"ביהמ"ש יהיה רשאי לקיים דיוןללא נוכחות העצור" בעניין נוכחותו של עצור בדיונים אשר בעניינו, החליטה הוועדה כי "ביהמ"ש יהיה רשאי לקיים דיון בעניין הארכת מעצר ללא נוכחות העצור, לבקשת המדינה ובאישור הגורם המאשר, אם שוכנע כי הפסקת החקירה לצורך הבאת העצור תביא לפגיעה ממשית בחקירה שיש בה כדי לסכל מניעת פגיעה בחיי אדם או שיש בה כדי לסכל מניעת עבירת ביטחון".
יו"ר הוועדה, ח"כ מנחם בן-ששון, סיכם את הדיון באומרו: "כיושב-ראש הוועדה סברתי כי יש צורך לאזן בין צורכי הביטחון הדחופים והמאיימים לבין חירויות הפרט. התהליך של בירור צורכי החקירה יחד עם נכונותם של רשויות הביטחון ומשרד המשפטים לראות את הגנת הפרט כערך מנחה - הביאו לתוצאה מאוזנת".