משרד הבריאות הודיע (יום ה', 19.9.02), כי הוא אינו מאשר שיט קייאקים בנחל הירקון. עם זאת, ניתן לשוט בכלי שיט גדולים יותר בנחל.
במהלך חודש אוגוסט 2002 קיימו אנשי המשרד שני סיורים לאורך הקטע המלוח בנחל. בעקבות הסיורים, ועל סמך תוצאות הבדיקות המיקרוביאליות שנעשו בירקון על-ידי רשות הנחל ומשרד הבריאות בחודשים האחרונים, אישר משרד הבריאות שאיכות מי נחל הירקון, בקטע המלוח - משבע טחנות ועד לשפך הנחל לים, עומדת בקריטריונים של משרד הבריאות לקייט ושיט ללא מגע גוף.
שיט בקייאקים חשוף להתזה, להתהפכויות ולנגיעה תדירה במים אינם שייכים לקטגוריה של "ללא מגע גוף", כך צויין.
