מזכיר הממשלה עו"ד יצחק הרצוג, משבש את התקדמות חקירת המשטרה בפרשת העמותות, בכך שהוא נמנע מלהגיע לחקירה במועדים שתוכננו עימו. הנימוק שהציג לחוקרים: שליחות לחו"ל מטעם ראש הממשלה.
התוצאה המרכזית המסתמנת מהתחמקות הרצוג: המשטרה תתקשה לחקור את ראש הממשלה אהוד ברק, בטרם הושלמה חקירת הרצוג. אי לכך, עלולה להידחות חקירת ברק לאחרי הבחירות.
במשטרה מעריכים, כי רק לאחר השלמת חקירתו של הרצוג - שהיה האיש הקרוב ביותר לברק - תוכל המשטרה לזמן את ברק לחקירה באזהרה בפרשת העמותות. יצויין, כי בחקירתו הקודמת שמר הרצוג על זכות השתיקה.
ממידע שהעביר ח"כ מיכאל איתן אל היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, מתברר כי הרצוג דוחה פעם אחר פעם את הגעתו להמשך החקירה במשטרה. בדרך זו הוא מצליח להרחיק את חקירתו באזהרה של ברק, ערב הבחירות לראשות הממשלה.
בתלונה שהגיש ח"כ איתן לרובינשטיין ואל נציב שירות המדינה שמואל הולנדר, טען איתן את הדברים הבאים:
1) יצחק הרצוג מזכיר הממשלה חשוד בביצוע שורה של עבירות פליליות חמורות.
2) מבקר המדינה קבע כי מר הרצוג היה אחד הפעילים המרכזיים בשיטת פעולה שרמסה את החוק ברגל גסה.
3) המשטרה מנהלת חקירה נגד מר הרצוג. החקירה נתקלת בקשיים שמערים מר הרצוג על החוקרים.
4) במקום לעשות מאמץ כלשהו להסיר את החשדות המעיבים עליו, מר הרצוג משבש את עבודת המשטרה מתחמק מזימוניה ושומר על זכות השתיקה. כתוצאה מתרגיליו של מר הרצוג נפגע קצב ההתקדמות של החקירה הנמשכת חודשים ארוכים.
5) בימים אלה הודיע מר הרצוג למשטרה כי לא יוכל להגיע לחקירה בשל עומס תפקידיו כמזכיר הממשלה וכן ביקש לדחות את החקירה עד לאחר שובו משליחות ציבורית בחו"ל.
"מכובדי", כותב איתן לשניים, "עליכם להשעות את מר הרצוג מתפקידו על אתר. פנייתי זאת באה אליכם לאחר פניות קודמות שהושבו ריקם (ללא הצדקה לדעתי). אלא שהפעם מדובר בבריחה של מר הרצוג מחקירה. זו עליית מדרגה בזלזול המתמשך של מר הרצוג בשלטון החוק ובפגיעה קשה באמון הציבור בטוהר מידותיו של השלטון. עליכם לקבוע כי יש לתת קדימות לחובתו להתייצב בפני חוקריו על פני חובתו כביכול למלא שליחות ציבורית מדינית. אין להשלים עם דחיות חוזרות ונשנות בחקירתו של מר הרצוג בתואנות ציניות של "שליחות ציבורית". הציבור לא זקוק לשליחים שמול חשדות כה כבדים ממלאים פיהם מים ומשבשים חקירות המשטרה".
למרות התחמקותו של הרצוג, מתברר כי בידי המשטרה קיים חומר ראייתי המעיד על עבירות לכאורה מצד הרצוג. ואולם כאמור, הרצוג דרוש לחקירה פעם נוספת, בטרם יזומן ברק עצמו לחקירה באזהרה.
