מזכ"ל האו"ם, קופי אנאן, ביקש להרגיע את אזור המזה"ת, בשעה שצה"ל התכונן להמשך הפעולות ברצועת עזה. אנאן שוחח (יום ד', 28.6.06) בטלפון עם ראש הממשלה, אהוד אולמרט, ועם נשיאי סוריה והרשות הפלשתינית והביע דאגה מהדרדרות המצב באזור. "אני עובד עם כולם כדי לנסות ולהרגיע את המצב", אמר אנאן ממטה האו"ם בניו-יורק.
אנאן אמר, כי אולמרט הבטיח לו שישראל תנהג באיפוק מקסימלי בניסיונותיה לשחרר את החייל הישראלי שנחטף על-ידי החמושים הפלשתינים. "לממשלה הישראלית יש אחריות להגן על אזרחיה, אך היא צריכה לעשות זאת באיפוק. זה מובן שהם ירצו לרדוף אחר מי שחטף את החייל", אמר אנאן.
"אבל זה חייב להיעשות בדרך כזו שאוכלוסיה אזרחית לא תסבול. שוחחתי עם רה"מ, שציין כי הוא פועל במקסימום איפוק, אבל אני חושב שזה חשוב ששני המנהיגים יעבדו יחד כדי להרגיע את המצב".
אנאן אמר כי דחק ביו"ר הרשות הפלשתינית, אבו מאזן, לעצור את מבול ירי הקטיושות והקסאם לעבר ישראל. "בשיחה שלי עם אבו-מאזן, הוא עובד עם כל הפלגים הפלשתינים כדי להביא לשליטה על האלימות ולהבטיח כי התקפות הקטיושות האלה לא יימשכו", אמר. "ואני חושב שזה חשוב שנעבוד באופן פעיל על כך, כדי שזה ייעשה. אבל אני מקווה שהם גם יתנו זמן למה שמתארים כיוזמה דיפלומטית, או למצוא פתרון לחטיפת החייל".
אנאן שוחח עם הנשיא הסורי, בשאר אל-אסד, שמע על מטוסי הקרב הישראלים שטסו מעל ארמון הנשיא הסורי ואמר, כי "אנחנו צריכים להיות זהירים... לא להרחיב את הקונפליקט האזורי". סוריה תיארה את הטיסות כ"פעולה אגרסיבית" ואמרה כי מערכת ההגנה האווירית שלה ירתה על המטוסים הישראלים.
רביעיית מטוסי קרב מסוג F-16 של חיה"א ביצעו בליל 28 ביוני גיחה מבצעית נמוכה מעל ארמון הנשיאות בסוריה והשמיעו בומים על-קוליים. בעקבות הגיחה הישראלית הורו אנשי ממשל בסוריה למנהיג החמאס המוצא מקלט במדינה, חלאד משעל, להנמיך פרופיל ולצמצם הופעותיו בפומבי מחשש לפגיעה ישראלית.