גורמים רישמיים במודיעין של ארה"ב הודיעו על איתורן של כ-15 ספינות משא, ברחבי העולם, אותן אפשר לקשור לארגון הטרור אל-קאעידה, או לרשתות טרור אשר עשו בהן שימוש להעברת נשק, חומרי נפץ, כסף וחפצים שונים, מעבר לים. כך מסרו בוושינגטון פוסט (יום ג', 31.12.02).
סוכנויות בילוש אמריקניות איתרו מספר ספינות חשודות בעזרת לווינים או מטוסי ביון, ובעזרת מודיעים ומשתפי פעולה נוספים. מידי פעם, כך נמסר, נותק הקשר ויכולת המעקב אחר מספר ספינות, אשר נמצאות בתנועה מתמדת, ואשר שינו את שמן מידי פעם, נצבעות מחדש או נרשמות מחדש תחת שמות בדויים של בעליהן כביכול.
נראה כי ארה"ב חוששת מהאפשרות של ספינות מחבלים קטנות אשר ישוטו בקרבת ספינות של "שייט תענוגות" על מנת להתפוצץ קרוב אליהן ככל הניתן, או מחבלים אשר יתחזו לחברי צוות אשר יחרימו ספינות הנושאות חומרים כימיים ויתפוצצו בתוך אחד הנמלים.
החשש מפגיעותן של ספינות, שהחל לאחר ה-11 בספטמבר הביא לכך שארה"ב תתרכז, יותר מתמיד, בסוג המטענים אשר טעונים על הספינות אשר נכנסות למימיה של ארה"ב, בחברי הצוות ובאפשרות של נוסעים סמויים, ונוסעים בודדים.
בנוסף לערנות המתמדת, הוכן בסיס נתונים רחב על-ידי סוכנויות המודיעין של ארה"ב, שיאפשר לאתר מטען, ספינות ויורדי ים, בחיפוש אחר חריגה כלשהי אשר תרמז על המצאותם של טרוריסטים על הספינות, כך מסרה פרנסס פרגוס-טאונסנד, האחראית על המודיעין של משמר החופים האמריקני. "אם כל מה שתעשה זה לחכות לספינות שיגיעו אליך, אינך עושה את עבודתך", אמרה. "הרעיון הוא לדחוף את הגבולות החוצה".
בידי מנהיג אל-קאעידה, אוסמה בן-לאדן ועוזריו ספינות בעזרתן העבירו מלט, שומשום ועוד, אבל ספינה אחת מתוכן הובילה חומרי נפץ בהם השתמש הארגון בהתקפות על שתי שגרירות אמריקניות באפריקה ב-1998.
ספינות בבעלת ארגון טרור מאז ספטמבר, רשימת הספינות בבעלות אל-קאעידה התרחבה מ-10 ל-50, חלקן כה גדולות עד כי אינן צריכות לתדלק באמצע מסעותיהן, ולכן אינן עוגנות בנמל כלשהו בדרכן ליעדן, לכן גם אינן מושכות תשומת לב יתירה. גרומים רשמיים בארה"ב מסרו, כי לא ידוע לחלוטין שימושה ומטרתה של כל ספינה וספינה, מלבד העובדה שחלק מהן מספקות רווחים לאל-קאעידה וכי כל אחת מהן יכולה לשמש להתקפה בכל מקום בעולם.
מומחים לטרור אומרים, כי ארגון אל-קאעידה החל בתכנון של פיגועים בים ובנמלים, מאחר שפיגוע מסוג זה קל יותר לבצע. המומחים הבחינו בעליה הדרגתית של התקפות ימיות, חלקן בוטלו או נחשפו עוד בטרם בוצעו. ההתקפה האחרונה היתה בחודש אוקטובר, כאשר גוף אניית הנפט הצרפתית פוצץ על-ידי ספינת מרוץ ממולכדת, אשר גרם גם לזיהום הים בנפט.
ספינות שיט הן דאגה נוספת, כך בוושינגטון פוסט. הדאגה אינה דאגה מחטיפה של מאות ואלפי נוסעים על-ידי מחבלי אל-קאעידה, על מנת להשיג מטרות פוליטיות, מה שהיה אולי "מקובל" על-ידי הטרוריסטים, אלא התסריט ממנו חוששים יותר מכל, הוא כי ספינת מרוץ של טרוריסטים או ספינת משא תצמד לספינת שיט ותתפוצץ. אך גורמים בתעשיית ספינות השיט אמרו, כי הספינות בנויות כך שיוכלו להאיץ את מהירותן בשעת הצורך, וכי הן בנויות בצורה בטיחותית ביותר. כך גם אמצעי הבטיחות הננקטים בנמל ולפני העליה לספינות השיט, הדוקים ביותר.
במשך שנים הדאגה של ארה"ב היתה בעיקר מפני ספינות רוסיות או כאלה אשר נמצאו במטענן כמויות מסחריות של סמים מסוגים שונים, כך גם אמצעי לחימה אשר הועברו מסין. אך לאחר הארועים הקשים בספטמבר, החל החשש גם מפני פיגועים של ארגוני טרור דרך הים.
גורמים רשמיים שונים החלו להעזר במומחים בתחום תעשיית ההובלה הימית. מאז ספטמבר, גם משמר החופים קבע לעצמו חוקים חדשים מחמירים, לגבי אניות בגדלים שונים. 96 שעות לפני הגעתה של כל ספינה לנמל אמריקני חייבים אנשי הצוות לספק נתונים על מטענם, שמות חברי הצוות, מספרי הדרכון, פרטי הספינה ושמות נמלים בה ביקרה הספינה לאחרונה. המידע מוזן למחשבי המודיעין במתקן חדש במערב וירג'יניה, ומוצלב עם מידע נוסף, כמו נתונים שהגיעו מלווינים, ועוד. ספינות אשר נתפסות כחשודות לא יורשו להכנס לנמל, וייתכן אף כי משטרת החופים תבקש מאנשי הצוות לרדת מהספינה.
נראה, כי ארה"ב תצטרך לשים לב להחלפת מספרי הרישוי לא רק של מכוניות גנובות, אלא של ספינות עצומות, המחליפות בעלים, מספרי רישוי, צבע ועוד, ואשר מהוות איום מתחזק על ההגנה מפני טרור.